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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qi1 | ||||||
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タイトル | Design and synthesis of hydroxyethylamine (hea) BACE-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aspartate Protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 小胞体 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013 タイトル: Design and synthesis of hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors: prime side chromane-containing inhibitors. 著者: Ng, R.A. / Sun, M. / Bowers, S. / Hom, R.K. / Probst, G.D. / John, V. / Fang, L.Y. / Maillard, M. / Gailunas, A. / Brogley, L. / Neitz, R.J. / Tung, J.S. / Pleiss, M.A. / Konradi, A.W. / ...著者: Ng, R.A. / Sun, M. / Bowers, S. / Hom, R.K. / Probst, G.D. / John, V. / Fang, L.Y. / Maillard, M. / Gailunas, A. / Brogley, L. / Neitz, R.J. / Tung, J.S. / Pleiss, M.A. / Konradi, A.W. / Sham, H.L. / Dappen, M.S. / Adler, M. / Yao, N. / Zmolek, W. / Nakamura, D. / Quinn, K.P. / Sauer, J.M. / Bova, M.P. / Ruslim, L. / Artis, D.R. / Yednock, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3qi1.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3qi1.ent.gz | 72.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3qi1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/3qi1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45394.871 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-C6A / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 4.6 詳細: BACE PROTEIN AT 10MG/ML IN 100MM SODIUM BORATE BUFFER PH 8.5. 1MM COMPOUND ADDED TO PROTEIN AND INCUBATED AT 4 C FOR 3 HOURS. HANGING DROP PLATES SET UP WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 4% ...詳細: BACE PROTEIN AT 10MG/ML IN 100MM SODIUM BORATE BUFFER PH 8.5. 1MM COMPOUND ADDED TO PROTEIN AND INCUBATED AT 4 C FOR 3 HOURS. HANGING DROP PLATES SET UP WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 4% PEG 8000, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.6 THE DROPS WERE MIXED WITH 1:1 (V/V) RATIO OF PROTEIN/COMPOUND TO RESERVOIR AND INCUBATED AT ROOM TEMPERATURE FOR 2 WEEKS. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月30日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25.69 Å / Num. obs: 19292 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.86 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→25.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.646 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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