PDB-3qm3: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fructose-bisphospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qm3

タイトル

1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fructose-bisphosphate Aldolase (Fba) from Campylobacter jejuni

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM beta/alpha-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of Fructose-bisphosphate Aldolase (Fba) from Campylobacter jejuni
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qm3.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qm3.ent.gz	941 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qm3_validation.pdf.gz	533.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qm3_full_validation.pdf.gz	549.5 KB	表示
XML形式データ	3qm3_validation.xml.gz	133.2 KB	表示
CIF形式データ	3qm3_validation.cif.gz	200.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qm3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dosS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fg1-3 3v99-1 2p0m-1 3fg1-2 1lox-d 3v92-1 3s3k-d 3v98-2 6j11-3 4a22-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90687

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

E: Fructose-bisphosphate aldolase

F: Fructose-bisphosphate aldolase

G: Fructose-bisphosphate aldolase

H: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

316 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

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78.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Fructose-bisphosphate aldolase

F: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Fructose-bisphosphate aldolase

H: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.996, 101.971, 105.662
Angle α, β, γ (deg.)	113.27, 95.34, 95.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase / FBP aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase 分子量: 39048.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0597, fba, fda, fdaC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRXpGro7 / 参照: UniProt: Q0PAS0, fructose-bisphosphate aldolase

#1: タンパク質

Fructose-bisphosphate aldolase / FBP aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase

分子量: 39048.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0597, fba, fda, fdaC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRXpGro7 / 参照: UniProt: Q0PAS0, fructose-bisphosphate aldolase

-
非ポリマー , 6種, 3602分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES (pH 7.5) Screen solution: 0.2M NH4 Sulfate, 0.1M Na Cacodylate pH 7.5, 30%PEG 2K MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si {1,1,1} Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 242214 / Num. obs: 242214 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 12007 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DOS

1dos

解像度: 1.85→29.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 5.314 / SU ML: 0.074
Isotropic thermal model: Atomic Temperature Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19088	12186	5 %	RANDOM
R_work	0.14888	-	-	-
all	0.15097	229995	-	-
obs	0.15097	229995	97.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.314 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	-0.67 Å²	-0.2 Å²
2-	-	0.64 Å²	0.98 Å²
3-	-	-	-0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21314	0	159	3562	25035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	22243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.322	1.966	30090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.844	3	36627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.974	5	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.636	25.853	991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.538	15	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.065	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	24968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.989	1.5	13919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.342	1.5	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.618	2	22277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.808	3	8324
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.342	4.5	7812

