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万見
- PDB-3qc0: Crystal structure of a sugar isomerase (SMc04130) from SINORHIZOB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qc0
タイトルCrystal structure of a sugar isomerase (SMc04130) from SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021 at 1.45 A resolution
要素sugar isomerase
キーワードISOMERASE / TIM BARREL / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a sugar isomerase (SMc04130) from SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021 at 1.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sugar isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,73613
ポリマ－29,7281
非ポリマー2,00812
水4,810267
1
A: sugar isomerase
ヘテロ分子

A: sugar isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,47226
ポリマ－59,4562
非ポリマー4,01524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.796, 70.796, 264.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-477-

HOH

詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 sugar isomerase


分子量: 29728.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R00122, SMc04130 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q92T58
#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50.0% PEG-200, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97929,0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月12日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979291
30.979151
反射解像度: 1.45→29.865 Å / Num. all: 70842 / Num. obs: 70842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 16.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.45-1.495.80.6922.32980351090.69299.8
1.49-1.535.90.5331.42925350000.53399.9
1.53-1.575.90.4341.82857548820.43499.9
1.57-1.625.90.3582.22759447080.358100
1.62-1.675.90.2952.62686745760.295100
1.67-1.735.90.2493.12622544610.249100
1.73-1.85.90.1963.92523543050.196100
1.8-1.875.90.1534.92437141560.153100
1.87-1.965.90.1275.72348039990.127100
1.96-2.055.80.1066.52232938180.106100
2.05-2.165.90.09472153736760.094100
2.16-2.295.80.08972023334680.089100
2.29-2.455.80.0867.31910832790.086100
2.45-2.655.80.0738.41773130510.073100
2.65-2.95.80.0639.41647028420.063100
2.9-3.245.70.05411.21496926140.054100
3.24-3.745.70.04712.11316323170.047100
3.74-4.595.50.047121102719890.047100
4.59-6.485.40.04712867416170.047100
6.48-29.8654.70.04512.145929750.04598.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
SCALA3.3.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.865 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU B: 2.285 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.053
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. THE IDENTITY OF THE METAL SITE WAS TENTATIVELY ASSIGNED AS A PARTIAL OCCUPANCY ZINC SITE BASED ON THE PRESENCE OF ZINC IN A X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION SCAN. HOWEVER, OTHER METALS WERE ALSO PRESENT IN THE SCAN WITH LOWER PEAK HEIGHTS. THE CHANGE IN ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY PEAK HEIGHTS CALCULATED WITH DATA COLLECTED ABOVE AND BELOW THE ZINC K-ABSORPTION EDGE SHOWS ONLY A SMALL DECREASE SUGGESTING THAT ADDITIONAL METALS MAY BE BOUND AT THE SITE. HOMOLOGOUS STRUCTURES HAVE BOTH ZN (PDB ID: 1I6N, 2Q02, 3JU2) AND MN (PDB ID: 2OU4, 2QUL, 2QUM, 2QUN) IONS MODELED AT THIS SITE. 7. TETRAETHYLENE GLYCOL (PG4) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 8. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS MODELED NEAR ZINC ION. 9. ATOM OCCUPANCIES WERE REFINED WITH PHENIX.REFINE SOFTWARE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 3571 5 %RANDOM
Rwork0.1594 ---
obs0.1607 70726 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.64 Å2 / Biso mean: 24.3082 Å2 / Biso min: 10.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å21.04 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----3.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2041 0 101 267 2409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.9893071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95233872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3325301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14323.08594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88615354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5811522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5381.51415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9811.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22322264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1893856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7014.5798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.6833852
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.7283276
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.33633809
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 243 -
Rwork0.248 4852 -
all-5095 -
obs--99.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.502 Å / Origin y: 44.422 Å / Origin z: 0.704 Å
111213212223313233
T0.0532 Å2-0.0184 Å2-0.0171 Å2-0.0207 Å20.0075 Å2--0.0513 Å2
L0.0117 °2-0.0383 °20.0878 °2-0.5721 °2-0.6483 °2--0.8998 °2
S0.0118 Å °-0.0284 Å °-0.0039 Å °-0.1413 Å °0.0495 Å °0.0127 Å °0.1699 Å °-0.0735 Å °-0.0614 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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