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万見
- PDB-3qjk: Structure of Calcium Binding Protein-1 from Entamoeba histolytica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qjk
タイトルStructure of Calcium Binding Protein-1 from Entamoeba histolytica in complex with Lead
要素Calcium-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of macropinocytosis / regulation of protein kinase activity / pseudopodium / phagocytic cup / actin monomer binding / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / actin filament binding / calcium ion binding ...regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of macropinocytosis / regulation of protein kinase activity / pseudopodium / phagocytic cup / actin monomer binding / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / actin filament binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LEAD (II) ION / Calcium-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Kumar, S. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Calcium Binding Protein-1 from Entamoeba histolytica in complex with Lead
著者: Kumar, S. / Gourinath, S.
履歴
登録2011年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8898
ポリマ－29,9422
非ポリマー9476
水30617
1
A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,33312
ポリマ－44,9133
非ポリマー1,4209
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
2
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,33312
ポリマ－44,9133
非ポリマー1,4209
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.264, 95.264, 64.597
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein / CABP


分子量: 14970.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytosol
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM1:IMSS / 遺伝子: EhCaBP1 / プラスミド: pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P38505
#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 60-65% MPD, 50mM NaOAc, 5mM Pb(NO3)2, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 6777 / Num. obs: 6763 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.0364 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
AUTOMARデータ削減
PHENIXdev_1011精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NXQ

2nxq


解像度: 3.001→28.082 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.01 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 685 10.13 %
Rwork0.2518 --
obs0.2549 6763 99.72 %
all-6777 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.955 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.1336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9307 Å20 Å20 Å2
2---8.9307 Å20 Å2
3---17.8614 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→28.082 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数996 0 12 17 1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8541353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.722373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0011-3.23250.36651350.32791210100
3.2325-3.55730.32161340.26111204100
3.5573-4.07070.28981350.23251208100
4.0707-5.12350.25331400.22551220100
5.1235-28.0830.27341410.2631123699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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