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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pe7 | ||||||
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タイトル | Oligogalacturonate lyase in complex with manganese | ||||||
要素 | Oligogalacturonate lyase | ||||||
キーワード | LYASE / Seven-bladed beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Abbott, D.W. / Gilbert, H.J. / Boraston, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: The active site of oligogalacturonate lyase provides unique insights into cytoplasmic oligogalacturonate beta-elimination. 著者: Abbott, D.W. / Gilbert, H.J. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pe7.cif.gz | 100.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pe7.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pe7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pe7_validation.pdf.gz | 438.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pe7_full_validation.pdf.gz | 440.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pe7_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pe7_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pe7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3c5mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44261.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア) 株: 8081 / 遺伝子: ogl, YE1876 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1JMA5 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 44824 / Num. obs: 44824 / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3C5M 解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.795 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.319 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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