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- PDB-3pu2: Crystal Structure of the Q3J4M4_RHOS4 protein from Rhodobacter sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pu2
タイトルCrystal Structure of the Q3J4M4_RHOS4 protein from Rhodobacter sphaeroides. Northeast Structural Genomics Consortium Target RhR263.
要素uncharacterized protein
キーワードStructure Genomics / unknown function / SRPBCC superfamily / PSI-Biology / NESG / RhR263 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Putative activator of Hsp90 ATPase 1 family
機能・相同性Activator of Hsp90 ATPase homologue 1-like / Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Activator of Hsp90 ATPase homologue 1/2-like C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.606 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Q3J4M4_RHOS4 protein from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein
C: uncharacterized protein
D: uncharacterized protein
E: uncharacterized protein
F: uncharacterized protein
G: uncharacterized protein
H: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,1608
ポリマ－148,1608
非ポリマー00
水1,29772
1
A: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5201
ポリマ－18,5201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.214, 35.856, 230.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.980, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
詳細monomer,21.19 kD,91.7%

-
要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein


分子量: 18520.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023/2.4.1/NCIB 8253/DSM 158 / 遺伝子: RHOS4_06920, RSP_2105 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q3J4M4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6
詳細: 24% PEG 20000, 0.1M potassium bromide, 0.1M MES, pH 6.0, microbatch under paraffin oil, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 72214 / Num. obs: 68098 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Biso Wilson estimate: 45.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 7163 / % possible all: 72.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.606→29.097 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3402 5.02 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 67784 93.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.4 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 194.37 Å2 / Biso mean: 66.915 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.283 Å20 Å25.294 Å2
2--3.825 Å2-0 Å2
3----21.945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.606→29.097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9279 0 0 72 9351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51713007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1131462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3343437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.606-2.6430.354950.3221670176560
2.643-2.6820.274960.3232145224171
2.682-2.7240.3561290.312261239080
2.724-2.7690.433920.3032532262485
2.769-2.8170.3541310.3182514264590
2.817-2.8680.3561330.3232687282094
2.868-2.9230.3681450.3332770291596
2.923-2.9830.4111370.2992969310698
2.983-3.0470.3051440.2972715285998
3.047-3.1180.2951650.2722794295999
3.118-3.1960.321600.2942896305699
3.196-3.2820.3261460.2832886303299
3.282-3.3790.2581100.2452762287299
3.379-3.4880.251740.2162885305999
3.488-3.6120.2511750.2062899307499
3.612-3.7560.2211240.1992764288899
3.756-3.9270.2061760.1922838301499
3.927-4.1340.2321280.1892808293698
4.134-4.3920.2171490.1712916306599
4.392-4.7290.1721390.1512769290898
4.729-5.2030.1751650.1462853301898
5.203-5.950.2281480.1872816296498
5.95-7.4760.2451810.1992731291298
7.476-29.0980.2351600.232502266288
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9968-0.1194-0.63870.310.40351.721-0.1009-0.054-0.0575-0.0790.0324-0.07990.41920.1041-0.26450.2006-0.0086-0.07490.0657-0.02580.136176.769732.171685.3146
21.0063-0.39940.56220.7484-0.36910.8667-0.01880.1059-0.0634-0.32580.0497-0.1090.02210.1273-0.01840.3343-0.0635-0.02770.1569-0.02580.179555.274514.49928.8454
30.23420.10471.14931.7447-0.38542.4118-0.05380.00170.01390.095-0.0194-0.0797-0.1465-0.24090.03710.0294-0.0290.01360.083-0.00510.145550.167620.629758.4346
40.4112-0.79540.48441.14361.10691.7080.0668-0.0036-0.0536-0.37840.1535-0.1384-0.39980.3568-0.15450.2431-0.16810.12610.1664-0.07720.178282.507438.222555.7555
51.2687-0.3079-0.10720.4858-0.88681.9940.18570.008-0.07160.2044-0.26910.1368-0.10220.18330.05260.4375-0.06120.0340.1477-0.01170.185654.876322.20040.422
60.7777-0.15650.36031.3130.29731.26870.0527-0.04470.08550.3940.00170.0284-0.104-0.4166-0.06690.3504-0.03370.09520.33010.03520.242743.305112.647385.6772
70.8864-0.2855-0.71040.46340.62672.66590.2579-0.19880.0809-0.07670.0496-0.0064-0.45690.3718-0.2320.3609-0.07790.13040.1695-0.08880.133889.855630.007328.6492
81.4224-0.9853-0.68740.33830.24392.71270.1184-0.3630.19430.04020.0267-0.08480.38820.7979-0.16990.20640.0498-0.06780.4044-0.12870.200876.49437.8208114.2274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA16 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB15 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC16 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD16 - 169
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE16 - 170
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF16 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG18 - 171
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH16 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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