PDB-3q09: Crystal Structure of Chlorite Dismutase from D. Aromatica at pH 9.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3q09

タイトル

Crystal Structure of Chlorite Dismutase from D. Aromatica at pH 9.0

要素

Chlorite dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ferrodoxin Fold / Chlorite Decomposition / O2 generation / Periplasim

機能・相同性

機能・相同性情報

chlorite O2-lyase / chlorite O2-lyase activity / periplasmic space / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dechloromonas aromatica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Goblirsch, B.R. / Wilmot, C.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural features promoting dioxygen production by Dechloromonas aromatica chlorite dismutase.
著者: Goblirsch, B.R. / Streit, B.R. / DuBois, J.L. / Wilmot, C.M.

履歴

登録	2010年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2011年1月5日	ID: 3M2S
改定 1.0	2011年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3q09.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3q09.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3q09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3q09_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3q09_full_validation.pdf.gz	6.6 MB	表示
XML形式データ	3q09_validation.xml.gz	184.9 KB	表示
CIF形式データ	3q09_validation.cif.gz	225.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/3q09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q08-2 3q08-1 3q08-3 3q08-4 5a13-2 3nn1-d 5a13-1 3nn2-d 4m09-d 4m08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

F: Chlorite dismutase

G: Chlorite dismutase

H: Chlorite dismutase

I: Chlorite dismutase

J: Chlorite dismutase

K: Chlorite dismutase

L: Chlorite dismutase

M: Chlorite dismutase

N: Chlorite dismutase

O: Chlorite dismutase

P: Chlorite dismutase

Q: Chlorite dismutase

R: Chlorite dismutase

S: Chlorite dismutase

T: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

578 kDa, 20 ポリマー
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1

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

C: Chlorite dismutase

D: Chlorite dismutase

E: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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2

F: Chlorite dismutase

G: Chlorite dismutase

H: Chlorite dismutase

I: Chlorite dismutase

J: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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3

K: Chlorite dismutase

L: Chlorite dismutase

M: Chlorite dismutase

N: Chlorite dismutase

O: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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4

P: Chlorite dismutase

Q: Chlorite dismutase

R: Chlorite dismutase

S: Chlorite dismutase

T: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
144 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.704, 202.850, 247.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	8 - 3001
2	1	1	5	B	8 - 3001
3	1	1	5	C	8 - 3001
4	1	1	5	D	8 - 3001
5	1	1	5	E	8 - 3001
6	1	1	5	F	8 - 3001
7	1	1	5	G	8 - 3001
8	1	1	5	H	8 - 3001
9	1	1	5	I	8 - 3001
10	1	1	5	J	8 - 3001
11	1	1	5	K	8 - 3001
12	1	1	5	L	8 - 3001
13	1	1	5	M	8 - 3001
14	1	1	5	N	8 - 3001
15	1	1	5	O	8 - 3001
16	1	1	5	P	8 - 3001
17	1	1	5	Q	8 - 3001
18	1	1	5	R	8 - 3001
19	1	1	5	S	8 - 3001
20	1	1	5	T	8 - 3001

#1: タンパク質	Chlorite dismutase 分子量: 28179.314 Da / 分子数: 20 / 断片: UNP residues 35-282 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dechloromonas aromatica (バクテリア) 株: RCB / 遺伝子: Daro_2580 / プラスミド: pBSCld / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(de3) / 参照: UniProt: Q47CX0, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 16% PEG 8000, 200 mM calcium acetate (CaAc2), 22.5 mM sodium nitrite (NO2), 100 mM bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月20日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 123481 / Num. obs: 123152 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.089
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→48.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 38.308 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23393	6174	5 %	RANDOM
R_work	0.18505	-	-	-
obs	0.18751	116905	99.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38560	0	940	20	39520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	40500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.704	2.026	55180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.128	5	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.348	24.023	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.511	15	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.745	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	6060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	30320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.521	1.5	24100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.004	2	39160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.541	3	16400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.598	4.5	16020

