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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ph0
タイトルCrystal structure of the heteromolecular chaperone, AscE-AscG, from the type III secretion system in Aeromonas hydrophila
要素
  • AscE
  • AscG
キーワードCHAPERONE / Type III secretion system / chaperones AscE and AscG
機能・相同性
機能・相同性情報


Type III secretion system YscG / Bacterial type III secretion system chaperone protein / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily ...Type III secretion system YscG / Bacterial type III secretion system chaperone protein / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #1040 / Immunoglobulin FC, subunit C / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chatterjee, C. / Kumar, S. / Chakraborty, S. / Tan, Y.W. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the heteromolecular chaperone, AscE-AscG, from the type III secretion system in Aeromonas hydrophila
著者: Chatterjee, C. / Kumar, S. / Chakraborty, S. / Tan, Y.W. / Leung, K.Y. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K.
履歴
登録2010年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AscE
C: AscG
B: AscE
D: AscG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6674
ポリマ－28,6674
非ポリマー00
水4,197233
1
A: AscE
C: AscG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3332
ポリマ－14,3332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6560 Å2
手法PISA
2
B: AscE
D: AscG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3332
ポリマ－14,3332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.159, 71.937, 86.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 AscE


分子量: 7572.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EHA4
#2: タンパク質 AscG


分子量: 6760.776 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-61 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EHA2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10mM Tris(pH 7.4), 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9640, 1.542
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.9641
41.5421
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16865 / % possible obs: 99.8 % / Rsym value: 0.089
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Rsym value: 0.089 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2923 1601 7.9 %
Rwork0.239 --
obs-11163 82.9 %
溶媒の処理Bsol: 51.8285 Å2
原子変位パラメータBiso max: 105.82 Å2 / Biso mean: 44.3555 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.993 Å20 Å20 Å2
2--2.061 Å20 Å2
3---10.931 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1745 0 0 233 1978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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