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万見
- PDB-3q0x: N-terminal coiled-coil dimer domain of C. reinhardtii SAS-6 homol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q0x
タイトルN-terminal coiled-coil dimer domain of C. reinhardtii SAS-6 homolog Bld12p
要素Centriole protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centrosome protein / coiled coil mediated dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


centriole / cell cycle / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal domain / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Kitagawa, D. / Vakonakis, I. / Olieric, N. / Hilbert, M. / Keller, D. / Olieric, V. / Bortfeld, M. / Erat, M.C. / Flueckiger, I. / Goenczy, P. / Steinmetz, M.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Structural basis of the 9-fold symmetry of centrioles.
著者: Kitagawa, D. / Vakonakis, I. / Olieric, N. / Hilbert, M. / Keller, D. / Olieric, V. / Bortfeld, M. / Erat, M.C. / Fluckiger, I. / Gonczy, P. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2010年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centriole protein
B: Centriole protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6292
ポリマ－51,6292
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.520, 79.800, 89.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Centriole protein


分子量: 25814.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-226 / 変異: F145E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PSTCM1 pET47B derived
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CrSAS-6, crSAS-6 (Bld12p) / プラスミド: PSTCM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CQL4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM TrisHCl, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 20% PEG8000, 2% benzamidine, vapor diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0015 Å
検出器タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→56.29 Å / Num. obs: 10395 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.23 % / Biso Wilson estimate: 59.784 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 10.79
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3-3.10.7422.6507461962.4
3.1-3.20.6223.5905086697.9
3.2-3.30.4364.7802175998.1
3.3-3.40.3915.3667563896.8
3.4-3.50.4065.3643961197
3.5-40.2699.4273472237100
4-50.16615.226652222099.9
5-60.1515.611855998100
6-100.118.212699111099.8
100.07720.2333333799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→56.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8665 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2285 492 4.74 %RANDOM
Rwork0.1956 ---
obs0.1972 10390 --
原子変位パラメータBiso max: 137.35 Å2 / Biso mean: 68.0898 Å2 / Biso min: 33.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.2114 Å20 Å20 Å2
2---0.397 Å20 Å2
3---20.6085 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.583 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→56.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 0 14 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.38 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 127 4.64 %
Rwork0.2121 2611 -
all0.2145 2738 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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