PDB-3ppo: Structures of the substrate-binding protein provide insights into...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ppo

タイトル

Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of Bacillus subtilis ABC transporter OpuC

要素

Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / osmoprotectant / compatible solute

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC
著者: Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

履歴

登録	2010年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ppo.cif.gz	227.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ppo.ent.gz	183.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ppo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ppnC 3pppC 3ppqC 3pprC 1sw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ppq-1 3ppp-1 1sw1-2 3r6u-d 3ppq-2 2q8p-d 1xxl-2 4dri-d 4z7e-1 5nxy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.890, 91.070, 115.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein / OpuCC / Osmoprotectant-binding protein 分子量: 35016.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: opuCC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32243
#2: 化合物	ChemComp-DCK / (2S)-3-carboxy-2-hydroxy-N,N,N-trimethylpropan-1-aminium / D-carnitine / D-カルニチン分子量: 162.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28%(v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2M Calcium Chloride dihydrate, 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 19559 / Num. obs: 19559 / % possible obs: 94.2 %
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SW2

1sw2

解像度: 2.7→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.217 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2378	739	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2122	13838	-	-
obs	0.2135	13838	78.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 30 Å² / B_iso mean: 27.961 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	22	128	4496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.964	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.818	5	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.638	25.619	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.413	15	812
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.563	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.402	1.5	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.716	2	4348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.074	3	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.778	4.5	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.772 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	5	-
R_work	0.285	131	-
obs	-	-	10.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1794	0.3119	1.1566	1.7905	0.8384	2.2133	-0.1026	-0.0364	0.2212	0.0516	0.0845	0.1497	-0.1765	-0.0728	0.0182	0.1157	0.0204	0.0339	0.2319	0.0234	0.1298	-17.6217	33.7589	7.0394
2	1.6934	-0.5459	0.0187	0.6002	-0.4167	0.8349	-0.0555	-0.043	-0.0194	0.0274	0.0681	-0.0641	0.0732	0.0741	-0.0126	0.1085	-0.0085	0.0092	0.1756	-0.0083	0.1284	1.309	26.5348	14.4137
3	1.63	0.6857	0.7787	2.7801	1.0994	1.0313	-0.0836	0.3622	0.2695	-0.0939	-0.021	0.073	-0.3251	0.1709	0.1046	0.1858	-0.0086	0.0169	0.2883	0.0709	0.1888	10.887	33.1242	4.8854
4	1.4605	0.2663	-0.0226	0.4621	-0.6706	1.6545	0.045	0.1437	0.0151	0.0026	-0.0928	-0.0979	0.0197	0.187	0.0479	0.0633	-0.0023	0.0141	0.1888	0.019	0.1056	2.262	24.8067	7.1685
5	28.2341	-2.2785	-5.5293	8.2902	1.9399	5.0913	-0.633	-1.0994	0.7719	0.4641	0.0851	0.7328	-0.0184	-0.7684	0.5479	0.2796	0.102	0.0805	0.4058	-0.0596	0.3299	-27.5168	33.3926	18.5656
6	1.3898	-0.2763	-0.0044	1.6464	-0.842	2.0422	0.0991	0.1492	-0.3646	0.0471	-0.0839	0.1287	0.1208	-0.1128	-0.0152	0.0932	-0.0194	-0.0077	0.219	-0.021	0.1899	-16.2003	20.093	2.526
7	0.4705	0.0293	-1.1536	2.3067	0.0121	2.9132	0.0538	-0.0735	-0.0687	0.3068	-0.1511	-0.273	-0.0196	0.1607	0.0973	0.1789	-0.0056	-0.0491	0.29	0.0816	0.164	30.4076	7.605	35.1781
8	1.3189	-0.1609	1.3005	0.9638	-0.2196	2.7647	-0.0802	-0.0605	0.1279	0.0696	0.0418	0.0085	-0.0532	0.0466	0.0384	0.096	-0.0207	0.0217	0.2006	0.0069	0.12	16.4607	16.3622	33.673
9	1.4965	-0.5721	0.4118	2.8	0.3378	3.2716	0.0923	0.0501	-0.2892	-0.3124	-0.1711	0.1595	0.2833	-0.2377	0.0788	0.1395	-0.0442	0.0029	0.2715	0.0148	0.1627	3.2082	1.515	16.347
10	1.6681	0.2932	0.4602	0.5897	0.0997	0.4382	0.111	0.0984	-0.0757	-0.0979	-0.1288	0.0746	0.2429	-0.029	0.0179	0.1853	0.0046	-0.0091	0.2653	0.0172	0.105	9.8885	3.7299	20.4324
11	2.2025	-0.2088	0.1267	3.3631	1.7914	3.4999	-0.0635	0.0296	0.0737	-0.0669	0.0339	-0.3378	0.1434	0.2806	0.0296	0.0389	-0.0053	0.0397	0.2464	0.0591	0.1485	31.9551	11.2725	26.6754
12	20.5791	1.9776	5.3655	2.1772	7.5641	27.835	2.3405	0.1934	1.0039	-0.5597	-0.4503	-0.6349	-1.9474	-0.2017	-1.8902	0.6912	0.2742	0.4903	0.9465	0.4612	0.6539	40.1607	16.3317	21.7824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	209 - 250
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	251 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	256 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	32 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	77 - 140
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	141 - 179
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	180 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	249 - 297
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	298 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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