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- PDB-3q5p: Crystal structure of BmrR bound to Tetracycline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5p
タイトルCrystal structure of BmrR bound to Tetracycline
要素
  • 23 bp BmrR promoter DNA
  • Multidrug-efflux transporter 1 regulator
キーワードTRANSCRIPTION/DNA/ANTIBIOTIC / multidrug binding / multidrug resistance / Transcription regulator / TRANSCRIPTION-DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. ...Single helix bin / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRACYCLINE / DNA / DNA (> 10) / Multidrug-efflux transporter 1 regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.942 Å
データ登録者Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, G. / Wade, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural contributions to multidrug recognition in the multidrug resistance (MDR) gene regulator, BmrR.
著者: Bachas, S. / Eginton, C. / Gunio, D. / Wade, H.
履歴
登録2010年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp BmrR promoter DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3365
ポリマ－39,7082
非ポリマー6293
水27015
1
A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp BmrR promoter DNA
ヘテロ分子

A: Multidrug-efflux transporter 1 regulator
B: 23 bp BmrR promoter DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,67310
ポリマ－79,4164
非ポリマー1,2576
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z+1/21
Buried area13560 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area32680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.676, 106.676, 146.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 Multidrug-efflux transporter 1 regulator


分子量: 32649.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: bmrR, bmr1R, BSU24020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39075
#2: DNA鎖 23 bp BmrR promoter DNA


分子量: 7058.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 23 bp promoter of Bmr efflux pump gene synthesized by IDT
#3: 化合物 ChemComp-TAC / TETRACYCLINE / テトラサイクリン


分子量: 444.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N2O8 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.236 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.509 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Sodium Malonate 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月24日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.942→50 Å / Num. obs: 17789 / % possible obs: 95.8 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.95-3.06168.2
3.06-3.18192.1
3.18-3.32199.5
3.32-3.51100
3.5-3.721100
3.72-4199.8
4-4.41199.8
4.41-5.04199.8
5.04-6.35199.5
6.35-50198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
REFMAC位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.942→43.084 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.41 / SU R Cruickshank DPI: 0.595 / σ(F): 1 / 位相誤差: 29.23 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2623 775 4.85 %
Rwork0.2163 --
obs0.2186 15979 86.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.039 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1145 Å20 Å20 Å2
2--0.1145 Å2-0 Å2
3----0.2291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.942→43.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 468 44 15 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3913926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6941077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079445
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9423-3.12650.5431720.36791637X-RAY DIFFRACTION56
3.1265-3.36790.29141390.29522347X-RAY DIFFRACTION82
3.3679-3.70660.32971310.26742563X-RAY DIFFRACTION89
3.7066-4.24260.2411200.20282714X-RAY DIFFRACTION92
4.2426-5.34360.18741270.16562908X-RAY DIFFRACTION98
5.3436-43.08840.26151860.2073035X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86810.1735-0.50310.3420.17010.7083-0.01710.20310.0539-0.0244-0.0897-0.06080.1037-0.254500.49230.0437-0.01480.4824-0.05090.486648.5248-12.963219.1546
20.1357-0.0780.1303-0.00650.13430.0925-0.3006-0.1893-0.0943-0.1729-0.3140.1459-1.1817-0.5104-0.00290.78330.0662-0.08140.516-0.10480.734468.46045.99445.2954
30.00110.02040.00430.17640.05330.0263-0.26760.2144-0.87960.35670.14460.56180.0064-0.93920.00370.5201-0.08660.08510.4524-0.13510.737861.567319.465349.4384
40.52180.9007-0.12521.13620.26820.82520.1061-0.1575-0.13120.0929-0.2282-0.01790.06280.17450.00010.49990.0153-0.0110.5593-0.00070.456769.36523.970165.1139
50.23010.1823-0.14690.0316-0.03490.12050.454-0.5160.0350.593-0.86250.16230.5335-0.85420.00150.8039-0.08380.00020.7904-0.26350.790134.781-16.000333.0795
60.29220.03820.22730.02770.0570.10030.67950.31091.0704-0.7936-0.8931-0.82040.1448-0.60990.00110.66920.2556-0.17661.0332-0.25530.725333.825918.31240.6257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:87)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 88:116)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 152:169)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 170:277)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid -12:1)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:12)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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