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- PDB-3pf7: Crystal structure of BoxB with malonate bound to the diiron center -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pf7
タイトルCrystal structure of BoxB with malonate bound to the diiron center
要素Benzoyl-CoA oxygenase component B
キーワードOXIDOREDUCTASE / diiron center / epoxidase / benzoyl coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoyl-CoA 2,3-epoxidase / phenylacetate catabolic process / dioxygenase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Benzoyl-CoA oxygenase, B subunit / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MALONIC ACID / HYDROXIDE ION / Benzoyl-CoA oxygenase component B
類似検索 - 構成要素
生物種Azoarcus evansii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.903 Å
データ登録者Weinert, T. / Rather, L.J. / Fuchs, G. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Mechanism of the Diiron Benzoyl-Coenzyme A Epoxidase BoxB.
著者: Rather, L.J. / Weinert, T. / Demmer, U. / Bill, E. / Ismail, W. / Fuchs, G. / Ermler, U.
履歴
登録2010年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,83711
ポリマ－111,3362
非ポリマー5019
水17,889993
1
A: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9366
ポリマ－55,6681
非ポリマー2685
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Benzoyl-CoA oxygenase component B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9015
ポリマ－55,6681
非ポリマー2334
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.790, 213.490, 137.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

21A-842-

HOH

31B-885-

HOH

41B-895-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Benzoyl-CoA oxygenase component B / Benzoyl-CoA 2 / 3-dioxygenase subunit B / Benzoyl-CoA dioxygenase oxygenase component


分子量: 55668.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus evansii (バクテリア) / 遺伝子: boxB / 発現宿主: Azoarcus evansii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9AIX7, EC: 1.14.12.21

-
非ポリマー , 5種, 1002分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 993 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ...THE C-TERMINAL TAGGED BOXB WAS INTEGRATED INTO THE GENOME OF AZOARCUS EVANSII AS DESCRIBED ELSEWHERE FOR THE HIS-TAG VERSION (ZAAR ET AL. 2004)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6 M sodium malonate 0.94 % MG8 (octanoyl-N-metylglucamide) 100 mM KCl 10 mM Pipes 5 mM Benzoyl-CoA, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月16日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 124905 / Num. obs: 124905 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 15532 / Rsym value: 0.813 / % possible all: 84.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.903→46.864 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2166 6094 5 %RANDOM
Rwork0.1821 ---
obs0.1838 121927 94.43 %-
all-124905 --
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.639 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5533 Å2-0 Å20 Å2
2---7.8379 Å2-0 Å2
3---0.2845 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.903→46.864 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7717 0 21 993 8731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098124
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13311062
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3033010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9035-1.92510.57811170.57812251X-RAY DIFFRACTION55
1.9251-1.94780.4497900.4311687X-RAY DIFFRACTION42
1.9478-1.97150.38531910.33523676X-RAY DIFFRACTION91
1.9715-1.99650.2962080.23843954X-RAY DIFFRACTION98
1.9965-2.02270.24092130.23954040X-RAY DIFFRACTION100
2.0227-2.05040.29092120.274029X-RAY DIFFRACTION99
2.0504-2.07970.42621910.36013608X-RAY DIFFRACTION89
2.0797-2.11080.29182070.26223930X-RAY DIFFRACTION97
2.1108-2.14380.21172120.17894024X-RAY DIFFRACTION100
2.1438-2.17890.21282150.18294086X-RAY DIFFRACTION100
2.1789-2.21650.22572120.19624028X-RAY DIFFRACTION100
2.2165-2.25680.4721790.38323449X-RAY DIFFRACTION85
2.2568-2.30020.371980.25453764X-RAY DIFFRACTION93
2.3002-2.34710.20162130.16144050X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.39820.19482160.15734102X-RAY DIFFRACTION100
2.3982-2.4540.22792130.15364052X-RAY DIFFRACTION100
2.454-2.51530.18442150.15324068X-RAY DIFFRACTION100
2.5153-2.58330.19472130.15624049X-RAY DIFFRACTION100
2.5833-2.65930.22032130.16754050X-RAY DIFFRACTION99
2.6593-2.74520.23062110.16974013X-RAY DIFFRACTION98
2.7452-2.84330.19222140.14824060X-RAY DIFFRACTION100
2.8433-2.95710.1662170.14564124X-RAY DIFFRACTION100
2.9571-3.09160.19452160.14714092X-RAY DIFFRACTION100
3.0916-3.25460.1852150.15174083X-RAY DIFFRACTION100
3.2546-3.45850.21922130.16364046X-RAY DIFFRACTION98
3.4585-3.72540.1822100.15543995X-RAY DIFFRACTION97
3.7254-4.10010.17922110.14384007X-RAY DIFFRACTION97
4.1001-4.69290.13932190.12374154X-RAY DIFFRACTION100
4.6929-5.91070.17722200.15864184X-RAY DIFFRACTION100
5.9107-46.87840.18912200.18624178X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.5266 Å / Origin y: 23.8971 Å / Origin z: -4.5491 Å
111213212223313233
T0.1374 Å2-0.0149 Å2-0.0103 Å2-0.0972 Å20.0129 Å2--0.1088 Å2
L0.0909 °20.0806 °20.1236 °2--0.0163 °20.192 °2--0.1251 °2
S0.0265 Å °0.0272 Å °-0.0021 Å °0.0021 Å °0.0026 Å °0.0026 Å °-0.028 Å °0.0175 Å °-0.0182 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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