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- PDB-3po3: Arrested RNA Polymerase II reactivation intermediate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3po3
タイトルArrested RNA Polymerase II reactivation intermediate
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • DNA non-template strand
  • DNA template strand
  • RNA product strand
  • Transcription elongation factor S-II
キーワードTRANSFERASE/DNA/RNA / RNA Polymerase II / mRNA / Transcription / arrest / backtracking / cleavage / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping ...RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / translesion synthesis / RNA polymerase II activity / translation initiation factor binding / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) ...Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / TFIIS/LEDGF domain superfamily / N-terminal domain of TfIIb - #10 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Transcription elongation factor S-II / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 ...ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Transcription elongation factor S-II / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / PHASER / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cheung, A.C.M. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structural basis of RNA polymerase II backtracking, arrest and reactivation.
著者: Cheung, A.C. / Cramer, P.
履歴
登録2010年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
N: DNA non-template strand
P: RNA product strand
S: Transcription elongation factor S-II
T: DNA template strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)549,50030
ポリマ－548,38016
非ポリマー1,12014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)220.019, 395.067, 280.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III ...RNA polymerase II subunit 1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit 3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / B32 / DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#13: DNA鎖 DNA non-template strand


分子量: 4344.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised
#16: DNA鎖 DNA template strand


分子量: 8323.189 Da / 分子数: 1 / Mutation: E291A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 PS

#14: RNA鎖 RNA product strand


分子量: 1480.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Enzymatically synthesised
#15: タンパク質 Transcription elongation factor S-II / DNA strand transfer protein alpha / STP-alpha / DNA strand transferase 1 / Pyrimidine pathway ...DNA strand transfer protein alpha / STP-alpha / DNA strand transferase 1 / Pyrimidine pathway regulatory protein 2


分子量: 20072.775 Da / 分子数: 1 / Mutation: D290A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DST1, PPR2, YGL043W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07273

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非ポリマー , 5種, 14分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#19: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#20: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#21: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4-7% PEG6000, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM AMMONIUM ACETATE, 300mM SODIUM ACETATE, 5mM TCEP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9188 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年5月8日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 181822 / Num. obs: 181822 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 9.1 / Biso Wilson estimate: 123.07 Å2
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PHASER
開始モデル: 1WCM

