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万見
- PDB-3qrp: Structure of Thermus Thermophilus Cse3 bound to an RNA representi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qrp
タイトルStructure of Thermus Thermophilus Cse3 bound to an RNA representing a product mimic complex
要素
  • Putative uncharacterized protein TTHB192
  • RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*(PGP))-3')
  • RNA (5'-R(P*(U5P)P*GP*UP*GP*GP*GP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RAMP domain / protein-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Crispr-associated protein; domain 1 / Crispr-associated protein; domain 2 / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR associated protein / CRISPR_assoc / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / CRISPR-associated endoribonuclease Cse3
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.352 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Gesner, E.M. / Garside, E.L. / MacMillan, A.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Recognition and maturation of effector RNAs in a CRISPR interference pathway.
著者: Gesner, E.M. / Schellenberg, M.J. / Garside, E.L. / George, M.M. / Macmillan, A.M.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TTHB192
B: RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*(PGP))-3')
C: RNA (5'-R(P*(U5P)P*GP*UP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2794
ポリマ－35,1833
非ポリマー961
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.057, 72.405, 100.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein TTHB192


分子量: 30002.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB1192, TTHB192 / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53WG9
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*(PGP))-3')


分子量: 2886.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized RNA
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*(U5P)P*GP*UP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2293.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized RNA
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 8000, 100mM KCl, 5mM MgSO4, 1mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.352→34.752 Å / Num. all: 11772 / Num. obs: 11249 / % possible obs: 95.52 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.352→2.43 Å / % possible all: 75.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.55 Å32.99 Å
Translation2.55 Å32.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.352→34.752 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.1958 / WRfactor Rwork: 0.1778 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 9.947 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.5048 / SU Rfree: 0.2155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 534 4.7 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1774 11249 95.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.31 Å2 / Biso mean: 24.391 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.352→34.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1709 345 5 152 2211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5182.22963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2735213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4421.51979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.63515311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.091525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6811.51104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22821715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.74431282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5934.51248
LS精密化 シェル解像度: 2.352→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 30 -
Rwork0.185 590 -
all-620 -
obs--72.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27970.0215-0.06250.3220.08980.40840.01090.0078-0.01720.018-0.01370.0268-0.01260.00290.0028-0.0288-0.00620.0065-0.0263-0.0025-0.0172-8.481-15.57414.362
20.9221-0.0211-0.45130.68420.40430.87720.0170.0241-0.00050.1666-0.03820.08810.0515-0.0310.02110.0308-0.01420.0089-0.03980.0045-0.0381-11.93-16.332.315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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