PDB-3qky: Crystal structure of Rhodothermus marinus BamD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qky

タイトル

Crystal structure of Rhodothermus marinus BamD

要素

Outer membrane assembly lipoprotein YfiO

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Tetratricopeptide repeat / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodothermus marinus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Sandoval, C.M. / Baker, S.L. / Jansen, K. / Metzner, S.I. / Sousa, M.C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of BamD: an essential component of the beta-Barrel assembly machinery of gram-negative bacteria.
著者: Sandoval, C.M. / Baker, S.L. / Jansen, K. / Metzner, S.I. / Sousa, M.C.

履歴

登録	2011年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qky.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qky.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qky_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qky_full_validation.pdf.gz	429.3 KB	表示
XML形式データ	3qky_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	3qky_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/3qky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5le6-3 5le6-5 5le6-4 5le6-6 5le6-1 5jk9-6 3km3-d 4uj8-4 6bbw-1 5jk9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Outer membrane assembly lipoprotein YfiO

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.370, 114.370, 77.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1- HOH
2	1	A-316- HOH
3	1	A-399- HOH

#1: タンパク質	Outer membrane assembly lipoprotein YfiO 分子量: 30879.482 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 24-280 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (バクテリア) 株: ATCC 43812/DSM 4252/R-10 / 遺伝子: Rmar_0679 / 参照: UniProt: D0MFQ0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.13 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→42 Å / Num. obs: 20524

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.4_486) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 最高解像度: 2.15 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	1032	5.03 %
R_work	0.1687	-	-
obs	0.1706	20524	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.338 Å² / k_sol: 0.409 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8629 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.8629 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7257 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2117	0	0	152	2269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	2936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.474	826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2616	0.2791	145	0.2072	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2616-2.4034	0.2238	148	0.187	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4034-2.5889	0.2437	145	0.1809	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5889-2.8494	0.2326	153	0.1937	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8494-3.2617	0.2335	140	0.1813	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2617-4.1093	0.2018	147	0.1442	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1093-57.2052	0.1682	154	0.156	2788	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9605	0.8766	1.2584	0.7792	1.0042	2.0597	0.3079	-0.1858	-0.2895	0.8595	-0.1681	0.1606	0.895	-0.0465	0.1288	0.6419	-0.093	0.2136	0.239	0.0685	0.3315	34.2869	18.1576	85.0399
2	0.5727	0.6164	-0.2826	1.2405	0.0089	0.3081	-0.0486	-0.3196	-0.0111	1.2087	-0.0496	0.1119	0.108	-0.105	0.0622	0.6111	-0.0108	0.0997	0.1606	0.0441	0.2475	41.5367	22.7949	84.6454
3	0.0276	0.1375	-0.1824	2.959	-0.4989	0.9228	-0.0297	0.0602	-0.0807	0.5991	0.074	0.255	-0.0497	-0.0641	-0.0184	0.2484	-0.0011	0.069	0.1613	0.0343	0.2262	39.9497	35.1586	72.8282
4	1.8989	-0.6827	-0.325	1.5576	-0.2502	0.0693	0.1227	0.3771	0.1072	-0.3685	-0.0913	0.0615	-0.0552	0.0876	-0.0192	0.2029	-0.0338	-0.0186	0.2096	0.0099	0.2402	44.8153	36.8895	61.7116
5	0.7112	-0.6264	-0.0556	1.6142	-0.2685	0.7887	0.2113	0.1077	-0.228	-0.3618	-0.0468	0.1767	-0.0548	-0.038	-0.1385	0.1888	-0.0018	-0.0406	0.2231	0.0273	0.1967	32.6556	59.3436	55.341
6	0.5548	0.3946	0.0386	1.2713	0.0244	0.6916	0.1134	0.0481	-0.0573	-0.2406	-0.0075	0.0631	-0.0603	-0.1122	-0.1026	0.1667	-0.0134	-0.0192	0.1856	0.0089	0.1143	35.8847	58.4481	48.5172
7	0.8347	0.8711	0.0222	2.0167	-1.1894	1.1327	0.2708	0.0788	0.0602	0.1519	-0.2034	-0.3103	-0.2596	0.0511	0.0017	0.2293	-0.0161	-0.0093	0.2183	0.0093	0.1746	39.9272	71.6809	44.1786
8	2.1516	-0.0851	-0.4223	1.4519	-0.9196	1.2566	-0.2483	0.0021	-0.386	-0.5185	0.3778	-0.3035	0.5495	0.2289	-0.0418	0.4183	-0.0063	-0.0482	0.2195	-0.0426	0.2836	39.2442	53.1445	39.2237
9	1.0814	-0.0884	-0.0714	0.7563	-0.4034	2.6577	-0.0555	-0.0153	0.3301	-0.1717	-0.0268	0.1575	-0.1843	-0.0659	0.0683	0.2582	0.0529	0.0014	0.2962	0.0069	0.2137	38.6603	72.6269	35.7316
10	2.7208	-0.2039	-0.1995	4.6567	2.6387	5.0159	-0.3157	-0.0363	0.0127	-0.7645	0.1567	0.0305	-0.7282	0.7013	0.0731	0.463	0.1017	0.0711	0.4235	0.1146	0.5709	48.246	81.0927	47.0604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 11:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 33:61)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 62:113)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 114:143)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 144:177)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 178:199)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 200:219)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 220:234)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 235:254)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 255:261)

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