PDB-3q0q: Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMIL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q0q

タイトル

Crystal structure of the PUMILIO-homology domain from Human PUMILIO2 in complex with p38alpha NREa

要素

5'-R(UP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*A)-3'
Pumilio homolog 2

キーワード

RNA binding protein/RNA / PUF / PUMILIO-homolgy domain / Gene regulation / RNA binding / RNA binding protein-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of sprouting of injured axon / pumilio-response element binding / regulation of intracellular mRNA localization / regulation of miRNA-mediated gene silencing / positive regulation of miRNA-mediated gene silencing / regulation of chromosome segregation / positive regulation of RIG-I signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA processing / miRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Lu, G. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Alternate modes of cognate RNA recognition by human PUMILIO proteins.
著者: Lu, G. / Hall, T.M.

履歴

登録	2010年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q0q.cif.gz	160.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q0q.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q0q_validation.pdf.gz	444.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q0q_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	3q0q_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	3q0q_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q0lC 3q0mC 3q0nC 3q0oC 3q0pC 3q0rC 3q0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3k49-3 1m8y-2 3q0m-2 3q0s-d 6nod-1 3q0l-1 1m8y-1 3q0p-1 3k4e-2 1m8x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pumilio homolog 2

B: 5'-R(UP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*A)-3'

43.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.438, 43.030, 60.845
Angle α, β, γ (deg.)	71.61, 85.73, 77.99
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pumilio homolog 2 / Pumilio-2 分子量: 40524.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 706-1056 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PUM2, KIAA0235, PUMH2 / プラスミド: pDEST527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q8TB72
#2: RNA鎖	5'-R(UPGPUPAPAPAPUPA)-3' 分子量: 2535.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 詳細: This RNA sequence occurs naturally in humans.
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 17-20% (w/v) PEG 3000, 100 mM Na3Citrate pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月14日
放射	モノクロメーター: varimax hf / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→24.1 Å / Num. all: 23313 / Num. obs: 21704 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 77.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_6)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→24.061 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2571	1105	5.09 %	Random
R_work	0.1935	-	-	-
all	0.1969	21704	-	-
obs	0.1969	21704	93.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.443 Å² / k_sol: 0.402 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0922 Å²	-4.6327 Å²	-7.8515 Å²
2-	-	-2.935 Å²	6.9205 Å²
3-	-	-	8.0272 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.061 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2783	168	0	206	3157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	4113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.065	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0867	0.3635	117	0.2208	2159	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0867-2.1966	0.2936	147	0.1986	2564	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1966-2.3342	0.281	133	0.1991	2599	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3342-2.5142	0.2801	118	0.1955	2650	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5142-2.7669	0.2696	148	0.1896	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7669-3.1665	0.2821	147	0.1909	2643	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1665-3.9865	0.2313	147	0.1721	2660	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9865-24.0624	0.2085	148	0.1776	2693	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1747	0.2132	-0.4159	0.5597	-0.46	1.4522	-0.3217	0.7336	0.1366	-0.3624	0.5923	0.5338	0.3047	-1.0039	-0.1993	0.232	-0.041	-0.0754	0.4984	0.1386	0.3403	-20.1543	-22.1925	-26.0019
2	0.2533	-0.0025	0.3034	1.2005	-0.3324	0.429	0.0474	0.1313	-0.1245	-0.2468	0.0506	0.2459	0.196	-0.0662	0.0189	0.1601	0.0428	0.0361	0.1669	-0.0187	0.0728	-11.2987	-22.5871	-17.6632
3	0.6181	-0.2671	0.5478	0.9592	-0.1348	0.6808	-0.1934	0.1655	-0.0252	0.1118	0.0098	-0.2469	0.0755	0.1287	0.1357	0.1509	-0.007	0.0167	0.1856	0.0085	0.1502	-1.2797	-18.1138	-13.9926
4	0.5386	-0.1515	0.1321	0.6929	-0.0067	0.3545	-0.1777	0.012	-0.1582	-0.1296	0.0389	-0.1815	0.1751	0.2308	0.0495	0.2034	-0.0172	0.0036	0.1631	-0.0134	0.2177	6.4708	-11.877	-9.1472
5	0.3565	0.1421	0.2381	0.1626	0.0495	0.1658	-0.0708	-0.0864	-0.1968	-0.0986	0.0617	-0.1348	0.1082	0.0969	-0.0065	0.1606	-0.0084	-0.0228	0.0883	0.0276	0.2094	10.4756	-3.0683	-3.4318
6	0.3181	0.1536	0.1368	0.9962	0.1857	0.1715	-0.1043	-0.2668	-0.1245	0.1121	0.0287	0.0339	0.084	0.0579	0.064	0.2062	-0.0167	-0.0165	0.1849	0.0175	0.1734	11.1393	4.406	4.241
7	0.5077	-0.3393	-0.2668	1.2921	-0.0098	0.3725	-0.0573	-0.2449	-0.093	-0.1605	0.1047	-0.1156	0.1693	0.1525	0.0049	0.1822	0.0317	-0.0231	0.2639	0.0157	0.2319	7.2974	12.25	11.8492
8	0.3084	-0.2486	-0.0348	0.2288	-0.0818	0.1434	-0.0947	-0.2902	-0.1652	0.0895	0.0693	-0.0034	0.0852	0.083	0.0402	0.1571	0.0329	0.0191	0.3337	0.0779	0.2122	1.5094	18.9539	19.0935
9	1.8769	-0.4453	-0.3788	0.4847	-0.1246	0.6948	-0.0485	-0.821	-0.6019	0.3357	-0.0588	-0.0779	0.1491	0.1158	0.0731	0.1757	-0.0022	-0.0475	0.3679	0.1032	0.1166	-6.6877	25.3576	23.1225
10	0.9017	-0.4597	-0.3764	2.296	-0.1114	0.4284	0.2764	0.1072	-0.4497	-0.1105	-0.6045	0.6745	0.3195	0.1918	0.1742	0.1627	-0.0116	-0.005	0.4267	0.1682	0.3841	-17.1091	25.6304	21.3719

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 706:729)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 730:766)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 767:802)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 803:840)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 841:876)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 877:912)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 913:948)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 949:984)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 985:1027)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 1028:1049)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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