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- PDB-3qr3: Crystal Structure of Cel5A (EG2) from Hypocrea jecorina (Trichode... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qr3
タイトルCrystal Structure of Cel5A (EG2) from Hypocrea jecorina (Trichoderma reesei)
要素Endoglucanase EG-II
キーワードHYDROLASE / Tim Barrel / Endoglucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) ...CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoglucanase EG-II
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lee, T.M. / Farrow, M.F. / Kaiser, J.T. / Arnold, F.H. / Mayo, S.L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: A structural study of Hypocrea jecorina Cel5A.
著者: Lee, T.M. / Farrow, M.F. / Arnold, F.H. / Mayo, S.L.
履歴
登録2011年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase EG-II
B: Endoglucanase EG-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,62020
ポリマ－73,1782
非ポリマー1,44218
水9,062503
1
A: Endoglucanase EG-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,50212
ポリマ－36,5891
非ポリマー91311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase EG-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1188
ポリマ－36,5891
非ポリマー5297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.953, 84.593, 90.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:72 )
211chain B and (resseq 1:72 )
112chain A and (resseq 74:98 )
212chain B and (resseq 74:98 )
113chain A and (resseq 100:327 )
213chain B and (resseq 100:327 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999999, -0.000893, -0.001316), (-0.000914, -0.999872, -0.015986), (-0.001302, 0.015988, -0.999871)-41.404701, 84.738602, 24.535999
2given(0.999971, 0.000889, 0.007513), (0.00106, -0.999742, -0.022693), (0.00749, 0.0227, -0.999714)-41.620201, 84.681702, 23.655001
3given(0.999996, -0.002926, 0.000319), (-0.002922, -0.999908, -0.013247), (0.000358, 0.013246, -0.999912)-41.298199, 84.840103, 24.594801
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase EG-II / EGLII / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase


分子量: 36589.031 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 遺伝子: Cel5A, egl2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07982, cellulase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 1 M Magnesium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月14日 / 詳細: Rh coated mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.77 Å / Num. all: 40013 / Num. obs: 40013 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 12.5 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.05-2.169.80.2682.80.268192.4
2.16-2.2913.30.2173.40.217199.9
2.29-2.4512.90.1694.20.169199.9
2.45-2.6513.20.1375.10.1371100
2.65-2.913.20.10660.106199.9
2.9-3.2412.70.0837.10.083199.9
3.24-3.74130.0638.70.0631100
3.74-4.5812.60.049100.0491100
4.58-6.4812.50.05100.05199.9
6.48-39.76712.10.0411.80.04199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.05→39.767 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 1968 4.94 %
Rwork0.1631 --
obs0.1652 39858 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.326 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.7709 Å20 Å2-0 Å2
2--14.0092 Å20 Å2
3----5.2383 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4966 0 74 503 5543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9877081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9441731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003927
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B560X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.028
21A177X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B177X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
31A1718X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1718X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10130.26631240.20632242X-RAY DIFFRACTION84
2.1013-2.15810.22821500.17442687X-RAY DIFFRACTION100
2.1581-2.22160.27641310.16592731X-RAY DIFFRACTION100
2.2216-2.29340.21041540.16152678X-RAY DIFFRACTION100
2.2934-2.37530.23971270.15452722X-RAY DIFFRACTION100
2.3753-2.47040.23881330.16792690X-RAY DIFFRACTION99
2.4704-2.58280.24011330.16412735X-RAY DIFFRACTION100
2.5828-2.7190.22731420.16262708X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.88930.2071370.16692738X-RAY DIFFRACTION100
2.8893-3.11230.22241510.17162734X-RAY DIFFRACTION99
3.1123-3.42530.19251430.17232748X-RAY DIFFRACTION100
3.4253-3.92060.16481310.14822785X-RAY DIFFRACTION100
3.9206-4.9380.14861540.12522779X-RAY DIFFRACTION100
4.938-39.77490.17061580.16072913X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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