PDB-3pnd: FAD binding by ApbE protein from Salmonella enterica: a new class...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pnd

タイトル

FAD binding by ApbE protein from Salmonella enterica: a new class of FAD binding proteins

要素

Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

キーワード

PROTEIN BINDING / Apbe / FAD / flavoprotein / oxidoreductase / FAD binding domain / T-fold

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD:protein FMN transferase / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Boyd, J.M. / Endrizzi, J.A. / Hamilton, T.L. / Christopherson, M.R. / Mulder, D.W. / Downs, D.M. / Peters, J.W.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: FAD binding by ApbE protein from Salmonella enterica: a new class of FAD-binding proteins.
著者: Boyd, J.M. / Endrizzi, J.A. / Hamilton, T.L. / Christopherson, M.R. / Mulder, D.W. / Downs, D.M. / Peters, J.W.

履歴

登録	2010年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pnd.cif.gz	506.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pnd.ent.gz	417.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pnd_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pnd_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	3pnd_validation.xml.gz	51.1 KB	表示
CIF形式データ	3pnd_validation.cif.gz	69 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/3pnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o18S 1vrm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tny-2 5lsw-d 1n4r-9 1pgi-d 4gtx-1 1tnz-3 1n4p-5 6pw0-2 1tnu-1 3pz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

B: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

C: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

D: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

B: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

D: Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.103, 120.850, 212.058
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	32 - 348
2	1	1	4	B	32 - 348
3	1	1	4	C	32 - 348
4	1	1	4	D	32 - 348

#1: タンパク質	Thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE 分子量: 36985.777 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 21-350 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: apbE, STM2266 / プラスミド: pApbe10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(A1*) / 参照: UniProt: P41780
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.5M LiSO4, 18% polyethylene glycol (PEG) 4000 in 100 mM Tris-HCl, and 10-20 mg/ml as purified FAD bound ApbE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 75 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98789

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98789 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→32.6 Å / Num. all: 44268 / Num. obs: 44268 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.75-2.82	4.3	0.4	1.9	13860	3235	0.4	99.9
2.82-2.9	4.3	0.338	2.2	13295	3127	0.338	99.8
2.9-2.98	4.3	0.278	2.7	13078	3072	0.278	99.8
2.98-3.07	4.2	0.231	3.2	12561	2976	0.231	99.8
3.07-3.18	4.2	0.191	3.9	12193	2885	0.191	99.8
3.18-3.29	4.3	0.154	4.7	11967	2812	0.154	99.7
3.29-3.41	4.2	0.122	6	11491	2710	0.122	99.8
3.41-3.55	4.2	0.114	6.2	10833	2588	0.114	99.8
3.55-3.71	4.2	0.097	4.4	10445	2502	0.097	99.7
3.71-3.89	4.2	0.083	7.3	10091	2400	0.083	99.7
3.89-4.1	4.2	0.071	10	9596	2289	0.071	99.7
4.1-4.35	4.1	0.06	11.7	9018	2186	0.06	100
4.35-4.65	4.1	0.054	12.8	8354	2048	0.054	100
4.65-5.02	4.1	0.056	12	7791	1917	0.056	99.8
5.02-5.5	4	0.062	10.8	7057	1766	0.062	99.7
5.5-6.15	3.9	0.058	11.7	6183	1588	0.058	99.4
6.15-7.1	3.6	0.047	14.7	5144	1429	0.047	98.8
7.1-8.7	4.1	0.035	17	5067	1233	0.035	100
8.7-12.3	4	0.03	19.8	3913	977	0.03	100
12.3-32.599	3.8	0.033	12	2009	528	0.033	91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O18

2o18

解像度: 2.75→32.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / WR_factor R_free: 0.2134 / WR_factor R_work: 0.1709 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8392 / SU B: 26.902 / SU ML: 0.254 / SU R Cruickshank DPI: 3.9893 / SU R_free: 0.3555 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2544	2226	5 %	RANDOM
R_work	0.2024	-	-	-
obs	0.205	44205	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.17 Å² / B_iso mean: 38.128 Å² / B_iso min: 1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→32.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9674	0	432	329	10435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	10286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.899	1.997	14035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.663	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.412	24.196	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.293	15	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.665	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	7568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.114	6	6237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.261	30	10022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.934	6	4049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.603	30	4012

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2370 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.47	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.53	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.24	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.23	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.25	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.24	2

