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- PDB-3qrn: X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(tap)2(dppz)]... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qrn
タイトルX-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(tap)2(dppz)]2+ bound to d(TCGGCGCCGA)at high resolution
要素5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
キーワードDNA / intercalation / semi-intercalation / B-DNA
機能・相同性: / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Cardin, C.J. / Hall, J.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure determination of an intercalating ruthenium dipyridophenazine complex which kinks DNA by semiintercalation of a tetraazaphenanthrene ligand.
著者: Hall, J.P. / O'Sullivan, K. / Naseer, A. / Smith, J.A. / Kelly, J.M. / Cardin, C.J.
履歴
登録2011年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9313
ポリマ－3,0461
非ポリマー8852
水1,15364
1
A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8626
ポリマ－6,0922
非ポリマー1,7704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.320, 42.320, 39.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-RKL / Ru(tap)2(dppz) complex


分子量: 747.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H22N12Ru
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM sodium chloride, 20mM barium chloride, 1mM DNA d(TCGGCGCCGA), 1mM lambda-[Ru(tap)2dppz)Cl2, pH 7, ...詳細: 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate, 12mM spermine tetra-HCl, 80mM sodium chloride, 20mM barium chloride, 1mM DNA d(TCGGCGCCGA), 1mM lambda-[Ru(tap)2dppz)Cl2, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→21.16 Å / Num. all: 15135 / Num. obs: 14312 / % possible obs: 88.14 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 16 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 2160 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QF8

3qf8


解像度: 1.1→18.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12445 761 5 %RANDOM
Rwork0.10671 ---
obs0.10755 13340 99.37 %-
all-14402 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→18.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 52 64 318
LS精密化 シェル解像度: 1.102→1.131 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 61 -
Rwork0.275 1031 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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