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- PDB-3q66: Structure of the Vps75-Rtt109 histone chaperone-lysine acetyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q66
タイトルStructure of the Vps75-Rtt109 histone chaperone-lysine acetyltransferase complex (Full-length proteins in space group P6122)
要素
  • Histone acetyltransferase RTT109
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 75
キーワードCHAPERONE/TRANSFERASE / histone chaperone / lysine acetyltransferase / CHAPERONE-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin disassembly / histone H3K14 acetyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 acetyltransferase activity / maintenance of rDNA / acetyltransferase activator activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange ...histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin disassembly / histone H3K14 acetyltransferase activity / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 acetyltransferase activity / maintenance of rDNA / acetyltransferase activator activity / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / retrotransposon silencing / histone H3 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / protein modification process / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nucleosome assembly / protein transport / histone binding / regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferase Rtt109 / Rtt109-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 75 / Histone acetyltransferase RTT109
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Su, D. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and histone binding properties of the Vps75-Rtt109 chaperone-lysine acetyltransferase complex.
著者: Su, D. / Hu, Q. / Zhou, H. / Thompson, J.R. / Xu, R.M. / Zhang, Z. / Mer, G.
履歴
登録2010年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 75
C: Histone acetyltransferase RTT109
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 75
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3115
ポリマ－112,1193
非ポリマー1922
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area43690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.385, 99.385, 479.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-294-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 75


分子量: 30656.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: N0890, VPS75, YNL246W / プラスミド: pCOLA Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53853
#2: タンパク質 Histone acetyltransferase RTT109 / Regulator of Ty1 transposition protein 109


分子量: 50806.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: KIM2, L1377, REM50, RTT109, YLL002W / プラスミド: GST-based pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07794, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 2 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 37636 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3CZ7 2ZD7