1wcm


解像度: 3.3→49.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 9121 5.02 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1624 181822 --
all-181822 --
原子変位パラメータBiso mean: 128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9046 Å20 Å20 Å2
2--15.5039 Å20 Å2
3----25.4085 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.774 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32455 510 43 0 33008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0133638HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3445510HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12209SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes896HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4738HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it33596HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.95
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion44415
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance671
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact391254
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 679 5.08 %
Rwork0.2306 12695 -
all0.2319 13374 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6310.07931.77253.25250.31512.18230.14760.3499-0.36610.0416-0.04080.42470.5442-0.4549-0.1068-0.0457-0.04590.15920.29950.018-0.502496.745731.1682-37.5932
22.52520.08760.4132.91510.17612.3974-0.07160.29310.6557-0.2672-0.05790.3363-0.4374-0.31770.1295-0.23070.1672-0.01330.13480.2069-0.307590.052658.7776-41.7735
30.90520.05250.12521.0631-0.27411.35250.068-0.14350.16680.4019-0.08-0.25610.0810.25220.0120.0076-0.0270.0027-0.02820.0276-0.2921123.50236.25345.7611
40.7187-0.9023-0.74722.3813-0.26850.5182-0.1045-0.35770.45581.16770.06690.0373-0.39420.05430.03760.4023-0.02310.197-0.1886-0.269-0.1027101.83269.201126.7541
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81.1565-0.9626-0.27652.8559-0.24880.7060.1043-0.1257-0.01010.17530.06141.45450.0528-0.4404-0.1656-0.32970.02450.3431-0.16510.0910.43764.291245.494311.3222
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102.40680.838-0.07372.50150.51670.3298-0.21730.29980.3475-0.29080.28470.8841-0.1829-0.189-0.0674-0.12460.06940.2219-0.28440.08570.072472.779652.66672.529
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140.9588-0.0194-0.11930.9025-0.16671.65520.04-0.05520.12960.3730.02310.10410.0713-0.0322-0.06310.00050.02780.1175-0.13620.0101-0.307106.345382.4769
151.19920.03470.02591.64580.05190.7286-0.0994-0.4042-0.22860.86070.12630.16220.14940.0502-0.02690.61670.04990.1980.0430.1347-0.5697107.8415.845136.3952
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190.55460.64741.08781.0272.05485.9867-0.04240.1543-0.33630.18050.16430.00990.75360.4246-0.12190.04380.26230.09160.1960.0099-0.2748125.44422.6145-58.7718
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222.3038-1.4875-0.58252.6404-0.94042.3786-0.0663-0.5663-0.10341.04750.17580.32710.079-0.1246-0.10950.55770.00370.49650.03830.0745-0.388488.537525.699837.8441
232.53180.64170.26072.24190.01871.5981-0.1265-0.3393-0.21180.8473-0.0291-0.5970.33240.38570.15560.47090.1113-0.12910.150.0748-0.3208129.31716.566328.2559
2410.14611.61885.61191.88591.49265.22870.1961-0.1248-0.28290.2129-0.15171.28490.665-0.4056-0.0444-0.0041-0.28080.2416-0.30860.24540.251573.248410.35349.4926
253.3881-0.34822.51816.28630.52784.2263-0.04360.27610.540.31550.03470.2578-0.60770.29830.0089-0.1084-0.2314-0.2156-0.35950.13340.9422104.329132.6782.0841
260.42191.0122-0.82530.33020.82252.6058-0.0722-0.21250.48830.2709-0.04750.0847-0.11830.20460.1197-0.0921-0.01340.0046-0.4133-0.20540.4774106.305100.02614.0693
270.5173-6.0286-2.10320.01820.04546.2510.1506-0.03650.3121-0.45-0.1002-0.3467-0.14680.2719-0.05040.32610.15340.0233-0.1683-0.0676-0.0724115.37766.339516.2528
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291.0722-7.91934.18480.5514-3.75540-0.0015-0.03330.2645-0.0789-0.19680.4538-0.2725-0.2290.1983-0.00980.04210.0707-0.05920.01110.201690.89668.3611-19.4004
300-1.67091.49120.4459-0.75493.33850.0328-0.1831-0.05660.05240.0960.06130.1477-0.0273-0.12880.3355-0.09180.0142-0.1718-0.02110.103198.872343.7678-3.2989
310-0.998-0.28341.5955-4.59972.6990.0152-0.0244-0.01950.012-0.02470.0384-0.10710.04170.00950.0579-0.14220.08430.1649-0.0416-0.144195.723344.96273.8903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|81 }A3 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|82 - A|323 }A82 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|324 - A|659 }A324 - 659
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|660 - A|831 }A660 - 831
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|832 - A|1127 }A832 - 1127
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1128 - A|1329 }A1128 - 1329
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1330 - A|1454 }A1330 - 1454
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|20 - B|234 }B20 - 234
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|235 - B|392 }B235 - 392
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|393 - B|539 }B393 - 539
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|540 - B|735 }B540 - 735
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|736 - B|841 }B736 - 841
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|842 - B|974 }B842 - 974
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|975 - B|1224 }B975 - 1224
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|3 - C|268 }C3 - 268
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|4 - D|221 }D4 - 221
17X-RAY DIFFRACTION17{ E|2 - E|215 }E2 - 215
18X-RAY DIFFRACTION18{ F|72 - F|155 }F72 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19{ G|1 - G|171 }G1 - 171
20X-RAY DIFFRACTION20{ H|2 - H|146 }H2 - 146
21X-RAY DIFFRACTION21{ I|2 - I|120 }I2 - 120
22X-RAY DIFFRACTION22{ J|1 - J|65 }J1 - 65
23X-RAY DIFFRACTION23{ K|2 - K|114 }K2 - 114
24X-RAY DIFFRACTION24{ L|25 - L|70 }L25 - 70
25X-RAY DIFFRACTION25{ S|146 - S|239 }S146 - 239
26X-RAY DIFFRACTION26{ S|240 - S|264 }S240 - 264
27X-RAY DIFFRACTION27{ S|265 - S|309 }S265 - 309
28X-RAY DIFFRACTION28{ N|2 - N|8 }N2 - 8
29X-RAY DIFFRACTION29{ T|10 - T|17 }T10 - 17
30X-RAY DIFFRACTION30{ T|18 - T|22 }T18 - 22
31X-RAY DIFFRACTION31{ P|7 - P|11 }P7 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る