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- PDB-3pey: S. cerevisiae Dbp5 bound to RNA and ADP BeF3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pey
タイトルS. cerevisiae Dbp5 bound to RNA and ADP BeF3
要素
  • ATP-dependent RNA helicase DBP5
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / RecA / DEAD-box / ATPase / Helicase / mRNA-export / Nuclear Pore / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular bud tip / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / translational termination / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear membrane ...cellular bud tip / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / ATP-dependent activity, acting on RNA / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA export from nucleus / translational termination / cytoplasmic stress granule / protein transport / nuclear membrane / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / NITRATE ION / RNA / ATP-dependent RNA helicase DBP5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.401 Å
データ登録者Montpetit, B. / Thomsen, N.D. / Helmke, K.J. / Seeliger, M.A. / Berger, J.M. / Weis, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: A conserved mechanism of DEAD-box ATPase activation by nucleoporins and InsP(6) in mRNA export.
著者: Montpetit, B. / Thomsen, N.D. / Helmke, K.J. / Seeliger, M.A. / Berger, J.M. / Weis, K.
履歴
登録2010年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DBP5
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,88412
ポリマ－45,9782
非ポリマー90610
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.136, 92.206, 104.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DBP5 / DEAD box protein 5 / Helicase CA5/6 / Ribonucleic acid-trafficking protein 8


分子量: 44186.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DBP5, RAT8, YOR046C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P20449, RNA helicase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 503分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200 mM MgNO3, 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 1mM DTT, 0.5 mM IP6, 5 mM MgCl2, 1 mM ADP, 3 mM BeCl2, 15 mM NaF, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 76028 / Num. obs: 76028 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.452.30.43553491.05167
1.45-1.512.60.31967941.05785.3
1.51-1.583.50.23377421.0797
1.58-1.663.70.17978391.07897.8
1.66-1.763.80.12178541.06597.7
1.76-1.93.80.08178281.02597.5
1.9-2.093.80.05379221.02198
2.09-2.393.80.03680661.01799.5
2.39-3.023.90.03981650.99199.6
3.02-503.90.01884691.05999.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ELVES精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.401→45.467 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1795 3757 4.95 %Random
Rwork0.1602 ---
all0.1612 75947 --
obs0.1612 75947 93.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.227 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.7 Å2 / Biso mean: 16.3332 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4548 Å20 Å2-0 Å2
2--4.8308 Å20 Å2
3----2.376 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.401→45.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3072 105 56 493 3726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0163588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5164894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6381450
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.401-1.41870.3405780.29761708178661
1.4187-1.43740.2798930.26791907200068
1.4374-1.45710.26841050.25562110221575
1.4571-1.47790.2581160.23642336245283
1.4779-1.50.22631210.21472473259487
1.5-1.52340.27181310.20232609274093
1.5234-1.54840.23561450.18032743288897
1.5484-1.57510.22631480.17562728287698
1.5751-1.60370.1911470.16482763291098
1.6037-1.63460.19541430.16122768291198
1.6346-1.6680.17641390.15332753289298
1.668-1.70420.18621440.15122753289798
1.7042-1.74390.18841430.14862775291898
1.7439-1.78750.18021460.14372763290998
1.7875-1.83580.15141430.14152767291098
1.8358-1.88980.18331510.14872735288697
1.8898-1.95080.17341430.14652782292598
1.9508-2.02060.17921550.15462787294298
2.0206-2.10150.16421520.16362790294298
2.1015-2.19710.19521430.16112825296899
2.1971-2.31290.1791480.143828492997100
2.3129-2.45780.16041520.152528533005100
2.4578-2.64760.17951490.15882859300899
2.6476-2.9140.17711560.162328683024100
2.914-3.33550.16331490.152828923041100
3.3355-4.20190.13921570.132429493106100
4.2019-45.49050.18261600.17243045320599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3967-0.0434-0.2050.3722-0.01160.26960.0032-0.0844-0.01320.0279-0.0081-0.01140.00870.0067-00.0605-0.002-0.00080.05460.01490.0554-3.4702-9.012841.4606
20.1415-0.0485-0.04740.4493-0.1170.6498-0.02290.0578-0.0179-0.04410.0072-0.02340.0196-0.0045-0.0050.0622-0.01170.00710.0601-0.00160.0622-5.4034-13.988413.36
30.00640.00480.00240.00360.00180.00090.0361-0.0148-0.03820.03130.0376-0.0289-0.0111-0.036600.088-0.00050.00370.07250.00020.10273.2363-5.379829.1381
40.01230.0102-0.00060.00960.00170.0041-0.0554-0.0557-0.11130.04660.03910.11350.0993-0.252600.1226-0.02390.01420.12860.01150.1414-15.2172-22.28729.5945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain a and resseq 90:295a90 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2chain a and resseq 296:481a296 - 481
3X-RAY DIFFRACTION3chain a and resseq 1000:1002a1000 - 1002
4X-RAY DIFFRACTION4chain bb0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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