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	900	-
R_work	0.203	16469	-
obs	-	16469	94.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6061	0.1222	-0.1443	0.7471	0.0402	0.326	0.025	-0.0555	0.0091	0.1163	-0.0439	-0.0111	-0.0117	0.031	0.0189	0.0513	-0.0142	-0.0078	0.0349	-0.0084	0.0072	55.9758	47.5155	104.3828
2	1.1531	0.4951	-0.3634	1.4033	-0.495	1.3949	0.0559	0.0614	0.2265	-0.0133	0.0178	0.0678	-0.0862	0.0011	-0.0737	0.0377	-0.0107	0.0104	0.0267	-0.003	0.0604	55.3278	65.9768	96.6642
3	0.31	-0.0726	-0.1109	1.4596	0.2536	0.2056	-0.006	0.0727	-0.0171	-0.0394	0.037	-0.1314	0.025	0.0184	-0.031	0.0123	-0.0024	-0.0002	0.042	-0.012	0.0157	68.3042	35.7733	86.728
4	1.2331	0.2541	0.1642	1.0903	-0.1845	0.9167	0.0389	-0.1045	-0.2099	0.1338	-0.0551	-0.0628	0.0664	0.0269	0.0162	0.0383	0.0012	-0.0023	0.0218	0.0207	0.0385	57.2229	15.3429	108.1249
5	2.6781	0.2768	0.8456	1.7574	0.2942	2.8214	0.1671	0.0953	-0.6987	-0.062	-0.0525	-0.1137	0.4912	0.0856	-0.1146	0.1745	0.0147	-0.0138	0.0179	0.0078	0.2698	56.1855	-2.5284	105.1323
6	0.792	0.487	-0.4132	0.8464	-0.3067	0.7769	-0.0751	0.1836	0.0169	-0.1866	0.1019	0.0742	0.0229	-0.0946	-0.0268	0.0472	-0.0058	-0.0215	0.0752	-0.0117	0.0183	53.795	27.9335	83.1833
7	0.6885	0.1211	0.0781	0.9559	-0.039	0.468	-0.0009	-0.0384	0.0165	0.0641	0.0138	-0.021	-0.0159	0.0135	-0.0129	0.015	0.0058	-0.0068	0.032	-0.021	0.0147	71.6988	16.3537	55.672
8	0.9377	0.1935	-0.2707	1.1301	-0.3359	0.6825	-0.0069	0.0975	0.1906	-0.0095	0.0758	0.0948	-0.0599	-0.0671	-0.0689	0.0247	0.0052	-0.0178	0.0446	-0.0058	0.078	62.2105	32.6391	51.1055
9	0.2898	0.0227	-0.026	0.8866	0.2652	0.2876	-0.0002	0.0561	-0.0115	-0.0355	0.0314	-0.095	0.0279	0.0367	-0.0312	0.0173	0.0027	-0.0014	0.0437	-0.0203	0.0225	78.3784	6.1359	39.5618
10	0.8566	0.2827	0.1329	0.783	0.0016	0.7058	0.0099	-0.1201	-0.0528	0.0579	0.0023	0.0575	0.0459	-0.0637	-0.0122	0.0218	0.0004	-0.0019	0.0409	0.0036	0.0182	61.4646	-8.9165	58.1635
11	1.0634	0.6319	0.5635	2.4191	-0.4356	1.876	0.098	-0.0537	-0.2279	0.0123	-0.063	-0.2437	0.292	0.1158	-0.035	0.078	0.0253	-0.0192	0.0455	0.0318	0.0678	70.333	-24.2828	64.9636
12	0.3137	0.1913	-0.2017	0.5641	-0.3571	0.9746	-0.0275	0.0565	-0.0239	-0.1135	0.0602	0.0332	0.0825	-0.0697	-0.0326	0.0279	-0.0015	-0.0159	0.0417	-0.0221	0.0231	63.2805	-5.8324	38.6646
13	0.9507	-0.3358	0.0635	1.0729	-0.0338	0.2978	0.0759	0.1024	-0.0751	-0.1026	-0.0732	0.0797	0.0533	0.0409	-0.0027	0.0271	0.0344	-0.0102	0.0822	-0.0128	0.0091	26.8408	-4.9683	35.2344
14	1.9898	-0.9457	-0.1812	2.7155	-0.6354	2.0161	0.0128	-0.1111	-0.2034	0.1642	0.0285	0.0793	0.0751	0.0679	-0.0413	0.0329	0.0297	-0.0064	0.0885	0.004	0.0558	31.4272	-18.1944	45.1036
15	0.4362	-0.1742	0.0741	1.299	0.1465	0.3212	-0.011	-0.0349	0.085	0.1069	0.0052	-0.1278	-0.0093	0.0563	0.0059	0.0126	0.002	-0.0129	0.0909	0.01	0.038	39.7454	12.7316	49.9849
16	0.6692	-0.3896	-0.4031	1.2316	-0.3649	1.2863	0.117	0.0879	0.1944	-0.1265	-0.1002	-0.1586	-0.1886	0.0798	-0.0168	0.0582	-0.0082	0.0209	0.0972	0.056	0.0926	27.8493	36.808	26.803
17	5.3017	-1.3554	-3.161	4.3915	0.4164	1.9485	0.2823	-0.7094	0.3737	0.498	-0.0684	-0.2887	-0.3073	0.4739	-0.214	0.3507	-0.0959	-0.0094	0.2718	-0.0037	0.1989	23.6722	45.7897	39.4183
18	0.5808	-0.3338	0.466	0.9119	-0.1588	0.9844	-0.0297	-0.0684	0.0479	0.245	0.0239	0.0307	0.0089	-0.0418	0.0058	0.0749	-0.0137	0.0155	0.129	0.0059	0.0539	25.3615	20.7684	53.2033
19	0.5614	-0.1775	0.1104	0.6262	-0.0836	0.2416	0.0035	0.0476	-0.0173	-0.084	-0.0123	0.0403	0.041	0.028	0.0088	0.0291	0.0006	-0.0005	0.0247	-0.0138	0.0139	17.2135	28.5742	80.6433
20	1.5086	-0.4657	0.029	2.19	-0.3448	1.6701	0.0034	-0.1062	-0.2803	0.0332	0.0841	0.1182	0.1419	0.0058	-0.0875	0.0295	0.0055	0.0012	0.0235	0.0062	0.0777	17.8307	9.8996	89.885
21	0.424	-0.0676	0.0192	1.1603	0.1924	0.2909	-0.0111	-0.0792	0.0519	0.0746	0.0157	-0.0845	-0.0318	0.0377	-0.0046	0.0154	-0.0002	-0.0092	0.0349	-0.0159	0.0152	29.645	41.3362	98.334
22	0.9776	-0.4206	-0.064	1.4729	-0.0599	0.8427	0.0644	0.1061	0.1296	-0.1037	-0.0532	0.0705	-0.0611	-0.05	-0.0112	0.0186	0.0044	0.0009	0.0213	0.0127	0.03	13.0628	57.7518	80.4686
23	2.1063	-0.6801	-0.9904	1.934	0.0422	1.9645	0.2784	0.0938	0.5678	-0.1246	-0.0928	-0.348	-0.3375	0.0729	-0.1855	0.1147	-0.018	0.0703	0.0436	0.0698	0.221	21.8275	73.3737	75.4641
24	0.6227	-0.4944	0.2067	1.2341	-0.3864	0.844	-0.0373	-0.1061	0.062	0.2079	0.0649	0.056	-0.0409	-0.038	-0.0276	0.0469	-0.0101	0.0227	0.0462	-0.0286	0.0346	14.8492	52.0399	100.1371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	158 - 266
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	267 - 354
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	189 - 281
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	282 - 354
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	0 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	105 - 266
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	267 - 354
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	0 - 104
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	105 - 266
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	267 - 354
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	0 - 220
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	221 - 266
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	267 - 354
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	-2 - 260
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	261 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	283 - 354
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	0 - 174
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	175 - 266
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	267 - 354
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	0 - 104
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	105 - 270
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	271 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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