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- PDB-3puc: Atomic resolution structure of titin domain M7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3puc
タイトルAtomic resolution structure of titin domain M7
要素Titin
キーワードTRANSFERASE / I-set Ig-like domain / M-band
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / titin-telethonin complex / structural molecule activity conferring elasticity / skeletal muscle myosin thick filament assembly / telethonin binding / detection of muscle stretch / muscle alpha-actinin binding / protein kinase A signaling / cardiac myofibril assembly / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / cardiac muscle tissue morphogenesis / Striated Muscle Contraction / muscle filament sliding / protein kinase regulator activity / actinin binding / M band / I band / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / sarcomere organization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / cardiac muscle contraction / muscle contraction / condensed nuclear chromosome / positive regulation of protein secretion / response to calcium ion / Z disc / actin filament binding / Platelet degranulation / protease binding / protein tyrosine kinase activity / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Sauer, F. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: structure of titin M7
著者: Sauer, F. / Wilmanns, M.
履歴
登録2010年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Other
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Titin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5183
ポリマ－10,3261
非ポリマー1922
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.830, 68.570, 24.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Titin / Connectin / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.14


分子量: 10325.693 Da / 分子数: 1 / 断片: domain M7 (UNP RESIDUES 33774-33871) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTN / プラスミド: pETM14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star pRARE2
参照: UniProt: Q8WZ42, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 3.2M ammonium sulfate, 1mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.82653 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82653 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→30 Å / Num. all: 44457 / Num. obs: 44303 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 10.093 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique allNum. unique obsRrim(I) all% possible all
0.96-0.980.3860.3974.1111203258326032600.468100
0.98-1.010.2940.3185109723208320232020.37699.8
1.01-1.040.2320.2356.3108093140312831280.27799.6
1.04-1.070.1810.1937.5103232975297829780.228100
1.07-1.110.1350.1519.4101932949293729370.17899.6
1.11-1.150.1140.12810.798702855284628460.15199.7
1.15-1.190.0990.1111.893692711270927090.1399.9
1.19-1.240.090.10612.590852619260826080.12599.6
1.24-1.290.0810.09513.287322530251525150.11299.4
1.29-1.360.0770.0913.983582434241924190.10799.4
1.36-1.430.0640.08115.179032306229122910.09699.3
1.43-1.520.0610.07716.474252165215421540.09199.5
1.52-1.620.060.0917.569672033202120210.10699.4
1.62-1.750.0530.07318.966281911189018900.08698.9
1.75-1.920.0290.06426.5124841751174617460.06999.7
1.92-2.150.0260.05331.1112401584158315830.05799.9
2.15-2.480.0240.05233.898591404140514050.056100
2.48-3.040.0230.04934.777801189118611860.05499.7
3.04-4.290.020.03736.347419199189180.04299.9
4.29-300.0180.03235.923275165075070.03798.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KNB

3knb


解像度: 0.96→19.518 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU ML: 0.06 / σ(F): 0.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1354 1998 4.51 %RANDOM
Rwork0.1155 ---
obs0.1164 44284 99.66 %-
all-44457 --
溶媒の処理減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 0.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 113.182 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.4 Å2 / Biso mean: 12.4334 Å2 / Biso min: 3.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4563 Å2-0 Å21.7995 Å2
2--2.2992 Å20 Å2
3----1.843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→19.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数706 0 10 160 876
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4511146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.696304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
0.9601-0.99440.18071990.163342334432423399.9
0.9944-1.03420.14141950.133542224417422299.9
1.0342-1.08130.16132050.116142014406420199.9
1.0813-1.13830.13271950.105542394434423999.8
1.1383-1.20960.12542070.102242444451424499.6
1.2096-1.30290.12352030.09641804383418099.6
1.3029-1.4340.12981980.102942264424422699.4
1.434-1.64140.14061930.107342214414422199.4
1.6414-2.06770.13261990.107142384437423899.5
2.0677-19.52230.13292040.126642824486428299.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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