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万見
- PDB-3q5f: Crystal structure of the Salmonella transcriptional regulator Sly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q5f
タイトルCrystal structure of the Salmonella transcriptional regulator SlyA in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')
  • Transcriptional regulator slyA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MarR/SlyA protein family / winged helix-turn-helix / transcriptonal regulator / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator SlyA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Dolan, K.T. / Duguid, E.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structures of SlyA Protein, a Master Virulence Regulator of Salmonella, in Free and DNA-bound States.
著者: Dolan, K.T. / Duguid, E.M. / He, C.
履歴
登録2010年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator slyA
B: Transcriptional regulator slyA
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6384
ポリマ－47,6384
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.566, 59.566, 291.177
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLUGLUCHAIN A OR CHAIN CAA2 - 1425 - 145
2SERSERCHAIN B OR CHAIN DBB3 - 1426 - 145

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.81206, -0.582972, 0.026502), (-0.576007, 0.793414, -0.19675), (0.093672, -0.175038, -0.980096)
ベクター: 21.8514, 33.825699, 258.697998)

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator slyA / Cytolysin slyA / Salmolysin


分子量: 16761.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
株: enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: slyA, STM1444 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40676
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*AP*AP*CP*TP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 7055.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 7059.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCING EXPERIMENTS OF THE CLONES CONFIRMED THE CODING SEQUENCE AT THESE ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCING EXPERIMENTS OF THE CLONES CONFIRMED THE CODING SEQUENCE AT THESE POSITIONS IS GAGCCG (CORRESPONDING TO GLU-PRO).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.74
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M sodium chloride, 0.05M magnesium chloride, 0.1M cacodylate, 2% benzamidine hydrochloride, pH 6.74, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2sodium chloride11
3magnesium chloride11
4cacodylate11
5benzamidine hydrochloride11
6PEG 400012
7sodium chloride12
8magnesium chloride12
9cacodylate12
10benzamidine hydrochloride12

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.20610, 1.25494, 1.25525
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.20611
21.254941
31.255251
Reflection冗長度: 14.9 % / Av σ(I) over netI: 35.32 / 数: 123915 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 2.02 / D res high: 4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 8323 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.65096.710.0533.23214.7
6.848.69910.072.55815.5
5.976.8499.310.1272.07115.6
5.435.9799.410.1521.92515.4
5.045.4399.110.1781.77915.5
4.745.049910.1951.75915.3
4.54.749910.2151.71715
4.314.598.910.2311.74514.3
4.144.3199.210.2411.63613.7
44.149910.2871.65313.8
反射解像度: 2.96→50 Å / Num. obs: 11205 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.483 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.96-3.087.70.267051.169163.2
3.08-3.28.60.1479581.35183.1
3.2-3.3410.50.14711271.299196.9
3.34-3.5213.20.13711561.46199.5
3.52-3.7414.10.14611471.367199.6
3.74-4.0314.20.11211691.424199.7
4.03-4.4414.10.09111661.774199.8
4.44-5.0813.80.07111981.4171100
5.08-6.3913.50.06812271.5531100
6.39-5012.20.03613521.676199.1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 5 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.65 / 反射: 2534
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength11118.32-17.2
3 wavelength12112.43-23.08
3 wavelength1317.7-11.69
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
131.9727.2488.98TA600.93
23.3329.04320.066TA600.52
30.24838.77727.48TA600.5
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
18.26-10000.7139
11.44-18.260.67229
8.91-11.440.68289
7.55-8.910.73318
6.66-7.550.68360
6.03-6.660.69383
5.54-6.030.61391
5.16-5.540.52425
Phasing dmFOM : 0.82 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0.78 / 反射: 2522 / Reflection acentric: 1661 / Reflection centric: 861
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
14.3-46.0990.920.970.91263591
8.9-14.30.920.930.9378200178
7.1-8.90.880.910.84442281161
6.3-7.10.830.860.77431294137
5.4-6.30.780.810.68710522188
5-5.40.680.710.6435329106

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.13位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.96→46.099 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.12 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 1060 9.99 %
Rwork0.2135 --
obs0.2189 10606 89.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.148 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 149.78 Å2 / Biso mean: 67.2251 Å2 / Biso min: 29.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.9864 Å20 Å2-0 Å2
2--13.9864 Å2-0 Å2
3----27.9729 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→46.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 937 0 0 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3544697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2811348
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1120X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
12B1120X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.96-3.08960.491750.314467775253
3.0896-3.25250.35121160.26381014113078
3.2525-3.45620.28951280.21591194132292
3.4562-3.72290.29861440.22761257140195
3.7229-4.09740.26881390.20941268140798
4.0974-4.68980.2321490.1851322147198
4.6898-5.90670.25711490.19481340148999
5.9067-46.10490.22161600.19711474163499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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