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- PDB-3qpp: Structure of PDE10-inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qpp
タイトルStructure of PDE10-inhibitor complex
要素cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Phosphodiesterase Inhibitors / Structure-based drug design / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process ...cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / perikaryon / neuronal cell body / synapse / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / GAF-like domain superfamily / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PFW / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pandit, J. / Marr, E.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Use of Structure-Based Design to Discover a Potent, Selective, In Vivo Active Phosphodiesterase 10A Inhibitor Lead Series for the Treatment of Schizophrenia.
著者: Helal, C.J. / Kang, Z. / Hou, X. / Pandit, J. / Chappie, T.A. / Humphrey, J.M. / Marr, E.S. / Fennell, K.F. / Chenard, L.K. / Fox, C. / Schmidt, C.J. / Williams, R.D. / Chapin, D.S. / ...著者: Helal, C.J. / Kang, Z. / Hou, X. / Pandit, J. / Chappie, T.A. / Humphrey, J.M. / Marr, E.S. / Fennell, K.F. / Chenard, L.K. / Fox, C. / Schmidt, C.J. / Williams, R.D. / Chapin, D.S. / Siuciak, J. / Lebel, L. / Menniti, F. / Cianfrogna, J. / Fonseca, K.R. / Nelson, F.R. / O'Connor, R. / Macdougall, M. / McDowell, L. / Liras, S.
履歴
登録2011年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4947
ポリマ－41,6621
非ポリマー8336
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.616, 120.616, 84.008
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A


分子量: 41661.715 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pde10a
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QYJ6, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase, 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 6種, 294分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PFW / 7-methoxy-4-[(3S)-3-phenylpiperidin-1-yl]-6-[2-(quinolin-2-yl)ethoxy]quinazoline


分子量: 490.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H30N4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.43 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: VariMax Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.35 % / 数: 265639 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.98 / D res high: 1.71 Å / D res low: 60.31 Å / Num. obs: 49243 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
3.6860.311000.0851.465.461035
2.923.681000.0951.195.49408
2.552.921000.1031.095.47267
2.322.551000.1191.055.44147
2.152.321000.1451.035.4193
2.032.151000.1890.935.3829
1.932.031000.2470.795.334
1.841.931000.3070.755.287
1.771.841000.3470.715.24
1.711.7799.80.3740.715.053
反射解像度: 1.71→65.94 Å / Num. obs: 49243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.35 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 8.6 / Scaling rejects: 1993
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.71-1.775.050.3743.12467148830.7199.8
1.77-1.845.240.3473.42581149300.71100
1.84-1.935.280.3073.92614149500.75100
1.93-2.035.330.2474.82648049690.79100
2.03-2.155.380.1896.52628848810.93100
2.15-2.325.410.1458.62668549181.03100
2.32-2.555.440.11910.52696949341.05100
2.55-2.925.470.10312.62714049141.09100
2.92-3.685.490.09513.72745649241.19100
3.68-60.315.460.08517.42799849401.46100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→60.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.216 / WRfactor Rwork: 0.1853 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8526 / SU B: 2.945 / SU ML: 0.086 / SU R Cruickshank DPI: 0.1082 / SU Rfree: 0.1046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2105 3241 7.7 %RANDOM
Rwork0.1836 ---
obs0.1857 42245 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.71 Å2 / Biso mean: 31.9469 Å2 / Biso min: 18.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å2-0.71 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3---2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→60.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2477 0 52 288 2817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.9613507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9065304
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1610.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.51525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4222472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29431065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7044.51035
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.367 244
Rwork0.331 2870
all-3114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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