3cz7

2zd7


解像度: 2.705→40.505 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 24.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 503 1.34 %RANDOM
Rwork0.2061 ---
obs0.2066 37636 94.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.248 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8139 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.8139 Å20 Å2
3----3.6277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.705→40.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7262 0 10 118 7390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19610100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5062845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7053-2.97750.31771120.25528708X-RAY DIFFRACTION91
2.9775-3.40810.30771190.23079035X-RAY DIFFRACTION94
3.4081-4.29310.22021330.17459391X-RAY DIFFRACTION96
4.2931-40.50950.22281390.19959999X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44490.352-0.52780.9468-0.17974.363-0.49640.2472-0.26910.01290.3898-0.1289-0.7683-0.95610.04040.55040.1008-0.06080.8747-0.14750.4777-35.235755.6117-29.3472
20.4971-0.36310.03840.52580.06861.1746-0.1688-0.18920.4441-0.0418-0.03360.06990.1594-0.66080.19520.144-0.0768-0.03550.6979-0.02020.2725-31.035837.2497-3.9674
32.5128-0.59240.8237-0.03250.1471-0.4499-0.34520.2460.27820.04090.11280.13650.07310.0570.16790.1171-0.1227-0.05640.15210.09020.2165-30.477840.107423.9848
42.7639-1.34341.07141.734-2.70937.5503-0.01190.8965-0.39350.10160.09390.2506-0.70560.9538-0.05430.2692-0.0351-0.05240.58210.02010.3228-37.891832.32267.8257
52.0195-0.0106-0.33630.27240.29140.1778-0.11870.1801-0.02470.07240.1370.00510.0052-0.2995-0.06870.2918-0.0375-0.01910.3421-0.0210.2742-41.309436.546919.3608
66.2818-1.73191.46292.5540.5445.73130.3297-0.7147-0.4043-0.72710.38120.1587-0.87090.4051-0.40230.564-0.0506-0.020.36490.01840.3061-47.025947.77050.2827
70.40940.3086-0.14810.19480.52331.6108-0.3923-0.1030.67250.16310.1026-0.1450.0221-0.15770.17280.1037-0.0912-0.00590.36490.05540.2814-51.731345.238328.3604
84.69822.075-0.08092.491-1.84763.61520.27530.3967-0.54980.3118-0.45041.3102-0.61670.35990.08650.43880.011-0.05380.37650.04620.6843-53.58356.292327.3711
92.2913-0.70650.15111.25550.27540.2294-0.00781.0147-0.03910.03950.1040.25450.01620.2055-0.04970.225-0.02550.0120.46140.04160.3063-47.31648.945918.0762
10-0.0984-0.12040.63210.33970.09011.0453-0.33420.31870.3694-0.01290.1243-0.19270.02080.1580.16560.1481-0.02740.00920.39650.11340.3347-26.159443.909617.9231
111.83842.9292-1.63675.4106-1.10794.0531.6411-0.5822-0.54860.1482-1.22220.2404-0.16610.6697-0.04290.22160.0935-0.01490.5761-0.06980.7378-14.994851.629624.5378
128.2668-0.4447-9.6130.12590.58361.9861-0.70290.62921.16830.29640.86620.0670.5561-0.2437-0.21060.99890.28790.00841.75880.11580.9885-5.665169.30845.0274
130.9281-0.3622-0.15830.3954-1.5408-0.1090.0943-0.1568-0.01950.4741-0.1063-0.0175-0.18570.142-0.00390.4921-0.1460.00180.4029-0.09360.3076-24.598971.73139.8866
142.3406-1.6369-1.18485.9442-0.27474.7482-0.210.7659-0.00751.1855-1.0844-0.4212-0.15270.29831.07620.3165-0.1712-0.0270.60750.30990.2527-4.128473.712.9634
150.36470.287-1.13090.4498-0.59173.6584-0.060.9185-0.74070.1883-1.0326-0.5062-0.09081.18590.78641.0643-0.6177-0.12051.68980.12121.45192.057576.746218.0028
160.12160.58570.66871.3103-0.57232.2723-0.24390.10040.01580.09550.07780.35870.05380.23350.11890.3607-0.0642-0.00360.25530.06470.3309-26.676469.989930.0759
172.46051.0628-0.47030.2565-0.01190.48360.2370.2541-0.09370.19370.1237-0.0229-0.5633-0.1066-0.17610.4638-0.1748-0.01780.43470.05070.3013-7.654275.728225.9374
180.15640.11410.0218-0.19350.1149-0.1152-0.08440.0635-0.06090.33370.17580.1137-0.3518-0.0225-0.10890.51340.06310.07880.30230.10090.4278-37.813275.868328.6959
19-0.05120.154-0.60110.5999-0.10990.04820.2974-0.1598-0.03690.3009-0.33020.0332-0.08230.13870.03730.387-0.18580.00430.34330.06260.2656-16.255371.031932.5053
209.2138-3.2967-4.24847.4716-2.47622.0392-1.26980.9264-1.99210.2821-0.16360.5958-0.25430.55270.60660.38090.00920.00020.84230.56130.68770.077244.202425.578
211.27421.3775-0.23261.093-0.36330.99590.10520.3877-0.10320.0744-0.11-0.1989-0.14880.36350.04620.25470.0015-0.05710.41130.03680.2446-9.634337.940826.6291
222.0625.664-2.82356.8354-4.21895.23241.37331.966-0.19441.0045-0.1992-0.5449-0.5259-1.0916-0.65970.3876-0.0809-0.10.64280.10770.3566-1.540651.034834.9694
230.4729-0.688-0.08962.3668-1.2780.65360.31860.1281-0.09070.3406-0.32130.3195-0.11330.2328-0.02760.4495-0.18250.020.27840.04650.2967-14.934275.019526.0881
240.81691.14270.6586-0.5564-1.47630.30280.5583-0.03430.08350.4954-0.05410.2575-0.52190.0275-0.41760.4935-0.05760.06520.12890.03160.367-28.833284.901723.9918
