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- PDB-3qok: Crystal structure of putative chitinase II from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qok
タイトルCrystal structure of putative chitinase II from Klebsiella pneumoniae
要素Putative chitinase II
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Glycosyl hydrolases family 18
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative chitinase II
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative chitinase II from Klebsiella pneumoniae
著者: Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chitinase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5224
ポリマ－46,2461
非ポリマー2763
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.341, 110.672, 108.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative chitinase II


分子量: 46246.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_11730, KPN_01201 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: A6T7R3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 289 K / pH: 6.2
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na2HPO4/KH2PO4, 10% PEG8K, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979477
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979477 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17383 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
Auto-Rickshaw(MOLREP位相決定
CNS精密化
SBC-Collectデータ収集
PHASER位相決定
MLPHARE位相決定
pirate位相決定
SHELXEモデル構築
RESOLVEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CNS位相決定
REFMAC位相決定
RESOLVE位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD
開始モデル: 1ITX

1itx


解像度: 2.6→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 17.238 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21163 872 5 %RANDOM
Rwork0.17946 ---
obs0.18108 17287 99.41 %-
all-17288 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3---0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3059 0 18 25 3102
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.9524284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89735132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7245393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89425.068146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42515493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4891.51957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.5802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96723123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7431195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7894.51161
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 70 -
Rwork0.236 1178 -
obs--98.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.750.00584.1029.42223.063910.47550.2719-0.3508-0.42090.29290.0596-0.56590.9741-0.0102-0.33150.1257-0.05030.00160.1702-0.00590.086224.819722.646733.2314
23.81570.61510.83762.20320.90641.7858-0.05230.19970.4126-0.09690.06640.0119-0.09390.0855-0.01410.0835-0.0284-0.02360.0670.05680.082326.874938.112940.8146
31.7216-0.1352-0.45151.823-0.83712.4083-0.07390.04270.09690.04410.0298-0.0118-0.03410.010.04410.0293-0.0218-0.03560.0825-0.00350.067.450520.18644.0366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3A219 - 415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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