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- PDB-3pea: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Bacillus anthracis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pea
タイトルCrystal structure of enoyl-CoA hydratase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Fatty acid and phospholipid metabolism / enoyl-CoA / Bacillus anthracis
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRATE ANION / Enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.817 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of enoyl-CoA hydratase from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,87016
ポリマ－171,2196
非ポリマー1,65110
水16,754930
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4358
ポリマ－85,6103
非ポリマー8265
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
2
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4358
ポリマ－85,6103
非ポリマー8265
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9790 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.954, 75.123, 89.490
Angle α, β, γ (deg.)89.04, 90.01, 75.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 28536.502 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4420, BA_4761, GBAA4761, GBAA_4761 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81L70, UniProt: A0A6L7GYV0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M NH4 hydrogen Citrate, 2% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.04006 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.817→30 Å / Num. all: 151590 / Num. obs: 151590 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.817→1.85 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7431 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the starting model was the structure solved by SAD in a different space group

解像度: 1.817→29.016 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 5.135 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19353 7600 5 %RANDOM
Rwork0.16211 ---
obs0.16369 143966 96.75 %-
all-143966 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å2-0.66 Å20.3 Å2
2---1.48 Å21.26 Å2
3----0.25 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.817→29.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11686 0 112 930 12728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02212071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.96616279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94319989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58751551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11324.257498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.839152094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1841566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8521.57681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2591.53186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.567212288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74434390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5044.53991
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.817→1.864 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 538 -
Rwork0.24 9729 -
obs--88.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61230.123-0.20681.3343-0.21050.8054-0.05830.0939-0.0608-0.17320.0406-0.26530.02690.07890.01770.0357-0.00440.04680.0696-0.01910.067780.687473.938114.5508
20.56690.0104-0.3950.69820.30240.9803-0.0233-0.0754-0.11330.1264-0.0261-0.04820.1385-0.00510.04940.0635-0.0128-0.01320.0460.01480.030263.54859.994752.1702
30.96440.4597-0.65040.9536-0.23151.09990.1601-0.05820.13510.1399-0.04560.0058-0.24840.0003-0.11450.0807-0.00690.02580.0117-0.01390.035969.080393.511949.6267
40.50640.15320.12851.46450.22580.8065-0.07960.09150.0738-0.22260.04670.2821-0.0297-0.10440.03290.0609-0.0051-0.06740.08820.01290.077929.809670.036969.953
50.59430.01950.31740.7692-0.29640.8551-0.0106-0.06550.10720.0863-0.02370.0564-0.1128-0.00310.03430.0435-0.0110.00520.0494-0.02640.027346.753383.20896.7649
60.26230.31060.15820.60720.02380.63450.0917-0.0496-0.06870.084-0.02210.00730.20060.0026-0.06960.07380.0011-0.02580.05120.01130.065841.972650.731694.0989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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