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	160	-
R_work	0.294	3052	-
all	-	3212	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.8129	-5.8667	-2.6106	9.7548	-8.2266	12.4926	0.2965	-0.508	0.8925	0.1819	0.1649	-0.1428	-0.4452	0.1774	-0.4614	0.0987	-0.0458	0.0612	0.0422	-0.0414	0.0839	29.4951	123.8799	7.2804
2	1.4599	0.2774	0.0779	1.9534	-0.2167	0.949	-0.0351	0.2036	-0.0255	-0.3566	0.0131	-0.101	0.1147	0.0883	0.0221	0.0758	-0.0015	0.0229	0.0466	-0.0072	0.0084	19.5395	96.6569	4.4315
3	1.8936	0.2581	-0.0387	2.1122	0.3361	1.4094	-0.0668	-0.0398	0.2754	0.0885	-0.0213	0.0542	-0.3515	-0.1965	0.0881	0.1491	0.0324	0.0058	0.0756	-0.0269	0.0882	16.4063	120.4935	8.2578
4	0.0842	-0.1775	0.2725	0.6812	-1.4212	3.2274	0.0753	0.07	0.0057	-0.154	0.0309	0.0452	0.2322	-0.2492	-0.1061	0.0937	0.0122	0.0075	0.2257	0.0232	0.1261	7.9348	107.951	-10.0839
5	2.6803	-0.1728	0.1364	0.9822	0.0639	3.7128	-0.0038	-0.2093	-0.0086	0.0666	-0.0254	0.3436	-0.0085	-0.5068	0.0292	0.0058	0.0065	0.0254	0.1262	-0.0019	0.1244	1.7975	113.3289	2.2075
6	3.6676	-5.5602	1.9934	17.8864	-4.3965	2.3428	-0.0843	-0.0845	-0.1055	0.4174	-0.0515	-0.5249	-0.2871	-0.114	0.1358	0.1716	0.0151	-0.0112	0.078	-0.0206	0.0779	2.6287	116.0351	37.9079
7	0.949	-0.1412	0.2081	2.1583	0.143	0.6298	-0.0182	-0.1307	0.0531	0.1389	0.0781	0.0155	-0.1497	-0.0908	-0.0599	0.0581	0.0092	0.0244	0.0675	-0.0077	0.015	9.3776	101.3742	33.334
8	0.9803	0.7841	0.7792	1.8299	-0.6985	2.0872	0.067	0.0159	-0.0567	0.0258	-0.1398	-0.1828	0.0945	0.2039	0.0728	0.0624	-0.008	0.0079	0.0758	-0.0451	0.0945	23.7687	103.706	42.8717
9	13.3448	-0.6046	28.0979	5.4241	-9.7401	72.5797	0.8444	0.4405	0.3027	0.0353	-1.8847	-0.5333	2.0869	3.8326	1.0403	0.5227	0.1734	-0.445	0.7636	-0.178	0.8475	29.9754	109.4654	49.1999
10	2.7452	-0.3767	-0.7878	0.7337	-2.1872	8.7051	0.0902	-0.0071	0.3221	0.1487	-0.1446	-0.1569	-0.3456	0.3454	0.0543	0.143	-0.1362	-0.0191	0.1527	-0.0359	0.2456	30.0918	116.3867	39.456
11	0.0235	0.4915	-0.0112	11.9712	-0.3045	0.0092	0.0066	-0.0371	0.0162	-0.6607	-0.0358	-0.2571	0.0186	-0.0289	0.0292	0.2969	-0.021	0.018	0.6923	-0.1562	0.3821	34.8681	126.6701	75.6805
12	23.3821	-15.8788	-8.5853	19.0298	4.4448	18.5458	-0.4194	-0.6901	0.1273	-0.7217	0.2678	0.1338	0.1229	2.0017	0.1517	0.1709	0.0083	-0.0856	0.2402	0.0021	0.1126	20.5223	133.4713	85.314
13	2.1528	0.1434	-0.0854	1.0536	-0.1041	1.1646	-0.0248	-0.147	-0.1162	0.1583	0.0128	-0.0513	-0.0309	0.0232	0.012	0.025	0.0049	-0.0054	0.0109	0.007	0.0081	-2.6244	126.6792	87.3321
14	9.7815	4.3682	-6.9646	1.9615	-3.117	4.9667	0.1846	-0.0176	0.4411	0.0241	0.0937	0.1609	-0.0525	-0.0374	-0.2783	0.4959	-0.1265	0.0338	0.5643	-0.0134	0.4159	21.5972	109.4346	103.2058
15	1.2332	-0.0405	-0.3557	0.9814	0.2759	2.0817	-0.0882	-0.0716	-0.2993	0.0259	0.0007	-0.2617	0.4017	0.0956	0.0875	0.1029	-0.0037	0.0176	0.0715	-0.0031	0.1863	4.867	110.2079	93.673
16	7.3398	-2.1602	0.0797	1.0856	0.609	0.9834	0.1238	0.0072	-0.6405	0.0253	-0.0041	0.1289	0.2251	0.0135	-0.1198	0.2138	0.0001	-0.0489	0.0252	-0.0128	0.0736	0.4307	105.0187	59.8295
17	1.6419	0.4814	-0.6752	1.3199	-0.7767	2.4914	0.0273	0.3153	0.0526	-0.3782	-0.0277	0.1372	0.2411	-0.369	0.0005	0.1351	0.0243	-0.0213	0.1374	-0.0412	0.0549	-15.4641	121.3874	57.8164
18	2.3549	-1.8369	1.6191	2.8448	-0.061	2.1684	-0.0873	0.0052	-0.0111	0.1614	0.127	-0.1061	-0.0294	0.0746	-0.0397	0.0651	0.0509	-0.0421	0.1349	-0.0602	0.1102	12.06	113.7061	65.0505
19	4.5833	3.6513	-4.4714	7.3044	-4.4364	4.9002	-0.1033	0.6838	0.1338	-0.2646	-0.0407	-0.3646	0.1583	-0.518	0.1439	0.0505	0.0553	-0.0102	0.2545	0.0386	0.1941	15.8238	123.2365	61.948
20	1.3313	-0.2084	0.2777	1.3267	0.2251	3.599	-0.0111	0.1947	0.0973	-0.1818	0.0538	-0.1116	-0.2771	0.0415	-0.0427	0.0834	-0.0124	0.0245	0.0383	-0.0036	0.0492	4.9183	130.704	53.1577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 186
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	187 - 250
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	251 - 284
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	285 - 348
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	31 - 47
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	48 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	256 - 324
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	325 - 329
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	330 - 348
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	26 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	32 - 37
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	38 - 235
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	236 - 240
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	241 - 348
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	33 - 89
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	90 - 188
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	189 - 233
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	234 - 250
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	251 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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