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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ptd | ||||||
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タイトル | PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C MUTANT D274S | ||||||
![]() | PHOSPHATIDYLINOSITOL-SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHORIC DIESTER / LIPID DEGRADATION / PHOSPHATIDYLINOSITOL SPECIFIC PHOSPHOLIPASE C | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase / phosphatidylinositol diacylglycerol-lyase activity / phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Heinz, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the roles of active site residues in phosphatidylinositol-specific phospholipase C from Bacillus cereus by site-directed mutagenesis. 著者: Gassler, C.S. / Ryan, M. / Liu, T. / Griffith, O.H. / Heinz, D.W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of the Phosphatidylinositol-Specific Phospholipase C from Bacillus Cereus in Complex with Myo-Inositol 著者: Heinz, D.W. / Ryan, M. / Bullock, T.L. / Griffith, O.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34540.656 Da / 分子数: 1 / 変異: D274S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年9月19日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.7 Å / Num. obs: 16336 / % possible obs: 71.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.15 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 43.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 35135 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 43.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2→19.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED AND GROUPED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.28 |