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- PDB-3qo4: The Crystal Structure of Death Receptor 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qo4
タイトルThe Crystal Structure of Death Receptor 6
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
キーワードAPOPTOSIS / Tumor Necrosis Factor Receptor (TNFR) / Alzheimer s Disease / Ligand-Receptor-Recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of myelination / B cell apoptotic process / axonal fasciculation / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / humoral immune response ...regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of myelination / B cell apoptotic process / axonal fasciculation / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of T cell proliferation / myelination / PPARA activates gene expression / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / neuron apoptotic process / adaptive immune response / axon / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kuester, M. / Kemmerzehl, S. / Dahms, S.O. / Roeser, D. / Than, M.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of death receptor 6 (DR6): a potential receptor of the amyloid precursor protein (APP).
著者: Kuester, M. / Kemmerzehl, S. / Dahms, S.O. / Roeser, D. / Than, M.E.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED BY USING PYMOL'S DSS-FUNCTION
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED BY USING PYMOL'S DSS-FUNCTION

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8043
ポリマ－19,6481
非ポリマー1552
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
ヘテロ分子

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6076
ポリマ－39,2972
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area2120 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.910, 77.910, 187.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-293-

HOH

詳細CONSIDERING A RATHER SMALL INTERFACE AREA OF 709 A2, ONLY TWO HYDROGEN BONDS AS ADDITIONAL STABILIZING CONTACTS AND MANY CONTACT MEDIATING WATER MOLECULES, WE CONCLUDE HOWEVER, THAT THE INTERACTION DETERMINED BY THE PISA SOFTWARE IS NOT OF PHYSIOLOGICAL RELEVANCE BUT RATHER IMPORTANT FOR STABILIZING THE DR6-CRD CRYSTALS

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21 / Death receptor 6


分子量: 19648.445 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 42-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF21, DR6, UNQ437/PRO868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2(DE3) / 参照: UniProt: O75509
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 30% PEG4000, 0.5 M Ammoniumacetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918, 1.03936, 1.04008, 1.04064
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月3日
詳細: double crystal monochromator with two sets of mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9181
21.039361
31.040081
41.040641
反射解像度: 2.1→29.982 Å / Num. obs: 20455 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.7 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 917 -RANDOM
Rwork0.215 ---
all-17933 --
obs-17891 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1222 0 9 211 1442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rfactor Rfree: 0.361 / Rfactor Rwork: 0.314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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