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- PDB-3qhx: Crystal Structure of Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qhx
タイトルCrystal Structure of Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs) from Mycobacterium ulcerans Agy99 bound to HEPES
要素Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
キーワードLYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / CGS_like / AAT_I superfamily / LLP / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


transsulfuration / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
#1: ジャーナル: Tuberculosis (Edinb) / 年: 2015
タイトル: Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / ...著者: Baugh, L. / Phan, I. / Begley, D.W. / Clifton, M.C. / Armour, B. / Dranow, D.M. / Taylor, B.M. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Dieterich, S.H. / Staker, B.L. / Gardberg, A.S. / Choi, R. / Hewitt, S.N. / Napuli, A.J. / Myers, J. / Barrett, L.K. / Zhang, Y. / Ferrell, M. / Mundt, E. / Thompkins, K. / Tran, N. / Lyons-Abbott, S. / Abramov, A. / Sekar, A. / Serbzhinskiy, D. / Lorimer, D. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2011年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32012年3月28日Group: Database references
改定 1.42015年4月22日Group: Database references
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
B: Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
C: Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
D: Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,09513
ポリマ－165,1654
非ポリマー9309
水26,7881487
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20940 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area43050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.963, 106.326, 100.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cystathionine gamma-synthase MetB (Cgs) / O-succinylhomoserine (thiol)-lyase


分子量: 41291.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium ulcerans (バクテリア)
株: Agy99 / 遺伝子: metB, MUL_0201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0PKT3, cystathionine gamma-synthase

-
非ポリマー , 5種, 1496分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25.5% PEG4000, 15% glycerol, 170 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→29.231 Å / Num. all: 186847 / Num. obs: 182652 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.65-1.713.80.443196.5
1.71-1.783.80.362196.9
1.78-1.863.80.282197.1
1.86-1.963.80.222197.6
1.96-2.083.80.163197.9
2.08-2.243.80.126198.2
2.24-2.463.80.105198.5
2.46-2.823.80.085198.9
2.82-3.553.80.061199.2
3.55-303.80.036199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QI6

3qi6


解像度: 1.65→29.231 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.168 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0809 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18077 9180 5 %RANDOM
Rwork0.14839 ---
obs0.15002 173473 97.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.438 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10936 0 52 1487 12475
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02211489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1571.97615755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.171318135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44551582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81823.567457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.352151682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.021581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02113227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.351.57554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4761.53102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.159212058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1633935
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9714.53655
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 629 -
Rwork0.215 12340 -
obs--94.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1842-0.0309-0.03410.01640.04150.1820.00550.02190.0209-0.00020.00710.0026-0.01340.0152-0.01260.0322-0.00670.0030.03080.00330.03460.4284-17.0842-39.3553
20.1905-0.05910.0950.3023-0.17310.48810.00190.0121-0.03710.01750.0175-0.02990.0720.0636-0.01940.02460.01510.0010.0253-0.01890.043514.2415-37.6795-33.0681
30.2175-0.03750.02190.0165-0.04070.16770.00510.0255-0.02370.00010.0045-0.00010.009-0.0179-0.00950.0351-0.0048-0.00370.0307-0.00490.0334-23.7957-27.0736-39.9636
40.1937-0.0715-0.03970.43270.03320.3031-0.00740.01880.03270.02510.02090.0213-0.047-0.032-0.01350.02630.0104-0.00140.02460.01860.0421-38.3053-7.5839-31.5455
50.17590.04090.02620.01510.02330.20690.005-0.0212-0.0136-0.00090.00570.00280.00960.0149-0.01070.02910.0049-0.00380.03540.00250.03040.5244-26.62971.7775
60.22530.1381-0.06320.5183-0.16080.3677-0.0149-0.01930.0442-0.01480.0313-0.0146-0.03850.0376-0.01650.017-0.0081-0.00470.027-0.0220.041314.7334-6.4779-5.4303
70.19780.0104-0.03170.014-0.04240.18790.0052-0.03030.0225-0.00350.0071-0.0043-0.0107-0.008-0.01230.03150.00450.00370.0334-0.00330.0315-23.9276-16.88333.0416
80.17070.0433-0.01570.31150.07110.4227-0.0153-0.0081-0.0339-0.00770.02650.02920.0752-0.0252-0.01120.028-0.0055-0.00010.020.01660.0462-36.464-35.3105-6.0865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2A263 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3B12 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4B256 - 388
5X-RAY DIFFRACTION5C12 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6C263 - 388
7X-RAY DIFFRACTION7D12 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8D246 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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