PDB-3qb0: Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qb0

タイトル

Crystal structure of Actin-related protein Arp4 from S. cerevisiae complexed with ATP

要素

Actin-related protein 4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / actin fold / ATP binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / chromatin organization / histone binding / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.404 Å

データ登録者

Fenn, S. / Breitsprecher, D. / Gerhold, C.B. / Witte, G. / Faix, J. / Hopfner, K.P.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structural biochemistry of nuclear actin-related proteins 4 and 8 reveals their interaction with actin.
著者: Fenn, S. / Breitsprecher, D. / Gerhold, C.B. / Witte, G. / Faix, J. / Hopfner, K.P.

履歴

登録	2011年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qb0.cif.gz	357.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qb0.ent.gz	286 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qb0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3qb0_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3qb0_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	3qb0_validation.xml.gz	63.7 KB	表示
CIF形式データ	3qb0_validation.cif.gz	82.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/3qb0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yagS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m0l-5 4ab5-d 3pas-2 4mpn-d 4mpe-d 6240 1ui5-d 4mp7-d 6wp9-3 5dsz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (5) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin-related protein 4

B: Actin-related protein 4

C: Actin-related protein 4

D: Actin-related protein 4

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Actin-related protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Actin-related protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Actin-related protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Actin-related protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	118.810, 118.810, 395.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Actin-related protein 4 / Actin-like protein ARP4 / Actin-like protein 4 分子量: 56113.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ACT3, ARP4, J1012, YJL081C / プラスミド: pFBDM / 細胞株 (発現宿主): HIGH FIVE / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P80428
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 27 % PEG2000MME, 0.1 M HEPES-NaOH, 6 % D+-Trehalose, 50 mM Glycine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 43229 / Num. obs: 43032 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.71 % / Net I/σ(I): 11.64
反射シェル	解像度: 3.4→3.61 Å / R_merge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1YAG

1yag

解像度: 3.404→49.54 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2207	2118	4.92 %	Random
R_work	0.1915	-	-	-
obs	0.1929	43013	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.45 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.6367 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.6367 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-13.2735 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.404→49.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13657	0	128	0	13785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.805	19144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.863	5240
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	2125
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2432

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2522	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
1	2	D	2522	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
2	1	A	848	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
2	2	D	848	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
3	1	B	2548	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
3	2	C	2548	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
4	1	B	848	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
4	2	C	848	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
5	1	A	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
5	2	B	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
6	1	A	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
6	2	B	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
7	1	A	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
7	2	B	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
8	1	A	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
8	2	B	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
9	1	A	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
9	2	B	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
10	1	C	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
10	2	A	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
11	1	C	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
11	2	A	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
12	1	C	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
12	2	A	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
13	1	C	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
13	2	A	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
14	1	C	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
14	2	A	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
15	1	D	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
15	2	C	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
16	1	D	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
16	2	C	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
17	1	D	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
17	2	C	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
18	1	D	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
18	2	C	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
19	1	D	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
19	2	C	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
20	1	B	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
20	2	D	2257	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
21	1	B	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
21	2	D	141	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
22	1	B	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
22	2	D	434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
23	1	B	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
23	2	D	148	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
24	1	B	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
24	2	D	212	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
25	1	A	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
25	2	D	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
26	1	B	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
26	2	C	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
27	1	A	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
27	2	B	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
28	1	C	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
28	2	A	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
29	1	D	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
29	2	C	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
30	1	B	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
30	2	D	31	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4041-3.4833	0.3463	111	0.2839	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4833-3.5703	0.2843	138	0.2468	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5703-3.6668	0.2593	145	0.2368	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6668-3.7747	0.2527	145	0.2179	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7747-3.8965	0.2657	144	0.2021	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8965-4.0357	0.2083	141	0.1892	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0357-4.1972	0.2061	143	0.1749	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1972-4.3881	0.1954	145	0.1493	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3881-4.6193	0.1778	141	0.1403	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6193-4.9085	0.1562	147	0.1537	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9085-5.2871	0.2093	141	0.1611	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2871-5.8184	0.2142	144	0.1843	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8184-6.6586	0.2021	145	0.1885	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6586-8.3825	0.2127	143	0.1868	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3825-49.5453	0.1731	145	0.1725	2734	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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