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- PDB-3pim: Crystal structure of Mxr1 from Saccharomyces cerevisiae in unusua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pim
タイトルCrystal structure of Mxr1 from Saccharomyces cerevisiae in unusual oxidized form
要素Peptide methionine sulfoxide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / methionine-S-sulfoxide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine-(S)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / peptide-methionine (S)-S-oxide reductase activity / cellular response to oxidative stress / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide Methionine Sulfoxide Reductase; Chain A / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA domain / Peptide methionine sulphoxide reductase MsrA superfamily / Peptide methionine sulfoxide reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide methionine sulfoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural plasticity of the thioredoxin recognition site of yeast methionine S-sulfoxide reductase Mxr1
著者: Ma, X.X. / Guo, P.C. / Shi, W.W. / Luo, M. / Tan, X.F. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2010年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
B: Peptide methionine sulfoxide reductase
C: Peptide methionine sulfoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5343
ポリマ－64,5343
非ポリマー00
水4,216234
1
A: Peptide methionine sulfoxide reductase
B: Peptide methionine sulfoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0222
ポリマ－43,0222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16800 Å2
手法PISA
2
C: Peptide methionine sulfoxide reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5111
ポリマ－21,5111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.894, 111.894, 108.124
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL ASSEMBLY: UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Peptide methionine sulfoxide reductase / Mxr1 / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase / Protein-methionine-S- ...Mxr1 / Peptide-methionine (S)-S-oxide reductase / Peptide Met(O) reductase / Protein-methionine-S-oxide reductase


分子量: 21511.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MXR1 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40029, peptide-methionine (S)-S-oxide reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 1.0M lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 59060 / % possible obs: 95.6 %
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PIL

3pil


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 6.247 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26448 2999 5.1 %RANDOM
Rwork0.2361 ---
obs0.23754 55925 95.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4187 0 0 234 4421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.9465809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6565504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45924.112214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10715737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9941520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.52549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38824107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96631749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3454.51702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 239 -
Rwork0.265 4095 -
obs--96.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2329-0.10690.01660.48410.17520.488-0.01570.01980.05710.0165-0.0174-0.0141-0.0275-0.03820.0330.07010.0372-0.01190.03140.00020.040245.039836.26615.0957
20.1790.0550.05590.4393-0.03460.3679-0.01330.0082-0.0165-0.00410.0384-0.02680.03740.0196-0.02510.07560.0236-0.00480.03090.00210.038653.427312.69859.4803
34.21780.08153.45353.35011.73813.89070.0523-0.86-0.6541-0.70930.2131-0.0352-0.2479-0.7086-0.26540.2611-0.15720.12220.310.01730.346719.4993-6.80873.3372
40.1726-0.0009-0.02520.22950.05710.2025-0.00060.00090.01520.0109-0.0213-0.02040.0171-0.03980.02190.07630.0275-0.01210.03260.00060.018346.506122.752813.0633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4A185 - 286
5X-RAY DIFFRACTION4B185 - 303
6X-RAY DIFFRACTION4C185 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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