ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER2.1.4位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show JBluIce-EPICSデータ収集
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 2R5S解像度 : 1.8→79.46 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.956 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.922 / WRfactor Rfree : 0.2362 / WRfactor Rwork : 0.1857 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.5 / FOM work R set : 0.844 / SU B : 6.747 / SU ML : 0.095 / SU R Cruickshank DPI : 0.1465 / SU Rfree : 0.1437 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.146 / ESU R Free : 0.144 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2394 1285 5 % RANDOM Rwork 0.1867 - - - all 0.1894 25508 - - obs 0.1894 25508 94.31 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 182.56 Å2 / Biso mean : 47.4561 Å2 / Biso min : 11.16 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.06 Å2 0 Å2 -0.3 Å2 2- - -1.35 Å2 0 Å2 3- - - 1.23 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→79.46 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2239 0 1 227 2467
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.009 0.022 2321 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.013 1.994 3162 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.781 5 291 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.045 26.475 122 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.048 15 377 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.807 15 11 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.082 0.2 366 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.002 0.021 1785 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.142 1.5 1438 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.868 2 2309 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.213 3 883 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.209 4.5 853
LS精密化 シェル 解像度 : 1.797→1.843 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.354 79 - Rwork 0.331 1337 - all - 1416 - obs - - 69.31 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 10.0052 2.0705 2.6214 3.5009 3.1831 19.6895 0.4915 -0.6616 -1.5262 0.9825 -0.4782 0.0379 3.4368 -1.6878 -0.0133 1.1641 -0.139 -0.1467 0.5736 -0.0239 0.5141 29.4043 24.668 45.3523 2 11.4831 5.2798 9.1172 11.8618 9.6649 24.2335 -0.1464 0.4886 -0.6 -1.3322 0.4247 -0.2555 -0.3463 0.6486 -0.2782 0.567 0.0584 -0.0575 0.4767 -0.2108 0.2961 33.9083 33.2434 42.9307 3 1.7154 -0.5931 0.7452 1.5897 -1.1653 1.0135 0.0129 -0.0778 0.0491 0.0822 -0.0497 0.0088 -0.0594 -0.0031 0.0368 0.042 0.007 0.0443 0.0456 -0.0136 0.0938 8.3274 15.8454 2.7508
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A6 - 31 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A32 - 99 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A100 - 284 4 X-RAY DIFFRACTION 3 A285