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- PDB-3pjz: Crystal Structure of the Potassium Transporter TrkH from Vibrio p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pjz
タイトルCrystal Structure of the Potassium Transporter TrkH from Vibrio parahaemolyticus
要素Potassium uptake protein TrkH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / potassium transport / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:chloride symporter activity / potassium ion binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Trk system potassium uptake protein TrkH
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.506 Å
データ登録者Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a potassium ion transporter, TrkH.
著者: Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Derebe, M.G. / Levin, E.J. / Kabaleeswaran, V. / Pan, Y. / Punta, M. / Love, J. / Weng, J. / Quick, M. / Ye, S. / Kloss, B. / Bruni, R. / Martinez-Hackert, E. ...著者: Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Derebe, M.G. / Levin, E.J. / Kabaleeswaran, V. / Pan, Y. / Punta, M. / Love, J. / Weng, J. / Quick, M. / Ye, S. / Kloss, B. / Bruni, R. / Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A. / Rost, B. / Javitch, J.A. / Rajashankar, K.R. / Jiang, Y. / Zhou, M.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium uptake protein TrkH
B: Potassium uptake protein TrkH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3034
ポリマ－108,2252
非ポリマー782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area36770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.489, 97.406, 195.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYchain A and (resseq 1:157 or resseq 174:484 )AA1 - 1571 - 157
12ARGARGchain A and (resseq 1:157 or resseq 174:484 )AA174 - 484174 - 484
21GLYGLYchain B and (resseq 1:157 or resseq 174:484 )BB1 - 1571 - 157
22ARGARGchain B and (resseq 1:157 or resseq 174:484 )BB174 - 484174 - 484

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.943618, -0.329577, -0.031037), (-0.325107, 0.904972, 0.274465), (-0.062369, 0.26908, -0.961096)
ベクター: -21.8923, 10.7965, -102.427002)

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要素

#1: タンパク質 Potassium uptake protein TrkH


分子量: 54112.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: VP0032 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87TN7
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3
詳細: 35% PEG400, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.3, microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9791
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.97949
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年8月16日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年2月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979491
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 20487 / % possible obs: 89.5 % / Biso Wilson estimate: 63.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.5-3.630.24915950.94171.1
3.63-3.770.24718190.92581.4
3.77-3.940.22919740.9788
3.94-4.150.18420261.15888.9
4.15-4.410.17820411.0990
4.41-4.750.16320391.39191
4.75-5.230.14920891.33691.7
5.23-5.980.14922130.88495.7
5.98-7.530.11823270.90899.6
7.53-500.09123641.07595.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.506→14.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7694 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2986 996 5.22 %RANDOM
Rwork0.2492 ---
obs0.2518 19088 85.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.801 Å2 / ksol: 0.229 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 195.3 Å2 / Biso mean: 60.4207 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3761 Å20 Å20 Å2
2--0.7009 Å2-0 Å2
3----1.077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.506→14.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7240 0 2 0 7242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0197466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20810150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7942502
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
12B3621X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.506-3.68820.4019780.3031338141646
3.6882-3.91540.36181440.30292560270486
3.9154-4.21150.32221460.27142643278989
4.2115-4.6240.3071430.23442704284790
4.624-5.26760.26221640.21192754291892
5.2676-6.54350.34511670.29012953312097
6.5435-14.99520.2341540.21433140329499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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