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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3psp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PUL and PFU domain | ||||||
![]() | Protein DOA1 | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / protein degradation / Maintain the ubiquitin level / CDC48 Ubiquitin | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding ...ribophagy / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin recycling / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / ubiquitin-modified protein reader activity / ubiquitin binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endosome membrane / protein-containing complex binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y. / Sun, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PUL and PFU domain 著者: Liu, Y. / Sun, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47313.992 Da / 分子数: 1 / 断片: PUL and PFU domains (UNP residues 325-715) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DOA1, UFD3, ZZZ4, YKL213C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.64 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.15M Potassium bromide,30% w/v PEG 2000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.422→88.763 Å / Num. all: 16882 / Num. obs: 16781 / % possible obs: 99.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.644 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.422→25.624 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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