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- PDB-3pns: Crystal Structure of Uridine Phosphorylase Complexed with Uracil ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pns
タイトルCrystal Structure of Uridine Phosphorylase Complexed with Uracil from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta-alpha sandwich / phosphorylase / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / URACIL / Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Uridine Phosphorylase Complexed with Uracil from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Hasseman, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,35857
ポリマ－342,33312
非ポリマー4,02545
水36,1922009
1
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5367
ポリマ－57,0552
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
2
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,87211
ポリマ－57,0552
非ポリマー8169
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
3
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,79011
ポリマ－57,0552
非ポリマー7349
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
4
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,79010
ポリマ－57,0552
非ポリマー7358
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
5
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,81511
ポリマ－57,0552
非ポリマー7609
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
6
K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5567
ポリマ－57,0552
非ポリマー5005
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
7
G: Uridine phosphorylase
H: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子

K: Uridine phosphorylase
L: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,88224
ポリマ－171,1666
非ポリマー1,71618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_566x+1/2,-y+3/2,-z+11
Buried area25980 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area44740 Å2
手法PISA
8
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
I: Uridine phosphorylase
J: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,47633
ポリマ－171,1666
非ポリマー2,31027
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27840 Å2
ΔGint-185 kcal/mol
Surface area43700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.276, 174.455, 180.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 28527.713 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_1034 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q9KT71

-
非ポリマー , 7種, 2054分子

#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-URA / URACIL


分子量: 112.087 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 4000, 20% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 208594 / Num. obs: 208594 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Rsym value: 0.472 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3o6v

3o6v


解像度: 2.002→49.636 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 10074 5.02 %
Rwork0.1744 --
obs0.177 200821 92.04 %
all-200821 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.58 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7431 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5371 Å2-0 Å2
3----0.206 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→49.636 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22176 0 261 2009 24446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01123621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27732104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7428591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0833736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0021-2.07370.30928680.242816383X-RAY DIFFRACTION80
2.0737-2.15670.27059460.207417530X-RAY DIFFRACTION85
2.1567-2.25490.25289520.189717764X-RAY DIFFRACTION87
2.2549-2.37380.25889460.191618253X-RAY DIFFRACTION89
2.3738-2.52250.25179770.179518900X-RAY DIFFRACTION92
2.5225-2.71720.256510360.184219700X-RAY DIFFRACTION95
2.7172-2.99060.237410660.171720451X-RAY DIFFRACTION99
2.9906-3.42330.205910530.160620702X-RAY DIFFRACTION99
3.4233-4.31260.189811530.147820550X-RAY DIFFRACTION99
4.3126-49.65160.203310770.175420514X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38980.2306-0.1060.18880.06220.3260.0173-0.1435-0.03750.0199-0.0477-0.0216-0.04230.04940.02550.0567-0.0088-0.00770.12880.00410.04829.19892.163849.5196
20.16420.07750.15360.06760.17280.47220.0233-0.00170.02810.0389-0.02460.02180.0584-0.04170.00330.0408-0.01810.00160.0610.0160.038830.186366.428353.2041
30.71760.3407-0.2330.3952-0.33210.53820.1282-0.1812-0.06880.2237-0.1776-0.0455-0.25350.14110.04830.1442-0.0702-0.05140.09380.02160.005480.443591.7957116.3732
40.30830.16030.25180.08780.18790.49620.017-0.07110.04310.0462-0.05240.06520.0869-0.07970.03560.0791-0.02260.00840.07840.00660.08981.886866.5953120.0802
50.3801-0.1433-0.08860.0882-0.09870.4468-0.00950.0115-0.1041-0.1107-0.04450.09080.1735-0.0050.03920.14010.0185-0.03150.0378-0.03160.124480.378456.728872.7716
60.08970.24690.08190.70960.310.37930.04190.02430.00370.10380.0138-0.01810.10950.0432-0.05640.05890.0083-0.03140.04790.00420.102787.937648.767895.5433
70.3834-0.0393-0.04880.04840.13630.4016-0.03790.0126-0.05740.0710.025-0.03630.15320.02640.01310.07040.01820.00290.00740.01780.046575.6725143.828183.7277
80.2256-0.07680.03260.0718-0.10820.43870.0198-0.0021-0.0549-0.02280.0610.00240.1618-0.0187-0.05850.0554-0.0201-0.0146-0.02940.00830.031567.4099135.66861.3355
90.35850.0209-0.05970.1578-0.07220.40790.02770.00350.0176-0.0167-0.03480.0062-0.1699-0.0310.01990.05510.0432-0.0453-0.01710.02820.016572.7057101.949887.8372
100.2031-0.15480.06960.30270.26610.5567-0.02190.0250.0287-0.1839-0.0792-0.0245-0.2538-0.04630.08650.19890.0338-0.05070.0680.00750.077978.792786.750668.4701
110.2015-0.0058-0.02950.22450.00770.4453-0.0306-0.0232-0.0108-0.02510.0059-0.0050.14250.06650.02320.08250.01310.02130.0528-0.0090.049330.989372.4456111.184
120.3197-0.23740.00940.3503-0.09330.4271-0.04240.0813-0.0471-0.0862-0.0140.05350.0675-0.02140.04970.053-0.01110.01380.0552-0.02520.035625.228387.257591.6259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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