PDB-3pzk: Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis crotonase in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pzk

タイトル

Crystal Structure of the Mycobacterium tuberculosis crotonase in apo form

要素

e enoyl-CoA hydratase echA8

キーワード

LYASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / Crotonase / Enoyl CoA hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2303 Å

データ登録者

Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Prokaryotic Crotonase
著者: Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2010年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pzk.cif.gz	291.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pzk.ent.gz	237.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/3pzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/3pzk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q0gC 1mj3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h81-d 3q0g-2 3q0g-1 4fjw-d 3q0j-2 3swx-d 4q1k-d 3r9s-d 3q0j-1 5dtw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv1070c

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: e enoyl-CoA hydratase echA8

B: e enoyl-CoA hydratase echA8

C: e enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

82.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: e enoyl-CoA hydratase echA8

B: e enoyl-CoA hydratase echA8

C: e enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

A: e enoyl-CoA hydratase echA8

B: e enoyl-CoA hydratase echA8

C: e enoyl-CoA hydratase echA8

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.796, 133.734, 103.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-307- HOH
2	1	B-435- HOH
3	1	B-436- HOH

#1: タンパク質	e enoyl-CoA hydratase echA8 分子量: 27300.080 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: h37rv / 遺伝子: echA8, MT1100, MTV017.23c, Rv1070c / プラスミド: pVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P64016, UniProt: P9WNN9*PLUS, enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M LiCl, and 20% glycerol, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.23→20 Å / Num. all: 44632 / Num. obs: 44632 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Χ²: 1.731 / Net I/σ(I): 13.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
2.23-2.26	3.5	0.258	10	1793	0.258	4.145	99.9
2.26-2.29	3.5	0.884	1.89	1780	0.884	3.387	99.9
2.29-2.33	3.6	0	1.83	1787	0	2.431	99.9
2.33-2.36	3.7	0.392	4.03	1797	0.392	1.653	99.9
2.36-2.4	3.7	0.259	5.73	1775	0.259	1.361	99.9
2.4-2.44	3.7	0.232	6.54	1793	0.232	1.247	100
2.44-2.49	3.7	0.198	7.42	1834	0.198	1.27	100
2.49-2.54	3.7	0.164	8.63	1771	0.164	1.201	100
2.54-2.59	3.7	0.147	9.52	1803	0.147	1.146	100
2.59-2.64	3.7	0.127	10.43	1837	0.127	1.101	99.9
2.64-2.7	3.7	0.112	11.45	1796	0.112	1.095	99.9
2.7-2.77	3.7	0.102	13.14	1783	0.102	1.092	99.9
2.77-2.85	3.7	0.087	15.15	1793	0.087	1.153	99.8
2.85-2.93	3.7	0.077	17.14	1803	0.077	1.143	99.6
2.93-3.02	3.7	0.063	20.41	1810	0.063	1.208	99.7
3.02-3.13	3.7	0.058	23.06	1804	0.058	1.245	99.4
3.13-3.26	3.7	0.054	27.25	1804	0.054	1.583	99.4
3.26-3.4	3.7	0.055	31.07	1785	0.055	2.052	99.1
3.4-3.58	3.6	0.056	33.35	1787	0.056	2.41	98.2
3.58-3.81	3.5	0.058	34.44	1728	0.058	3.141	94.4
3.81-4.1	3.6	0.049	39.91	1788	0.049	2.704	97.4
4.1-4.51	3.6	0.037	43.38	1793	0.037	2.147	97.3
4.51-5.15	3.5	0.028	43.48	1783	0.028	1.481	96.6
5.15-6.45	3.8	0.025	44.2	1790	0.025	1.186	96.2
6.45-20	3.4	0.024	99.76	1615	0.024	1.22	83

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1MJ3

1mj3

解像度: 2.2303→19.9959 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7619 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: mlhl

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2379	2150	4.99 %	random
R_work	0.2025	-	-	-
all	-	43097	-	-
obs	-	43097	94.96 %	-

