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- PDB-3psa: Classification of a Haemophilus influenzae ABC transporter HI1470... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3psa
タイトルClassification of a Haemophilus influenzae ABC transporter HI1470/71 through its cognate molybdate periplasmic binding protein MolA (MolA bound to tungstate)
要素protein HI_1472
キーワードMETAL TRANSPORT / periplasmic binding protein / substrate binding protein / oxyanion binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion transport / cellular response to iron ion / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTATE(VI)ION / Molybdate-binding protein MolA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tirado-Lee, L. / Lee, A. / Rees, D.C. / Pinkett, H.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Classification of a Haemophilus influenzae ABC Transporter HI1470/71 through Its Cognate Molybdate Periplasmic Binding Protein, MolA.
著者: Tirado-Lee, L. / Lee, A. / Rees, D.C. / Pinkett, H.W.
履歴
登録2010年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein HI_1472
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8912
ポリマ－36,6431
非ポリマー2481
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.711, 122.711, 103.215
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 protein HI_1472 / periplasmic binding protein MolA


分子量: 36642.934 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-347 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI_1472 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44206
#2: 化合物 ChemComp-WO4 / TUNGSTATE(VI)ION


分子量: 247.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: WO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEG2000 MME, 0.1 M sodium acetate, 0.2 M ammonium sulfate, 12% glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97856
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.2143
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
21.21431
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.511
11-h,-k,l20.489
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 99581 / Num. obs: 99140 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.994 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.737.20.34896631.061100
1.73-1.767.40.30196051.0931100
1.76-1.797.40.27895821.0871100
1.79-1.837.40.24696371.1391100
1.83-1.877.50.20896571.191100
1.87-1.917.60.18896031.2631100
1.91-1.967.60.16595611.4011100
1.96-2.027.60.1596421.5381100
2.02-2.077.70.13796161.6931100
2.07-2.147.70.12196321.8371100
2.14-2.227.80.10596001.9591100
2.22-2.3180.09396071.9921100
2.31-2.418.10.08596492.0721100
2.41-2.548.30.08195942.3231100
2.54-2.78.50.07996202.711100
2.7-2.918.60.07496073.0191100
2.91-3.28.70.06596242.9861100
3.2-3.668.80.05296392.9191100
3.66-4.618.80.04695912.8141100
4.61-308.70.04596382.755199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 45.56 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.7 Å29.47 Å
Translation1.7 Å29.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.2356 / WRfactor Rwork: 0.2207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8134 / SU B: 2.024 / SU ML: 0.063 / SU R Cruickshank DPI: 0.0145 / SU Rfree: 0.0146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 4868 4.9 %RANDOM
Rwork0.2189 ---
obs0.2198 99137 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.66 Å2 / Biso mean: 14.2862 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2578 0 5 139 2722
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.9733582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3495327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1125.574122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04115471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8671512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8191.51629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29622632
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3231009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3884.5949
LS精密化 シェル解像度: 1.694→1.738 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 332 -
Rwork0.23 6547 -
all-6879 -
obs--94.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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