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- PDB-3ps9: Crystal structure of MnmC from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ps9
タイトルCrystal structure of MnmC from E. coli
要素tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / oxidase / methyl transferase / FAD / SAM binding
機能・相同性
機能・相同性情報


D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Vaccinia Virus protein VP39 / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / S-ADENOSYLMETHIONINE / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Kim, J. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for hypermodification of the wobble uridine in tRNA by bifunctional enzyme MnmC.
著者: Kim, J. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年8月21日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5644
ポリマ－75,3451
非ポリマー1,2193
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.063, 100.063, 159.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine biosynthesis bifunctional protein mnmC / tRNA mnm(5)s(2)U biosynthesis bifunctional protein


分子量: 75344.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 遺伝子: B21_02209, mnmC, yfcK / プラスミド: LIC-PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: C5W761, tRNA 5-(aminomethyl)-2-thiouridylate-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8M tri-ammonium citrate, PH 7.0, 0.5% ethyl acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. all: 27323 / Num. obs: 26488 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 37.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rsym value: 0.191 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.54→2.59 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1323 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP10.2.23位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 19.972 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24661 1328 5 %RANDOM
Rwork0.18179 ---
obs0.18502 25161 97.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 81 222 5515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0215443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4051.967423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6324.195267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.36415823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2581535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0214262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.53338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91825328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17832105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0434.52094
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 69 -
Rwork0.221 1436 -
obs--76.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.3304 Å / Origin y: 34.701 Å / Origin z: -3.0964 Å
111213212223313233
T0.0095 Å2-0.0035 Å20.0014 Å2-0.0229 Å20.0013 Å2--0.0067 Å2
L0.6014 °2-0.0116 °2-0.0285 °2-0.389 °2-0.0701 °2--0.5881 °2
S0.0129 Å °-0.0682 Å °-0.0461 Å °-0.0061 Å °0.0089 Å °0.0095 Å °-0.014 Å °-0.026 Å °-0.0217 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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