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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pbj
タイトルHydrolytic catalysis and structural stabilization in a designed metalloprotein
要素COIL SER L9L-Pen L23H
キーワードDE NOVO PROTEIN / PARALLEL THREE-STRANDED COILED COIL / MERCURY(II) BINDING PROTEIN / ZINC(II) BINDING PROTEIN / L-PENICILLAMINE
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zastrow, M.L. / Peacock, A.F.A. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2012
タイトル: Hydrolytic catalysis and structural stabilization in a designed metalloprotein.
著者: Zastrow, M.L. / Peacock, A.F. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2010年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22012年2月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42022年5月4日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COIL SER L9L-Pen L23H
B: COIL SER L9L-Pen L23H
C: COIL SER L9L-Pen L23H
D: COIL SER L9L-Pen L23H
E: COIL SER L9L-Pen L23H
F: COIL SER L9L-Pen L23H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,26219
ポリマ－20,2736
非ポリマー98813
水1,18966
1
A: COIL SER L9L-Pen L23H
B: COIL SER L9L-Pen L23H
C: COIL SER L9L-Pen L23H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5929
ポリマ－10,1373
非ポリマー4556
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: COIL SER L9L-Pen L23H
E: COIL SER L9L-Pen L23H
F: COIL SER L9L-Pen L23H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,67010
ポリマ－10,1373
非ポリマー5337
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: COIL SER L9L-Pen L23H
E: COIL SER L9L-Pen L23H
F: COIL SER L9L-Pen L23H
ヘテロ分子

A: COIL SER L9L-Pen L23H
B: COIL SER L9L-Pen L23H
C: COIL SER L9L-Pen L23H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,26219
ポリマ－20,2736
非ポリマー98813
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area8400 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)25.877, 38.649, 75.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質・ペプチド
COIL SER L9L-Pen L23H


分子量: 3378.892 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) artificial gene (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 79分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM NaCl, 28% PEG 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月11日 / 詳細: C(111) CRYSTAL
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 7625 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 40.14 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.321 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→26.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9521 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 346 4.54 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
obs0.2078 7625 98.54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3269 Å20 Å21.1733 Å2
2--0.4694 Å20 Å2
3----0.1424 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.388 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1353 0 13 66 1432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0141375HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.731850HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d657SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes187HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1375HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd9SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1755
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15584
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3412 91 4.29 %
Rwork0.2321 2029 -
all0.2369 2120 -
obs--98.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.57691.1775-1.90361.8932-1.68755.8482-0.0172-0.04880.24420.25960.0209-0.02180.10740.2149-0.0037-0.08720.0224-0.0441-0.0932-0.0340.01926.0293-1.12040.6697
22.365-0.04-3.29651.88021.44456.17540.02460.415-0.1017-0.2418-0.1054-0.0375-0.066-0.50960.0808-0.10690.0404-0.02190.0329-0.0026-0.099716.79450.660137.4903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A,B,C
2X-RAY DIFFRACTION2chain D,E,F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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