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	967	medium positional	0.17	0.5
B	967	medium positional	0.27	0.5
C	967	medium positional	0.15	0.5
D	967	medium positional	0.25	0.5
E	967	medium positional	0.16	0.5
F	967	medium positional	0.18	0.5
G	967	medium positional	0.17	0.5
H	967	medium positional	0.17	0.5
I	967	medium positional	0.25	0.5
J	967	medium positional	0.2	0.5
K	967	medium positional	0.2	0.5
L	967	medium positional	0.16	0.5
M	967	medium positional	0.25	0.5
N	967	medium positional	0.17	0.5
O	967	medium positional	0.17	0.5
P	967	medium positional	0.27	0.5
Q	967	medium positional	0.29	0.5
R	967	medium positional	0.23	0.5
S	967	medium positional	0.24	0.5
T	967	medium positional	0.26	0.5
A	1009	loose positional	0.25	5
B	1009	loose positional	0.32	5
C	1009	loose positional	0.24	5
D	1009	loose positional	0.31	5
E	1009	loose positional	0.25	5
F	1009	loose positional	0.28	5
G	1009	loose positional	0.27	5
H	1009	loose positional	0.26	5
I	1009	loose positional	0.31	5
J	1009	loose positional	0.28	5
K	1009	loose positional	0.3	5
L	1009	loose positional	0.25	5
M	1009	loose positional	0.32	5
N	1009	loose positional	0.27	5
O	1009	loose positional	0.27	5
P	1009	loose positional	0.38	5
Q	1009	loose positional	0.4	5
R	1009	loose positional	0.37	5
S	1009	loose positional	0.35	5
T	1009	loose positional	0.37	5
A	967	medium thermal	0.53	2
B	967	medium thermal	0.59	2
C	967	medium thermal	0.52	2
D	967	medium thermal	0.48	2
E	967	medium thermal	0.53	2
F	967	medium thermal	0.44	2
G	967	medium thermal	0.48	2
H	967	medium thermal	0.47	2
I	967	medium thermal	0.5	2
J	967	medium thermal	0.52	2
K	967	medium thermal	0.46	2
L	967	medium thermal	0.44	2
M	967	medium thermal	0.49	2
N	967	medium thermal	0.45	2
O	967	medium thermal	0.45	2
P	967	medium thermal	0.41	2
Q	967	medium thermal	0.44	2
R	967	medium thermal	0.35	2
S	967	medium thermal	0.4	2
T	967	medium thermal	0.41	2
A	1009	loose thermal	0.83	10
B	1009	loose thermal	0.97	10
C	1009	loose thermal	0.8	10
D	1009	loose thermal	0.82	10
E	1009	loose thermal	0.86	10
F	1009	loose thermal	0.69	10
G	1009	loose thermal	0.78	10
H	1009	loose thermal	0.78	10
I	1009	loose thermal	0.75	10
J	1009	loose thermal	0.77	10
K	1009	loose thermal	0.73	10
L	1009	loose thermal	0.71	10
M	1009	loose thermal	0.77	10
N	1009	loose thermal	0.69	10
O	1009	loose thermal	0.63	10
P	1009	loose thermal	0.68	10
Q	1009	loose thermal	0.74	10
R	1009	loose thermal	0.65	10
S	1009	loose thermal	0.68	10
T	1009	loose thermal	0.72	10

