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- PDB-3qnr: DyPB from Rhodococcus jostii RHA1, crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qnr
タイトルDyPB from Rhodococcus jostii RHA1, crystal form 1
要素DyP Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / lignan / heme / DyP / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Iron-dependent peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Singh, R. / Roberts, J.N. / Grigg, J.C. / Eltis, L.D. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Characterization of dye-decolorizing peroxidases from Rhodococcus jostii RHA1.
著者: Roberts, J.N. / Singh, R. / Grigg, J.C. / Murphy, M.E. / Bugg, T.D. / Eltis, L.D.
履歴
登録2011年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DyP Peroxidase
B: DyP Peroxidase
C: DyP Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,78411
ポリマ－112,6133
非ポリマー2,1728
水8,125451
1
A: DyP Peroxidase
B: DyP Peroxidase
C: DyP Peroxidase
ヘテロ分子

A: DyP Peroxidase
B: DyP Peroxidase
C: DyP Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,56922
ポリマ－225,2256
非ポリマー4,34316
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area27500 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area63230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.379, 132.379, 160.211
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DyP Peroxidase


分子量: 37537.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: DyPB, RHA1_ro02407 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0SE24
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.5 M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.41 Å / Num. all: 88432 / Num. obs: 77338 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 11152 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.53 Å48.41 Å
Translation2.53 Å48.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MXDXデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 4.994 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3877 5 %RANDOM
Rwork0.1921 ---
obs0.1934 77241 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.23 Å2 / Biso mean: 41.7415 Å2 / Biso min: 9.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å2-0.48 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7015 0 150 451 7616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3472.0210186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7525944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.20124.064342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.944151105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7071552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7511.54666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.40527503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96632778
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1534.52683
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 290 -
Rwork0.311 5353 -
all-5643 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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