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- PDB-3q5m: Crystal structure of Escherichia coli BamD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5m
タイトルCrystal structure of Escherichia coli BamD
要素UPF0169 lipoprotein yfiO
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Lipoprotein (リポタンパク質) / BamD
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Outer membrane protein assembly factor BamD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Dong, C. / Hou, H. / Yang, X. / Dong, Y. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of Escherichia coli BamD and its functional implications in outer membrane protein assembly
著者: Dong, C. / Hou, H.F. / Yang, X. / Shen, Y.Q. / Dong, Y.H.
履歴
登録2010年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0169 lipoprotein yfiO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5298
ポリマ－25,6411
非ポリマー8887
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: UPF0169 lipoprotein yfiO
ヘテロ分子

A: UPF0169 lipoprotein yfiO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,05816
ポリマ－51,2812
非ポリマー1,77714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+3/21
Buried area2460 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.549, 106.549, 65.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-240-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0169 lipoprotein yfiO / Outer membrane protein assembly complex subunit YfiO


分子量: 25640.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfiO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC02
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.14M KI, 26%-27% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月21日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 11964 / Num. obs: 10307 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 41.38
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1155 / Rsym value: 0.643 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.4_486) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.604→32.602 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.49 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 1165 10.01 %random
Rwork0.2162 ---
obs0.2207 10307 97.4 %-
all-11964 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.06 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3238 Å20 Å2-0 Å2
2--3.3238 Å20 Å2
3----6.6477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→32.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1694 0 7 21 1722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1552351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.31652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6039-2.72230.36021360.32821225X-RAY DIFFRACTION94
2.7223-2.86580.34371360.28131228X-RAY DIFFRACTION94
2.8658-3.04520.33461430.26651277X-RAY DIFFRACTION96
3.0452-3.28010.31941420.24231284X-RAY DIFFRACTION97
3.2801-3.60980.26361470.21931316X-RAY DIFFRACTION99
3.6098-4.13130.20991470.17211333X-RAY DIFFRACTION99
4.1313-5.20160.18521530.16281368X-RAY DIFFRACTION100
5.2016-32.60410.28851610.2351448X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.665 Å / Origin y: -0.7724 Å / Origin z: 36.543 Å
111213212223313233
T0.1536 Å2-0.0263 Å2-0.0443 Å2-0.1951 Å20.0291 Å2--0.2221 Å2
L0.4443 °2-0.4265 °2-0.0186 °2-2.5224 °2-1.4925 °2--2.0321 °2
S-0.0235 Å °0.1845 Å °-0.0654 Å °-0.2994 Å °-0.1249 Å °0.2624 Å °0.2468 Å °-0.0469 Å °0.0863 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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