PDB-3ppq: Structures of the substrate-binding protein provide insights into...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppq

タイトル

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of Bacillus subtilis ABC transporter OpuC

要素

Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / osmoprotectant

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
著者: Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

履歴

登録	2010年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppq.cif.gz	223.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppq.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ppq_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ppq_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	3ppq_validation.xml.gz	21.5 KB	表示
CIF形式データ	3ppq_validation.cif.gz	30.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppnC 3ppoC 3pppC 3pprC 1sw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ppo-1 3ppp-1 1sw1-2 3r6u-d 3ppo-2 1xxl-2 3ppr-1 3ppp-2 2q8p-d 1sw4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

70.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.730, 90.150, 115.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein / OpuCC / Osmoprotectant-binding protein 分子量: 35016.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: opuCC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32243
#2: 化合物	ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28%(v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2M Calcium Chloride dihydrate, 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9701 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9701 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 49529 / Num. obs: 49529 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SW2

1sw2

解像度: 1.91→36.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.65 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2422	2511	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2257	47018	-	-
obs	0.2266	47018	97.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 39 Å² / B_iso mean: 20.693 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→36.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4330	0	14	123	4467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.469	1.962	5976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.027	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.46	25.577	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.372	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.102	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.663	1.5	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.259	2	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.181	3	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.643	4.5	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.914→1.964 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	174	-
R_work	0.268	3341	-
obs	-	-	95.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6638	-0.1262	-0.5987	0.1322	-0.1029	2.6094	-0.0185	0.0091	0.1022	-0.1203	0.0296	0.0022	-0.1012	-0.1815	-0.0111	0.1465	0.0143	-0.0049	0.13	0.0281	0.124	10.974	29.542	4.045
2	2.1486	-0.4586	0.8315	0.5298	-0.3431	1.4148	-0.1361	-0.1528	0.2027	0.113	0.0128	-0.0658	-0.1742	-0.0978	0.1233	0.1716	0.0359	-0.0086	0.0694	-0.0111	0.1578	21.934	31.652	18.417
3	2.1724	0.0107	0.6464	0.3618	0.1696	1.3417	-0.0505	0.3037	0.2231	0.0461	-0.0277	-0.0115	-0.0357	0.2292	0.0781	0.0989	0.0073	-0.0105	0.1539	0.0735	0.1462	41.211	26.032	4.379
4	1.6317	-0.3466	-0.1108	0.4644	0.201	2.2006	-0.0126	0.0549	-0.1068	0.0043	0.0039	-0.0163	0.1208	-0.2303	0.0087	0.1245	-0.0038	0.0063	0.1123	0.0179	0.1205	13.729	21.544	5.644
5	1.3632	-0.347	-1.0533	0.5215	0.1279	1.9355	-0.1199	-0.2178	-0.2832	-0.0973	-0.0195	0.0381	0.3491	0.4545	0.1394	0.1573	0.074	0.0183	0.1812	0.0822	0.1418	63.751	7.766	34.296
6	1.6525	0.2495	0.1571	0.1802	-0.0821	1.9404	-0.0476	-0.167	0.0079	-0.0012	-0.0037	0.0397	0.0288	-0.0089	0.0514	0.1543	0.0146	-0.002	0.1006	0.0117	0.1035	47.304	16.205	36.64
7	1.0567	-0.179	0.1382	1.3383	-0.3864	0.9415	0.1596	0.1161	-0.1204	-0.2514	-0.0447	0.0795	0.2973	-0.1293	-0.115	0.2708	-0.0285	-0.0622	0.1107	-0.0165	0.103	38.582	2.322	18.714
8	1.1327	-0.0981	-0.5484	0.642	0.1235	0.8904	-0.0659	-0.0759	-0.0082	-0.0908	-0.0007	-0.0184	0.0834	0.2147	0.0666	0.1355	0.0336	0.017	0.1305	0.0371	0.1232	62.274	12.357	26.803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	132 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	242 - 303
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	33 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	70 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	129 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	240 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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