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- PDB-3pxp: Crystal structure of a PAS and DNA binding domain containing prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pxp
タイトルCrystal structure of a PAS and DNA binding domain containing protein (Caur_2278) from CHLOROFLEXUS AURANTIACUS J-10-FL at 2.30 A resolution
要素Helix-turn-helix domain protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / DNA-BINDING / BASIC HELIX-LOOP-HELIX MOTIF / BHLH MOTIF / LAMBDA REPRESSOR-LIKE DNA-BINDING FOLD / PER ARNT SIM DOMAIN / PAS DOMAIN / PROFILIN-LIKE FOLD / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta-Lactamase - #180 / MmyB-like transcription regulator ligand binding / MmyB-like transcription regulator ligand binding domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...Beta-Lactamase - #180 / MmyB-like transcription regulator ligand binding / MmyB-like transcription regulator ligand binding domain / Helix-turn-helix domain / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Helix-turn-helix domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of an MmyB-Like Regulator from C. aurantiacus, Member of a New Transcription Factor Family Linked to Antibiotic Metabolism in Actinomycetes.
著者: Xu, Q. / van Wezel, G.P. / Chiu, H.J. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Lesley, S.A. / Godzik, A. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32012年8月15日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix domain protein
B: Helix-turn-helix domain protein
C: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,99421
ポリマ－103,5113
非ポリマー1,48318
水10,953608
1
A: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0167
ポリマ－34,5041
非ポリマー5126
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9546
ポリマ－34,5041
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0258
ポリマ－34,5041
非ポリマー5217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Helix-turn-helix domain protein
B: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,97013
ポリマ－69,0072
非ポリマー96211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
5
C: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子

C: Helix-turn-helix domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,04916
ポリマ－69,0072
非ポリマー1,04214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area6800 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.807, 83.568, 54.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-909-

HOH

21C-924-

HOH

詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY PROVIDES SUPPORTING EVIDENCE THAT A MONOMER IS AN OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. CRYSTAL PACKING SUGGESTS A DIMER IS AN OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Helix-turn-helix domain protein


分子量: 34503.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)
株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: Caur_2278 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A9WGF5
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
解説: DATA WERE SCALED USING XSCALE WITH FRIEDEL PAIRS KEPT AS SEPARATE WHEN COMPUTING R-SYM, COMPLETENESS AND
結晶化温度: 277 K / pH: 9.1
詳細: 0.2M sodium chloride, 10.5% polyethylene glycol 8000, 0.1M CHES pH 9.1, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97916
検出器タイプ: MAR MAR325 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日 / 詳細: FLAT MIRROR (VERTICAL FOCUSING)
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.748 Å / Num. obs: 44327 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 2.42
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
XSCALEdata processing
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4.ELECTRON DENSITY INDICATES THAT MYRISTIC ACID (MYR) IS FOUND IN THE SUBSTRATE-BINDING SITE OF EACH MONOMER. ITS IDENTITY IS TENTATIVELY ASSIGNED BASED ON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 2235 5.04 %
Rwork0.168 --
obs0.169 44326 -
原子変位パラメータBiso mean: 38.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1569 Å20 Å20.3835 Å2
2--2.0869 Å20 Å2
3----0.9301 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7093 0 93 608 7794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017474HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9310129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3541SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1112HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7474HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion964SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9014SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 156 4.78 %
Rwork0.1856 3106 -
all0.1885 3262 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09890.71090.14621.14230.00710.22390.0001-0.0422-0.00710.00240.01810.0451-0.0309-0.0427-0.0183-0.02930.0122-0.0145-0.07140.005-0.050745.1523-9.307114.5234
21.87550.92050.67571.48320.05380.4679-0.0287-0.06890.0916-0.02730.06250.2028-0.0073-0.106-0.0338-0.0840.01190.0027-0.07710.0339-0.067331.140312.19961.2425
31.0130.7541-0.442.3971-0.84850.8793-0.00880.03050.08970.0896-0.0382-0.05830.00510.02740.047-0.0946-0.0007-0.0228-0.0770.0007-0.09895.295544.501117.6944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - 301 }A0 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|0 - 301 }B0 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|0 - 301 }C0 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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