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- PDB-3qb0: Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb0
タイトルCrystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP
要素Actin-related protein 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / actin fold / ATP binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription ...Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin-related protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.404 Å
データ登録者Fenn, S. / Breitsprecher, D. / Gerhold, C.B. / Witte, G. / Faix, J. / Hopfner, K.P.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2011
タイトル: Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
著者: Fenn, S. / Breitsprecher, D. / Gerhold, C.B. / Witte, G. / Faix, J. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Actin-related protein 4
B: Actin-related protein 4
C: Actin-related protein 4
D: Actin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,64112
ポリマ-224,4524
非ポリマー2,1898
00
1
A: Actin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6603
ポリマ-56,1131
非ポリマー5472
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Actin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6603
ポリマ-56,1131
非ポリマー5472
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Actin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6603
ポリマ-56,1131
非ポリマー5472
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Actin-related protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6603
ポリマ-56,1131
非ポリマー5472
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.810, 118.810, 395.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13B
23C
14B
24C
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18A
28B
19A
29B
110C
210A
111C
211A
112C
212A
113C
213A
114C
214A
115D
215C
116D
216C
117D
217C
118D
218C
119D
219C
120B
220D
121B
221D
122B
222D
123B
223D
124B
224D
125A
225D
126B
226C
127A
227B
128C
228A
129D
229C
130B
230D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A resid 10:325A0
211chain D resid 10:325D0
112chain A resid 382:489A0
212chain D resid 382:489D0
113chain B resid 8:326B0
213chain C resid 8:326C0
114chain B resid 382:489B0
214chain C resid 382:489C0
115chain A resid 12:294A0
215chain B resid 12:294B0
116chain A resid 311:326A0
216chain B resid 311:326B0
117chain A resid 383:440A0
217chain B resid 383:440B0
118chain A resid 446:464A0
218chain B resid 446:464B0
119chain A resid 466:489A0
219chain B resid 466:489B0
1110chain C resid 12:294C0
2110chain A resid 12:294A0
1111chain C resid 311:326C0
2111chain A resid 311:326A0
1112chain C resid 383:440C0
2112chain A resid 383:440A0
1113chain C resid 446:464C0
2113chain A resid 446:464A0
1114chain C resid 466:489C0
2114chain A resid 466:489A0
1115chain D resid 12:294D0
2115chain C resid 12:294C0
1116chain D resid 311:326D0
2116chain C resid 311:326C0
1117chain D resid 383:440D0
2117chain C resid 383:440C0
1118chain D resid 446:464D0
2118chain C resid 446:464C0
1119chain D resid 466:489D0
2119chain C resid 466:489C0
1120chain B resid 12:294B0
2120chain D resid 12:294D0
1121chain B resid 311:326B0
2121chain D resid 311:326D0
1122chain B resid 383:440B0
2122chain D resid 383:440D0
1123chain B resid 446:464B0
2123chain D resid 446:464D0
1124chain B resid 466:489B0
2124chain D resid 466:489D0
1125chain AE0
2125chain DK0
1126chain BG0
2126chain CI0
1127chain AE0
2127chain BG0
1128chain CI0
2128chain AE0
1129chain DK0
2129chain CI0
1130chain BG0
2130chain DK0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
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21
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29
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-
要素

#1: タンパク質
Actin-related protein 4 / Actin-like protein ARP4 / Actin-like protein 4


分子量: 56113.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ACT3, ARP4, J1012, YJL081C / プラスミド: pFBDM / 細胞株 (発現宿主): HIGH FIVE / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P80428
#2: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 43229 / Num. obs: 43032 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.71 % / Net I/σ(I): 11.64
反射 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YAG
解像度: 3.404→49.54 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 2118 4.92 %Random
Rwork0.1915 ---
obs0.1929 43013 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.45 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6367 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.6367 Å2-0 Å2
3----13.2735 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.404→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13657 0 128 0 13785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80519144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8635240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032432
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
12D2522X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
21A848X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
22D848X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
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32C2548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.011
41B848X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
42C848X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
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52B2257X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
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62B141X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
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161D141X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
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301B31X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
302D31X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4041-3.48330.34631110.28392755X-RAY DIFFRACTION100
3.4833-3.57030.28431380.24682714X-RAY DIFFRACTION100
3.5703-3.66680.25931450.23682701X-RAY DIFFRACTION100
3.6668-3.77470.25271450.21792716X-RAY DIFFRACTION100
3.7747-3.89650.26571440.20212718X-RAY DIFFRACTION100
3.8965-4.03570.20831410.18922741X-RAY DIFFRACTION100
4.0357-4.19720.20611430.17492729X-RAY DIFFRACTION100
4.1972-4.38810.19541450.14932731X-RAY DIFFRACTION100
4.3881-4.61930.17781410.14032706X-RAY DIFFRACTION100
4.6193-4.90850.15621470.15372739X-RAY DIFFRACTION100
4.9085-5.28710.20931410.16112717X-RAY DIFFRACTION100
5.2871-5.81840.21421440.18432722X-RAY DIFFRACTION100
5.8184-6.65860.20211450.18852745X-RAY DIFFRACTION100
6.6586-8.38250.21271430.18682727X-RAY DIFFRACTION100
8.3825-49.54530.17311450.17252734X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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