250.43620.64611.36830.85971.69648.4979-1.0023-0.09510.3994-0.4182-0.68452.3352-2.21670.00151.35040.8066-0.0187-0.06210.2979-0.00280.7788-25.739897.637515.145
261.23530.4763-1.34910.6907-0.75811.9890.07020.04970.20390.092-0.17350.0534-0.09490.09470.0520.4841-0.0687-0.10070.29140.08570.2554-13.066987.609716.658
271.86440.1931-0.12092.3541-0.80951.32550.40210.09750.0199-0.4384-0.2240.4229-0.10270.1665-0.10180.51680.0663-0.10460.36370.11260.3912-17.782678.45175.3195
281.266-0.3878-0.39711.3247-2.24331.33350.1952-0.0269-0.03620.2647-0.03540.1744-0.14090.0475-0.0790.4421-0.1327-0.0470.29620.04390.2918-19.796577.720427.5964
295.6362-1.44792.3741.53130.19521.3362-0.16830.4787-0.37010.15370.09890.38390.10870.24150.08810.3291-0.0732-0.02610.16910.07010.2098-32.364361.117225.0386
301.5653-0.6733-0.07712.8622-1.80110.51770.3183-0.2578-0.2940.06940.08150.0252-0.2063-0.0587-0.31880.2815-0.01830.04690.26180.01180.2673-34.51361.934337.2843
312.26091.90971.75342.3520.34642.746-0.36480.21180.37770.78061.20330.55040.02270.9185-0.54551.15580.36090.02580.9063-0.31040.9184-37.089290.112948.2387
325.51790.819-1.72831.48261.1921.8801-0.05160.8255-0.7719-0.5056-0.7440.0527-1.9694-0.81020.60670.89780.0721-0.14070.7203-0.1970.3883-24.087785.027157.3638
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351.1415-0.0851-1.00820.9268-0.63680.99180.06040.49-0.0374-0.6032-0.5654-0.06250.1225-0.87620.28090.3650.1223-0.0970.51850.07410.2091-25.18254.7177-21.891
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404.16370.01851.66610.03710.15125.2953-0.2687-1.1141-0.38740.8849-0.04590.0421-1.7460.70610.40410.826-0.1096-0.09930.9790.17710.50665.879374.2931-8.8068
41-0.08970.56070.10740.8125-0.47991.2622-0.2029-0.30260.09460.1023-0.2655-0.1644-0.008-0.18540.33650.25320.0085-0.0380.38-0.02490.3878-3.649662.6666-7.7758
421.70590.05641.16322.9009-0.94950.6039-0.2513-1.81730.2696-0.2170.011-0.3360.1225-0.82120.17650.22540.0784-0.04560.6882-0.14430.2678-21.348655.3114-9.6533
431.48850.6633-1.96920.8221-0.30773.3329-0.4314-0.21530.2163-0.0519-0.4388-0.2391-0.20620.68220.3160.6760.40640.00230.9841-0.39680.7624-35.325365.6432-14.4005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:20)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 21:42)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 43:86)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 87:95)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 96:125)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 126:140)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 141:163)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 164:177)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 178:197)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 198:223)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 224:231)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 247:253)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid -5:29)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 30:38)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 39:43)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 44:67)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 68:84)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 85:98)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 99:130)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 131:136)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 137:166)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 167:174)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 175:199)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 200:246)
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 247:257)
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 258:284)
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 285:319)
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 320:352)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 353:374)
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 375:402)
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 403:407)
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 408:426)
33X-RAY DIFFRACTION33(chain C and resid 9:22)
34X-RAY DIFFRACTION34(chain C and resid 23:44)
35X-RAY DIFFRACTION35(chain C and resid 45:62)
36X-RAY DIFFRACTION36(chain C and resid 63:77)
37X-RAY DIFFRACTION37(chain C and resid 78:128)
38X-RAY DIFFRACTION38(chain C and resid 129:137)
39X-RAY DIFFRACTION39(chain C and resid 138:161)
40X-RAY DIFFRACTION40(chain C and resid 162:172)
41X-RAY DIFFRACTION41(chain C and resid 173:196)
42X-RAY DIFFRACTION42(chain C and resid 197:216)
43X-RAY DIFFRACTION43(chain C and resid 217:225)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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