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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qrn | ||||||||||||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(tap)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)at high resolution | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / intercalation / semi-intercalation / B-DNA | 機能・相同性 | : / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | データ登録者 | Cardin, C.J. / Hall, J.P. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 | タイトル: Structure determination of an intercalating ruthenium dipyridophenazine complex which kinks DNA by semiintercalation of a tetraazaphenanthrene ligand. 著者: Hall, J.P. / O'Sullivan, K. / Naseer, A. / Smith, J.A. / Kelly, J.M. / Cardin, C.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qrn.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qrn.ent.gz | 18.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qrn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/3qrn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-RKL / |
#3: 化合物 | ChemComp-BA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 % |
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結晶化 | 温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM sodium chloride, 20mM barium chloride, 1mM DNA d(TCGGCGCCGA), 1mM lambda-[Ru(tap)2dppz)Cl2, pH 7, ...詳細: 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM sodium chloride, 20mM barium chloride, 1mM DNA d(TCGGCGCCGA), 1mM lambda-[Ru(tap)2dppz)Cl2, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→21.16 Å / Num. all: 15135 / Num. obs: 14312 / % possible obs: 88.14 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2160 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3QF8 解像度: 1.1→18.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→18.93 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.102→1.131 Å / Total num. of bins used: 20
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