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- PDB-3pfn: Crystal Structure of human NAD kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pfn
タイトルCrystal Structure of human NAD kinase
要素NAD kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SNP / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ kinase / NAD+ kinase activity / NADP+ biosynthetic process / Nicotinate metabolism / NAD+ metabolic process / phosphorylation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ATP metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD kinase / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, H. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Wang, H. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of human NAD kinase
著者: Wang, H. / Tempel, W. / Wernimont, A.K. / Tong, Y. / Guan, X. / Shen, Y. / Li, Y. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Park, H.
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD kinase
B: NAD kinase
C: NAD kinase
D: NAD kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,48066
ポリマ－162,4804
非ポリマー062
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13990 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area49260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.095, 133.587, 162.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NAD kinase / Poly(P)/ATP NAD kinase


分子量: 40619.922 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 68-426 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NADK / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: O95544, NAD+ kinase
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 62 / 由来タイプ: 合成
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21.4% PEG3350, 0.2M magnesium nitrate, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 39854 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.748 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.7-2.88.30.8652.939491.09399.2
2.8-2.918.30.61439621.10899.1
2.91-3.048.30.44739701.05899.3
3.04-3.28.30.30239491.06498.9
3.2-3.48.30.19739601.10898.8
3.4-3.668.30.13439781.24798.7
3.66-4.038.20.10339511.63598.3
4.03-4.618.10.07639912.21498
4.61-5.880.06540122.43497.5
5.8-307.90.06441324.57195.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9206 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9077 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: autosharp, buccaneer, resolve, refmac, phenix, coot, molprobity were also used during phasing and refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 2107 5.31 %thin shells (sftools)
Rwork0.2087 ---
obs0.2102 39708 --
原子変位パラメータBiso max: 145.4 Å2 / Biso mean: 58.6664 Å2 / Biso min: 16.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.9872 Å20 Å20 Å2
2--1.8498 Å20 Å2
3---11.1374 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9156 0 62 0 9218
拘束条件
Refine-IDタイプ数WeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d28412
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1432
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes14255
X-RAY DIFFRACTIONt_it935720
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion13635
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact101844
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d935720.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1281921.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.54
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.2409 2917
all0.2409 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2627-2.11872.74111.4881-1.54430.91780.0261-0.22530.15050.1885-0.0576-0.0406-0.0208-0.00250.03150.22030.0730.0867-0.1583-0.1511-0.008327.620724.734586.4977
23.8972-0.08130.34671.7632-0.96793.1868-0.22920.40170.24770.0402-0.0858-0.4019-0.03690.54420.315-0.1148-0.1099-0.0710.01190.0967-0.147264.5953.148792.9965
32.37060.27190.95121.9175-0.22521.92080.0433-0.0517-0.11550.0369-0.1280.08970.03690.02940.0847-0.0661-0.0077-0.0113-0.04660.0542-0.134940.2601-2.401381.8258
40.7212-2.2411-1.46380.8298-1.890900.0155-0.06910.04460.208-0.0584-0.1211-0.0748-0.17370.04290.1539-0.0228-0.1512-0.0124-0.0693-0.103142.769217.263795.46
56.59251.3198-0.50543.5651-2.4643.15380.06310.3620.54420.50330.41810.5442-0.5345-0.5442-0.4812-0.22580.13960.1502-0.14360.1520.037711.778322.393966.4182
62.78120.309-0.79671.9671-0.98492.83090.0891-0.05730.2410.0903-0.0034-0.037-0.29750.2336-0.0857-0.0458-0.0349-0.0179-0.15230.0104-0.096538.173617.577865.4949
70.08781.9906-0.90691.94461.67961.728-0.02170.11610.07920.0224-0.119-0.09330.05580.01490.14070.29580.06650.1396-0.2482-0.0848-0.043942.9975-29.522838.4485
84.2735-0.04670.04542.183-0.98112.514-0.0548-0.36130.03330.06090.0271-0.5171-0.37780.54420.0277-0.1577-0.12490.03680.1201-0.0988-0.193966.27412.841632.4447
91.9364-0.369-0.85292.01310.58953.6607-0.08240.0669-0.018-0.0077-0.02080.11320.10280.0490.1032-0.043-0.02520.021-0.0988-0.0022-0.147141.143-0.685642.7042
100.1592.9104-0.92630.2824-2.765600.00980.0653-0.09840.03180.07080.04190.22650.0534-0.08060.1679-0.02460.10040.055-0.1059-0.125152.0721-16.243729.8382
114.6492.7648-0.32376.6376-0.95642.3008-0.0525-0.3563-0.0937-0.54420.09250.05640.5442-0.5084-0.040.1785-0.1520.0206-0.29460.0187-0.236324.548-36.127355.6426
122.03231.06220.50532.4742-0.01973.825-0.1316-0.298-0.3281-0.13330.0172-0.24710.490.26910.11430.03950.13380.0776-0.21160.053-0.12546.9912-19.780859.965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|72 - 94}A72 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2{A|95 - 231}A95 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3{A|232 - 427}A232 - 427
4X-RAY DIFFRACTION4{B|69 - 94}B69 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5{B|95 - 231}B95 - 231
6X-RAY DIFFRACTION6{B|232 - 427}B232 - 427
7X-RAY DIFFRACTION7{C|72 - 94}C72 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8{C|95 - 231}C95 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9{C|232 - 427}C232 - 427
10X-RAY DIFFRACTION10{D|69 - 94}D69 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11{D|95 - 229}D95 - 229
12X-RAY DIFFRACTION12{D|232 - 425}D232 - 425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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