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- PDB-3qds: Structure of apo Boletus edulis lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qds
タイトルStructure of apo Boletus edulis lectin
要素BOLETUS EDULIS LECTIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Boletus edulis / lectin / mushroom / T-antigen / Carbohydrate / Sugar Binding
機能・相同性Fungal fruit body lectin / Fungal fruit body lectin / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / carbohydrate binding / Sandwich / Mainly Beta / Boletus edulis lectin
機能・相同性情報
生物種Boletus edulis (ヤマドリタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2011
タイトル: Structure of a lectin with antitumoral properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms.
著者: Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2011年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOLETUS EDULIS LECTIN
B: BOLETUS EDULIS LECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7042
ポリマ－31,7042
非ポリマー00
水4,504250
1
A: BOLETUS EDULIS LECTIN
B: BOLETUS EDULIS LECTIN

A: BOLETUS EDULIS LECTIN
B: BOLETUS EDULIS LECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4074
ポリマ－63,4074
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
2
A: BOLETUS EDULIS LECTIN

A: BOLETUS EDULIS LECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7042
ポリマ－31,7042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
3
B: BOLETUS EDULIS LECTIN

B: BOLETUS EDULIS LECTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7042
ポリマ－31,7042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.047, 97.443, 84.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BOLETUS EDULIS LECTIN


分子量: 15851.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Boletus edulis (ヤマドリタケ) / 参照: UniProt: F2Z266*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 0.05M MES, 10% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→29.3 Å / Num. obs: 95942 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3QDW

3qdw


解像度: 1.15→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 0.884 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18745 4803 5 %RANDOM
Rwork0.17369 ---
obs0.17439 91124 96.54 %-
all-91124 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 0 250 2490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9313106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.6123.208106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28615366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4611516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.51404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12622270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4953886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.334.5836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 293 -
Rwork0.191 5700 -
obs--82.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1170.0713-0.00510.3656-0.03640.20540.00430.0028-0.01980.00120.0019-0.00530.01880.0304-0.00620.0240.00850.00210.02350.00460.0242-16.122-11.4774-3.9236
20.20920.1634-0.05470.4893-0.05920.1285-0.01670.03370.01080.0010.0295-0.0256-0.0127-0.0488-0.01280.02210.0055-0.00270.0296-0.00530.0226-46.144110.8804-5.4674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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