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万見
- PDB-3pdj: Crystal Structure of Human 11-beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pdj
タイトルCrystal Structure of Human 11-beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase 1 (11b-HSD1) in Complex with 4,4-Disubstituted Cyclohexylbenzamide Inhibitor
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / 11beta / hydroxysteroid / dehydrogenase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cortisol dehydrogenase activity / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development ...11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cortisol dehydrogenase activity / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Glucocorticoid biosynthesis / steroid catabolic process / Prednisone ADME / steroid binding / lung development / NADP binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3PJ / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, Z. / Sudom, A. / Walker, N.P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Synthesis and Optimization of Novel 4,4-Disubstituted Cyclohexylbenzamide Derivatives as Potent 11beta-HSD1 Inhibitors
著者: Sun, D. / Wang, Z. / Caille, S. / DeGraffenreid, M. / Gonzalez-Lopez de Turiso, F. / Hungate, R. / Jaen, J.C. / Jiang, B. / Julian, L.D. / Kelly, R. / McMinn, D.L. / Kaizerman, J. / Rew, Y. / ...著者: Sun, D. / Wang, Z. / Caille, S. / DeGraffenreid, M. / Gonzalez-Lopez de Turiso, F. / Hungate, R. / Jaen, J.C. / Jiang, B. / Julian, L.D. / Kelly, R. / McMinn, D.L. / Kaizerman, J. / Rew, Y. / Sudom, A. / Tu, H. / Ursu, S. / Walker, N. / Willcockson, M. / Yan, X. / Ye, Q. / Powers, J.P.
履歴
登録2010年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7066
ポリマ－60,2142
非ポリマー2,4924
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8110 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
2
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子

A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,41212
ポリマ－120,4284
非ポリマー4,9848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area19460 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area40880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.044, 107.044, 132.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1


分子量: 30106.982 Da / 分子数: 2 / 断片: 11b-HSD1, UNP residues 24-292 / 変異: C272S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD11, HSD11B1, HSD11L / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10a
参照: UniProt: P28845, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-3PJ / N-[trans-4-(3-amino-3-oxopropyl)-4-phenylcyclohexyl]-N-cyclopropyl-4-[(1S)-2,2,2-trifluoro-1-hydroxy-1-methylethyl]benzamide / N-((1r,4S)-4-(3-amino-3-oxopropyl)-4-phenylcyclohexyl)-N-cyclopropyl-4-((S)-1,1,1-trifluoro-2-hydroxypropan-2-yl)benzamide


分子量: 502.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H33F3N2O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 19% PEG 3350, 0.1 M MES 6.4, vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSCQ315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月24日 / 詳細: 3X3 CCD ARRAY
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→92.848 Å / Num. all: 39694 / Num. obs: 39634 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.4210.80.4861.56186657210.486100
2.42-2.5710.80.3042.45830953980.304100
2.57-2.7510.70.2023.65505151270.202100
2.75-2.9710.70.1295.35084647430.129100
2.97-3.2510.60.088.14663943980.08100
3.25-3.6410.50.05910.24188439830.059100
3.64-4.210.30.05510.23648935360.055100
4.2-5.14100.0511.43034630290.05100
5.14-7.279.30.04512.22208823640.045100
7.27-92.8489.70.03201297313350.0396.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.5データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→92.848 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.2531 / WRfactor Rwork: 0.2226 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8083 / SU B: 5.962 / SU ML: 0.145 / SU R Cruickshank DPI: 0.2401 / SU Rfree: 0.1971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 1978 5 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
all0.2226 39694 --
obs0.2122 39422 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.07 Å2 / Biso mean: 48.2051 Å2 / Biso min: 21.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20.7 Å20 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→92.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4194 0 168 178 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3862.016047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0075542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77524.012167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62815784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5711520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.52696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33724345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04231761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3134.51696
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 132 -
Rwork0.268 2732 -
all-2864 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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