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- PDB-3qqe: Crystal structure of HA2 R106H mutant of H2 hemagglutinin, re-neu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qqe
タイトルCrystal structure of HA2 R106H mutant of H2 hemagglutinin, re-neutralized form
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of an Early Fusion Intermediate of Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2011年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6597
ポリマ－56,6242
非ポリマー1,0355
水7,674426
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,97821
ポリマ－169,8736
非ポリマー3,10515
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area31720 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area62620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.339, 70.339, 237.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-365-

HOH

21B-434-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36504.227 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 chain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Japan/305/1957 H2N2 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C7S226
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 20120.248 Da / 分子数: 1 / 断片: HA2 chain ectodomain / Mutation: R106H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Japan/305/1957 H2N2 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFASTbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C7S226

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 428分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 24% PEG 3000, 0.1M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月21日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 18.35 / 数: 290928 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.1 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 37509 / % possible obs: 97.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.524099.710.051.06611
3.594.5210010.0691.06510.4
3.143.5910010.0910.9889.8
2.853.1410010.1360.9969.4
2.652.8510010.1981.0868.8
2.492.6510010.2591.0067.8
2.372.4910010.3211.0836.6
2.262.3799.310.4111.285.4
2.182.269510.4721.0934.2
2.12.1881.810.5141.2423.1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 37509 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.183.10.51431411.24281.8
2.18-2.264.20.47236741.09395
2.26-2.375.40.41137551.2899.3
2.37-2.496.60.32138581.083100
2.49-2.657.80.25938231.006100
2.65-2.858.80.19838151.086100
2.85-3.149.40.13638430.996100
3.14-3.599.80.09138470.988100
3.59-4.5210.40.06938601.065100
4.52-40110.0538931.06699.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.15 Å
Translation2.5 Å33.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2434 / WRfactor Rwork: 0.1984 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8242 / SU B: 9.885 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2027 / SU Rfree: 0.1781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1874 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.1913 37441 97.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.22 Å2 / Biso mean: 42.617 Å2 / Biso min: 17.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20.38 Å20 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3921 0 67 426 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0214084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.9615525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0795493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59625.178197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.515697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1241517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7731.52532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30123945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92231787
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.134.51580
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 109 -
Rwork0.281 2112 -
all-2221 -
obs--79.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39730.0791-0.02510.1974-0.18581.8641-0.0564-0.05850.0594-0.0090.0053-0.00320.0449-0.08840.0511-0.09530.0075-0.0235-0.0909-0.01970.003715.9128-14.0726-35.7974
20.1407-0.2742-0.82780.56021.2779.2359-0.05370.01180.00340.0661-0.04260.0439-0.3664-0.44670.0963-0.05710.0054-0.00080.0425-0.0092-0.100323.9719-15.927816.5619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 326
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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