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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ppb
タイトルCrystal structure of a putative tetR family transcription regulator (Shew_3104) from SHEWANELLA SP. PV-4 at 2.10 A resolution
要素putative tetR family transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / DNA-BINDING / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / HTH MOTIF / DNA/RNA-BINDING 3- HELICAL BUNDLE FOLD / TETRACYCLIN REPRESSOR-LIKE FOLD / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily ...DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella loihica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative tetR family transcription regulator (Shew_3104) from SHEWANELLA SP. PV-4 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月20日Group: Structure summary
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative tetR family transcription regulator
B: putative tetR family transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,76920
ポリマ－44,1762
非ポリマー1,59318
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.762, 60.042, 107.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 putative tetR family transcription regulator


分子量: 22087.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: PV-4 / 遺伝子: Shew_3104 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A3QHM2

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非ポリマー , 5種, 142分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaCl, 30.0% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97903
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28.919 Å / Num. all: 22569 / Num. obs: 22569 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.154.90.8211.9807216550.821100
2.15-2.214.90.6932.2779415970.693100
2.21-2.284.90.5192.8750915400.519100
2.28-2.354.90.4743744315280.474100
2.35-2.424.90.4133.3712314580.413100
2.42-2.514.90.3623.9705614390.362100
2.51-2.64.90.2924.6669013720.292100
2.6-2.714.90.2445.4641013160.244100
2.71-2.834.90.1986.5622712790.198100
2.83-2.974.90.177.3591412120.17100
2.97-3.134.80.1478.4560111580.147100
3.13-3.324.90.11210.4544411210.112100
3.32-3.554.80.09213.6496610290.092100
3.55-3.834.80.07216.447849870.072100
3.83-4.24.80.06417.943019010.064100
4.2-4.74.80.05719.939378270.05799.9
4.7-5.424.70.06418.534667320.06499.9
5.42-6.644.60.07516.928966230.07599.7
6.64-9.394.60.05720.423035060.05799.5
9.39-28.91940.04721.711652890.04795.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
SCALA3.3.15data processing
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→28.919 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9524 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9471 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. CHLORIDE (CL) AND PEG-400 FRAGMENTS (PEG AND PG4) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND 1,2-ETHANEDIOL (EDO) FROM THE CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5. THE SAD PHASES WERE INCLUDED AS ADDITIONAL REFINEMENT RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2093 1152 5.12 %RANDOM
Rwork0.1742 ---
obs0.176 22520 --
原子変位パラメータBiso max: 112.57 Å2 / Biso mean: 40.4333 Å2 / Biso min: 16.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0643 Å20 Å20 Å2
2--0.5459 Å20 Å2
3---4.5184 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 102 124 3186
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1501SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes472HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3201HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3830SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3201HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4309HARMONIC20.91
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 146 4.93 %
Rwork0.2079 2816 -
all0.2098 2962 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28520.0936-0.04840.7012-0.10662.25970.04960.2571-0.0392-0.09260.0083-0.1589-0.00980.173-0.05790.00790.01940.0173-0.04580.0254-0.151234.45510.030160.5398
20.94010.33341.04080.3436-0.12792.450.016-0.04820.0076-0.03740.02070.1159-0.0877-0.0762-0.03670.08150.0116-0.0266-0.0921-0.006-0.111513.7411-1.082366.2564
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|194 }A7 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|7 - B|194 }B7 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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