LS精密化シェル

解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	445	-
R_work	0.26	8411	-
obs	-	-	98.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1903	-0.3999	0.1967	0.8503	0.066	1.593	-0.043	-0.0876	-0.1439	0.0741	-0.0201	0.1567	0.4815	-0.1479	0.0631	0.1655	-0.0381	0.028	0.0242	0.0083	0.0742	-32.7524	-44.3898	17.9961
2	1.1678	-0.3409	0.4893	1.5657	-0.3331	0.9028	0.0012	0.1701	-0.0553	-0.317	-0.0192	-0.0756	0.1296	0.165	0.018	0.1517	0.0608	0.0724	0.081	0.0301	0.0531	-10.8648	-26.9534	-18.5017
3	1.5841	-0.7433	-0.1247	1.0444	-0.0084	1.5249	0.1609	-0.0257	0.2114	0.0109	-0.0408	-0.1513	-0.2344	0.282	-0.1201	0.0656	-0.0463	0.057	0.0549	-0.0136	0.1248	-9.8229	-7.7324	2.4219
4	1.7203	-0.2813	0.257	0.8616	-0.268	1.7275	-0.0354	0.1393	-0.1704	-0.1979	0.017	0.0569	0.5267	-0.0295	0.0184	0.3008	0.004	0.0185	0.0229	-0.0186	0.0502	-24.987	-49.759	-8.8407
5	1.5937	-0.1408	0.2459	1.069	-0.4784	1.4775	0.0434	-0.2111	0.1523	0.1848	-0.0095	0.0263	-0.1448	0.1308	-0.0339	0.0529	-0.0157	0.0276	0.0545	-0.0269	0.0344	-23.3354	-18.4693	24.9285
6	1.9468	0.4267	-0.2125	1.3638	-0.207	1.6447	0.0966	-0.5884	-0.3302	0.467	-0.2481	-0.3617	0.0094	0.429	0.1515	0.2002	-0.1161	-0.1363	0.3735	0.1833	0.2086	8.0201	5.6532	-36.185
7	0.9618	0.383	-0.0973	2.122	0.4531	1.4881	0.1265	-0.0758	-0.1422	0.0602	-0.1934	-0.4637	-0.0562	0.5205	0.0669	0.0539	-0.0763	-0.0472	0.3117	0.1127	0.2414	17.9108	15.0363	-61.1169
8	1.7373	0.3089	0.1009	1.5833	0.4344	1.448	-0.0049	0.369	0.2557	-0.0707	0.0272	-0.0601	-0.2392	0.1178	-0.0222	0.0992	-0.0712	-0.0384	0.1383	0.1013	0.1038	-3.2658	28.4986	-74.398
9	1.3318	0.8016	-0.0117	1.796	-0.0939	1.7896	0.0346	-0.0346	0.3597	0.1387	0.0472	0.3325	-0.2877	-0.235	-0.0818	0.1052	0.0215	0.0436	0.0622	0.0455	0.2137	-26.2658	27.5668	-57.7246
10	1.3939	0.4434	0.0349	2.117	-0.2869	1.6688	0.0836	-0.3623	0.0724	0.4408	-0.0955	0.1964	-0.3014	0.0638	0.0119	0.2517	-0.0702	0.046	0.1648	0.0359	0.0835	-19.3498	13.2395	-34.0771
11	1.8051	-0.2891	0.2875	0.9188	-0.0431	1.9501	0.1582	-0.0807	-0.2691	0.1017	-0.0303	0.0602	0.5277	-0.166	-0.128	0.2617	-0.1221	-0.0797	0.1556	0.0982	0.165	-59.8262	-44.22	-46.1322
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13	1.8074	0.7013	0.0628	0.9999	-0.3259	1.4447	0.0619	-0.0151	0.2581	-0.0833	-0.0002	0.1975	-0.2428	-0.2671	-0.0617	0.0897	0.0768	0.017	0.1573	0.0744	0.212	-64.122	-3.4731	-66.752
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15	2.0079	0.0876	0.4925	1.24	-0.1763	1.5366	0.2035	0.259	-0.3428	-0.3564	-0.1784	-0.1089	0.5999	0.1179	-0.025	0.4321	0.187	-0.0517	0.1697	-0.0339	0.2498	-47.917	-46.1445	-71.8896
16	1.6013	-0.2514	0.0988	1.7631	-0.1139	1.6731	0.3264	-0.033	0.2636	0.0258	-0.0377	0.3146	-0.5883	-0.7901	-0.2887	0.5017	0.4773	0.2534	0.7486	0.1294	0.4458	-80.3157	21.1769	26.2641
17	0.971	-0.5468	-0.2153	2.0549	-0.2353	1.43	0.2666	0.107	0.5471	0.2006	0.0803	-0.0505	-0.9374	-0.1157	-0.3469	0.7303	0.1217	0.2957	0.1338	0.0514	0.4553	-41.9486	30.2202	2.5241
18	1.6618	-0.7229	0.2102	2.2402	-0.5764	1.4774	0.1692	0.5496	0.2144	-0.2721	-0.017	0.1538	-0.5832	-0.5894	-0.1522	0.4866	0.2778	0.0636	0.5595	0.147	0.3159	-60.5389	18.2151	-15.1223
19	2.0319	-1.0139	-0.1816	1.5831	-0.2835	2.0953	0.2058	0.3778	-0.0612	-0.1817	-0.0269	0.4034	-0.2445	-1.0284	-0.1789	0.3249	0.3215	0.0154	1.0419	0.1534	0.4704	-84.2535	12.5187	-0.4567
20	1.4828	-0.266	-0.4708	2.228	-0.1869	1.7305	0.2184	-0.4343	0.5674	0.2505	0.082	-0.0523	-0.9565	-0.1094	-0.3005	0.8827	0.2168	0.3132	0.3219	-0.0985	0.4895	-54.0514	32.1693	28.1826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-10 - 9999
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-10 - 9999
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-10 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-10 - 9999
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	-10 - 9999
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	-10 - 9999
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	-10 - 9999
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	-10 - 9999
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	-10 - 9999
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	-10 - 9999
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Q	-10 - 9999
18	X-RAY DIFFRACTION	18	R	-10 - 9999
19	X-RAY DIFFRACTION	19	S	-10 - 9999
20	X-RAY DIFFRACTION	20	T	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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