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- PDB-3q85: Crystal Structure of Rem2 G-domain -GTP Analog Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q85
タイトルCrystal Structure of Rem2 G-domain -GTP Analog Complex
要素GTP-binding protein REM 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-domain / G-protein / Cav2 beta
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activity / GTP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...: / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / THIOCYANATE ION / GTP-binding protein REM 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.757 Å
データ登録者Navon-Perry, L. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: RGK Family G-Domain:GTP Analog Complex Structures and Nucleotide-Binding Properties.
著者: Sasson, Y. / Navon-Perry, L. / Huppert, D. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2011年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein REM 2
B: GTP-binding protein REM 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1029
ポリマ－37,8352
非ポリマー1,2677
水7,855436
1
A: GTP-binding protein REM 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5224
ポリマ－18,9171
非ポリマー6053
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTP-binding protein REM 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5805
ポリマ－18,9171
非ポリマー6634
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.525, 59.080, 56.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein REM 2 / Rad and Gem-like GTP-binding protein 2


分子量: 18917.383 Da / 分子数: 2 / 断片: G-domain, rsidues 114-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rem2 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VEL9
#2: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20%(w/v) PEG3350, 0.5M potassium thiocyanate and 7% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.757→50 Å / Num. all: 31389 / Num. obs: 31389 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.01247 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.757-1.792.40.4891.39711.03758.1
1.79-1.822.50.4291.411611.11369.3
1.82-1.862.60.4781.513091.16379.1
1.86-1.92.70.391.914141.10284.3
1.9-1.942.70.392.115441.27991.6
1.94-1.982.80.3132.815871.2294.8
1.98-2.032.80.2673.316181.19497.2
2.03-2.092.90.2713.716651.49798.9
2.09-2.152.90.2324.516521.34198.8
2.15-2.222.90.1855.616551.36499.3
2.22-2.32.90.1616.516691.28199.2
2.3-2.392.90.1357.816911.33599.7
2.39-2.52.90.1288.616431.4199.7
2.5-2.632.90.1149.517111.3799.8
2.63-2.792.90.08812.316631.35699.8
2.79-3.012.90.06914.416881.18699.9
3.01-3.312.90.0519.516871.11499.5
3.31-3.792.90.03825.616771.06299.2
3.79-4.782.90.03623.816881.13899
4.78-502.90.04120.516961.12897.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(AutoMR)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_412)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(AutoMR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CBQ

3cbq


解像度: 1.757→40.281 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 1438 5.1 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2092 28191 83.65 %-
all-28204 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.773 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3846 Å2-0 Å2-0.4436 Å2
2---0.4291 Å2-0 Å2
3---0.8138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.757→40.281 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 75 436 2843
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0193339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.866906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7573-1.82010.3618630.34261496X-RAY DIFFRACTION46
1.8201-1.89290.34351050.31392022X-RAY DIFFRACTION64
1.8929-1.97910.33071230.26182428X-RAY DIFFRACTION76
1.9791-2.08340.28271410.23352656X-RAY DIFFRACTION84
2.0834-2.2140.25781590.21892813X-RAY DIFFRACTION89
2.214-2.38490.22171600.20172912X-RAY DIFFRACTION91
2.3849-2.62480.27541810.19822987X-RAY DIFFRACTION94
2.6248-3.00460.20251570.19633096X-RAY DIFFRACTION97
3.0046-3.7850.19781740.17533168X-RAY DIFFRACTION98
3.785-40.29170.21781750.20093175X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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