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- PDB-3qq2: Crystal Structure of the Beta Domain of the Bordetella Autotransp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qq2
タイトルCrystal Structure of the Beta Domain of the Bordetella Autotransporter Brka
要素BrkA autotransporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN/PROTEIN TRANSPORT / BETA BARREL / TRANSMEMBRANE / MEMBRANE PROTEIN-PROTEIN TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / periplasmic space / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectin lyase fold/virulence factor / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BrkA autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhai, Y. / Zhang, K. / Huo, Y. / Sun, F.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Autotransporter passenger domain secretion requires a hydrophobic cavity at the extracellular entrance of the beta-domain pore
著者: Zhai, Y. / Zhang, K. / Huo, Y. / Zhu, Y. / Zhou, Q. / Lu, J. / Black, I. / Pang, X. / Roszak, A.W. / Zhang, X. / Isaacs, N.W. / Sun, F.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BrkA autotransporter
B: BrkA autotransporter
C: BrkA autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9653
ポリマ－92,9653
非ポリマー00
水00
1
A: BrkA autotransporter

A: BrkA autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9772
ポリマ－61,9772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area25680 Å2
手法PISA
2
B: BrkA autotransporter
C: BrkA autotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9772
ポリマ－61,9772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.510, 122.372, 405.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BrkA autotransporter / Serum resistance protein BrkA / BrkA translocator


分子量: 30988.332 Da / 分子数: 3 / 断片: BETA DOMAIN, UNP RESIDUES 727-1010 / 変異: L727M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: BP3494, brkA / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q45340

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100MM TIS-HCL, 10MM SPERMIDINE, 200MM LICL, 25% PEG 2000, PH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.07176 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. all: 30635 / Num. obs: 29563 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 97.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 3.268 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QOM

2qom


解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 41.812 / SU ML: 0.343 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.324 1507 5.1 %RANDOM
Rwork0.266 ---
all0.269 30552 --
obs0.269 28054 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å20 Å20 Å2
2---2.22 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 0 0 5772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0215927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9298012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2625738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80921.528301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.5115850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9571571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.53619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92225629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31932308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3144.52383
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 94 -
Rwork0.383 1474 -
obs--72.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8190.1475-0.12892.3669-1.03652.17660.15760.0726-0.0626-0.2016-0.09580.0960.4335-0.2959-0.06180.2399-0.129-0.10430.11860.03980.156316.663-7.293729.0123
21.4092-0.0694-0.04863.7527-0.7672.0759-0.2155-0.27440.20630.2250.0294-0.0774-0.29660.23210.18610.2517-0.1674-0.09540.27870.05520.1766.269-40.996441.6166
32.21830.07381.49670.7964-0.46784.47840.0112-0.40420.07830.00810.063-0.02860.23290.0536-0.07420.47790.0657-0.10290.89080.01410.4836.95-68.410984.1491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A745 - 1010
2X-RAY DIFFRACTION2B745 - 1010
3X-RAY DIFFRACTION3C745 - 1010

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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