溶媒の処理

B_sol: 55.344 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.15 Å² / B_iso mean: 57.7527 Å² / B_iso min: 22.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	22.073 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-14.261 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.812 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2303→19.9959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5451	0	10	242	5703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.649	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.786	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.062	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.2303-2.2395	0.3535	496	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.2395-2.2487	0.3895	519	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.2487-2.2582	0.3997	522	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.2582-2.2678	0.3608	520	X-RAY DIFFRACTION	82	96
2.2678-2.2775	0.3748	436	X-RAY DIFFRACTION	82	82
2.2775-2.2875	0.4613	36	X-RAY DIFFRACTION	82	14
2.2875-2.2976	0.3687	59	X-RAY DIFFRACTION	82	15
2.2976-2.3079	0.3718	369	X-RAY DIFFRACTION	82	67
2.3079-2.3183	0.3148	476	X-RAY DIFFRACTION	82	85
2.3183-2.329	0.3013	475	X-RAY DIFFRACTION	82	91
2.329-2.3399	0.2891	496	X-RAY DIFFRACTION	82	92
2.3399-2.3509	0.248	539	X-RAY DIFFRACTION	82	93
2.3509-2.3622	0.2759	497	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.3622-2.3737	0.2417	510	X-RAY DIFFRACTION	82	92
2.3737-2.3855	0.2314	501	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.3855-2.3974	0.2294	534	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.3974-2.4096	0.2112	517	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.4096-2.4221	0.2139	541	X-RAY DIFFRACTION	82	96
2.4221-2.4348	0.2201	497	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.4348-2.4478	0.1959	505	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.4478-2.4611	0.2244	521	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.4611-2.4747	0.201	519	X-RAY DIFFRACTION	82	93
2.4747-2.4885	0.2244	523	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.4885-2.5027	0.208	502	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.5027-2.5173	0.2003	524	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.5173-2.5321	0.207	517	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.5321-2.5473	0.1903	510	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.5473-2.5629	0.2086	525	X-RAY DIFFRACTION	82	92
2.5629-2.5789	0.2137	504	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.5789-2.5953	0.2054	540	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.5953-2.6121	0.2237	507	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.6121-2.6294	0.2275	517	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.6294-2.6471	0.1991	538	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.6471-2.6653	0.2226	479	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.6653-2.6841	0.2377	552	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.6841-2.7033	0.2192	542	X-RAY DIFFRACTION	82	96
2.7033-2.7232	0.22	500	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.7232-2.7436	0.2241	526	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.7436-2.7646	0.2147	510	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.7646-2.7863	0.2186	526	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.7863-2.8087	0.2198	521	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.8087-2.8319	0.2376	508	X-RAY DIFFRACTION	82	96
2.8319-2.8558	0.2328	542	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.8558-2.8806	0.2194	527	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.8806-2.9062	0.229	517	X-RAY DIFFRACTION	82	94
2.9062-2.9328	0.2179	528	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.9328-2.9604	0.2185	527	X-RAY DIFFRACTION	82	96
2.9604-2.989	0.211	505	X-RAY DIFFRACTION	82	95
2.989-3.0188	0.218	531	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.0188-3.0498	0.2313	536	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.0498-3.0822	0.2324	506	X-RAY DIFFRACTION	82	96
3.0822-3.1159	0.221	510	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.1159-3.1512	0.2132	536	X-RAY DIFFRACTION	82	96
3.1512-3.1881	0.2212	531	X-RAY DIFFRACTION	82	95
3.1881-3.2268	0.2114	497	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.2268-3.2675	0.2123	528	X-RAY DIFFRACTION	82	91
3.2675-3.3103	0.2159	491	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.3103-3.3555	0.2213	521	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.3555-3.4032	0.2019	526	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.4032-3.4537	0.1997	527	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.4537-3.5074	0.1963	519	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.5074-3.5646	0.1992	510	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.5646-3.6257	0.1869	460	X-RAY DIFFRACTION	82	83
3.6257-3.6912	0.1883	495	X-RAY DIFFRACTION	82	88
3.6912-3.7618	0.177	509	X-RAY DIFFRACTION	82	93
3.7618-3.838	0.1774	510	X-RAY DIFFRACTION	82	91
3.838-3.9209	0.1593	538	X-RAY DIFFRACTION	82	94
3.9209-4.0114	0.1665	492	X-RAY DIFFRACTION	82	91
4.0114-4.1108	0.1496	536	X-RAY DIFFRACTION	82	93
4.1108-4.221	0.1556	510	X-RAY DIFFRACTION	82	93
4.221-4.344	0.1273	517	X-RAY DIFFRACTION	82	92
4.344-4.4827	0.1326	514	X-RAY DIFFRACTION	82	90
4.4827-4.641	0.1451	502	X-RAY DIFFRACTION	82	92
4.641-4.8243	0.1214	517	X-RAY DIFFRACTION	82	90
4.8243-5.0405	0.1353	497	X-RAY DIFFRACTION	82	89
5.0405-5.3015	0.1547	528	X-RAY DIFFRACTION	82	93
5.3015-5.6267	0.1698	517	X-RAY DIFFRACTION	82	92
5.6267-6.05	0.1621	531	X-RAY DIFFRACTION	82	91
6.05-6.6385	0.1799	509	X-RAY DIFFRACTION	82	91
6.6385-7.5534	0.1585	510	X-RAY DIFFRACTION	82	88
7.5534-9.3517	0.1379	490	X-RAY DIFFRACTION	82	83
9.3517-19.9966	0.1836	394	X-RAY DIFFRACTION	82	65

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.4646 Å / Origin y: -31.6302 Å / Origin z: -9.7903 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1972 Å²	-0.0152 Å²	0.0085 Å²	-	0.2005 Å²	-0.0044 Å²	-	-	0.1886 Å²
L	0.4024 °²	-0.0845 °²	0.1298 °²	-	0.4139 °²	0.0346 °²	-	-	0.6798 °²
S	-0.0027 Å °	-0.0861 Å °	0.0719 Å °	0.1471 Å °	-0.0274 Å °	0.0116 Å °	0.1286 Å °	-0.0966 Å °	0.0206 Å °

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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